O Ministério envia em missão uma patrulha de membros recém-recrutados. O objetivo é evitar que assassinem o Obstinado, um homem crucial na derrota do exército napoleónico na Guerra da Independência.

A patrulha viaja até à Lisboa de 1588 para evitar que Lope de Vega embarque num navio onde encontrará a norte segura, antes de escrever as suas melhores obras.

Durante o encontro de Hendaia entre Hitler e Franco, Himmler quer usar uma porta no Mosteiro de Montserrat para reescrever a História para seu benefício próprio. O Ministério deverá evitá-lo a todo o custo.

A patrulha deverá viajar até 1491 para salvar Abraham Levi da fogueira, criador do Livro das Portas. Nesta missão, vão descobrir quem é Torquemada.

“Guernica”, através de duras negociações, vem a Espanha no ano de 1981 como símbolo do regresso da democracia ao país. No entanto, certas interferências põem em perigo a chegada do quadro a Espanha.

A patrulha viaja até à época da Castela antes da unificação para deter um vigarista. Contarão com a ajuda de um jovem que diz chamar-se Lázaro de Tormes. E não é uma coincidência de nomes: as suas vivências são narradas no famoso livro.

Em 1843, Isabel II assume a regência e exige conhecer o Ministério do Tempo. O que seria uma visita oficial transforma-se num perigo, dado que um funcionário fugiu da prisão para assassiná-la e, assim, conseguir que se feche o Ministério.

Um tablet aparece no cartaz de uma obra de teatro sobre D. Juan Tenorio, realizada na Residência de Estudantes, no ano de 1924. A patrulha viajará até lá para recuperá-lo e poderão conhecer Buñuel, Dalí e Lorca.