En 1962, l'Amérique a perdu la guerre, le Grand Reich nazi dirige l'est, et le Japon, l'ouest. De l'espoir naît au milieu de l'oppression - des films montrant un monde différent. Quand sa sœur lui remet un film avant d'être assassinée, une femme en vient à croire que la pellicule détient la clé de la liberté et se met en quête de l'Homme dans le Haut Château.

Le destin de Frank est menacé, enlevé par le Kempeitai. Pendant ce temps, Juliana entre en contact avec un homme qui lui donne un indice à propos du film, et Smith est surpris par des événements malheureux.

Joe et Juliana doivent agir vite, puisqu'un chasseur vicieux du nom de Marshal arrive en ville. Tagomi complote avec Wegener pour obtenir des secrets sur le Reich, pendant que Frank cherche à se venger des Japonais.

Joe est tiraillé entre son devoir et ses sentiments grandissants pour Juliana. Tandis qu'Ed essaie d'empêcher Frank de prendre une décision irréversible, l'enquête de Smith piétine, et le plan de Tagomi est compromis par les événements tragiques lors du discours du Prince.

Joe fête le jour de la victoire nazie chez Smith et s'informe sur les pellicules. Juliana accepte de travailler pour Tagomi, en quête de réponses, tandis que Smith invite un vieil ami à la fête pour un résultat surprenant.

Juliana fait une découverte déconcertante sur la mort de sa sœur. Frank prend une décision importante pour son avenir, et Tagomi entrevoit le passé de Juliana.

Juliana et Frank tentent de déjouer les pièges du Kempeitai, pour finir dans les griffes de Joe qui tente de retrouver une nouvelle pellicule. La loyauté de Smith est soumise à rude épreuve quand il fait une révélation familiale déconcertante, et Childan veut prendre sa revanche en trompant les Kasouras.

Le temps presse, et Frank doit mettre sa vie en danger pour sauver Joe. Les pièces du puzzle s'imbriquent pour Smith, quand il découvre qui se trouve derrière la tentative d'assassinat. Tagomi est dévasté par les conséquences de son complot, et les enquêtes de Kido prennent une tournure tragique.

Juliana est forcée de prendre la plus difficile des décisions de sa vie. Wegener retourne en Allemagne. Smith se met en chasse après celui qui a tenté de l'assassiner, et Kido tente de classer l'affaire au plus vite.