Tres años después de su última misión, llegó la hora de que la patrulla vuelva a reunirse. ¿El motivo? El descubrimiento en un NODO de 1943 de que el nuevo galán del cine español, Eulogio Romero, es idéntico a Julián, al que todos creían muerto.

Una concursante del "Un, dos, tres... responda otra vez" que ha llegado a 1648 transforma la corte hasta el punto de que Felipe IV pretende casarse con ella. Buscando la puerta por la que la joven cruzó, los agentes se encuentran con otra misión.

La Historia ha sido alterada. La futura Isabel I de Inglaterra es asesinada justo en el momento en el que un joven Felipe II es rey consorte de su hermana, María I de Inglaterra.

Año 1937. En un solo día, la Historia del Arte ha sido devastada. Las Meninas desaparecen en el traslado, huyendo de las bombas de la Guerra Civil. Y Picasso –en París– ni siquiera ha empezado a pintar el Guernica.

Desesperado por la pérdida de Lola, Pacino decide cambiar el pasado para rescatarla de su última misión. Pero cambiar el pasado puede ser algo muy peligroso.

Todos conocen al subsecretario del Ministerio, pero no su gran secreto: que es el ángel de la guarda de Emilio Herrera, eminente científico español. Cuando una alarma avisa de que Herrera está en peligro, Salvador acude en su ayuda.

Fernando VII va a morir antes de lo previsto, poniendo en peligro la sucesión de su hija Isabel. Salvador lo trae al Ministerio para salvarlo con la medicina actual.

Los restos del cadáver de un niño son encontrados al lado de la sede del Ministerio. Allí llega la inspectora Ayala para investigar. Su primer paso es visitar el edificio. Tras hablar con Salvador, se dará cuenta de lo complejo del caso.