En 1962, l'Amérique a perdu la guerre, le Grand Reich nazi dirige l'est, et le Japon, l'ouest. De l'espoir naît au milieu de l'oppression - des films montrant un monde différent. Quand sa sœur lui remet un film avant d'être assassinée, une femme en vient à croire que la pellicule détient la clé de la liberté et se met en quête de l'Homme dans le Haut Château.

Le destin de Frank est menacé, enlevé par le Kempeitai. Pendant ce temps, Juliana entre en contact avec un homme qui lui donne un indice à propos du film, et Smith est surpris par des événements malheureux.

Joe et Juliana doivent agir vite, puisqu'un chasseur vicieux du nom de Marshal arrive en ville. Tagomi complote avec Wegener pour obtenir des secrets sur le Reich, pendant que Frank cherche à se venger des Japonais.

Joe est tiraillé entre son devoir et ses sentiments grandissants pour Juliana. Tandis qu'Ed essaie d'empêcher Frank de prendre une décision irréversible, l'enquête de Smith piétine, et le plan de Tagomi est compromis par les événements tragiques lors du discours du Prince.

Juliana retourne chez elle pour découvrir d'autres indices sur les pellicules. Pendant ce temps, Joe doit faire un rapport au Q.G. nazi. Kido débute son investigation sur les événements ayant eu lieu lors du discours du Prince, tandis que Tagomi et Wegener tentent le tout pour le tout pour leur transfert secret.

Joe fête le jour de la victoire nazie chez Smith et s'informe sur les pellicules. Juliana accepte de travailler pour Tagomi, en quête de réponses, tandis que Smith invite un vieil ami à la fête pour un résultat surprenant.

Juliana fait une découverte déconcertante sur la mort de sa sœur. Frank prend une décision importante pour son avenir, et Tagomi entrevoit le passé de Juliana.

Juliana et Frank tentent de déjouer les pièges du Kempeitai, pour finir dans les griffes de Joe qui tente de retrouver une nouvelle pellicule. La loyauté de Smith est soumise à rude épreuve quand il fait une révélation familiale déconcertante, et Childan veut prendre sa revanche en trompant les Kasouras.

Le temps presse, et Frank doit mettre sa vie en danger pour sauver Joe. Les pièces du puzzle s'imbriquent pour Smith, quand il découvre qui se trouve derrière la tentative d'assassinat. Tagomi est dévasté par les conséquences de son complot, et les enquêtes de Kido prennent une tournure tragique.

Juliana est forcée de prendre la plus difficile des décisions de sa vie. Wegener retourne en Allemagne. Smith se met en chasse après celui qui a tenté de l'assassiner, et Kido tente de classer l'affaire au plus vite.

Juliana est capturée par la Résistance et doit répondre de ses actes de trahison. Elle obtient des réponses sur le passé, mais celles-ci soulèvent des questions encore plus inquiétantes sur son futur et celui de la planète. Joe se rend à New York, mais le voyage lui fait remettre en question tout ce qui l'entoure. Frank tente de sortir Ed d'une situation périlleuse, mais à quel prix ?

Après avoir échappé de justesse à la mort, Juliana découvre un secret familial qui pourrait avoir des répercussions internationales et la mène à prendre une décision qui changera le cours de sa vie... Kido, Tagomi et Frank agissent dangereusement tandis qu'à New York, Joe s'installe dans une routine jusqu'à ce que Smith bouleverse tout et lui offre une occasion qu'il attendait depuis toujours.

Luttant pour s'habituer au nouveau monde étrange du New York nazi, Juliana recherche la seule personne en qui elle peut avoir confiance : Joe Blake. En colère suite au départ de Juliana, Frank est devenu provocateur et se rapproche du mouvement de la Résistance et de son leader charismatique. Joe fait face à sa propre identité lorsqu'il qu'il rencontre enfin son père.

Terrée dans le Reich, Juliana comprend qu'elle est loin d'être à l'abri de la Résistance. Smith affronte la réalité des efforts qu'il est disposé à déployer pour protéger son fils. Le père de Joe essaie de le persuader de donner une chance à Berlin. Frank doit également prendre une décision : jusqu'où est-il prêt à aller pour soutenir la cause de la Résistance ?

Joe découvre un élément de son passé qui le fait tout remettre en question. Le fossé entre Frank et Ed se creuse au fur et à mesure que Frank se rapproche de la Résistance. Pour assurer sa sécurité, Juliana se voit obligée de trahir une personne proche.

Joe redécouvre Berlin grâce à Nicole, ce qui le conduit à prendre une nouvelle voie. Pour sa nouvelle mission, Juliana s'introduit le cercle intime de Smith. Tagomi et sa famille sont finalement réunis, mais il doit déjà faire face à la perspective de les perdre à nouveau.

Alors que Juliana se rapproche toujours plus des Smiths, elle découvre un secret dangereux. Childan et Ed se retrouvent dans une situation délicate en essayant de régler la dette Yakuza. Lors d'une mission pour la Résistance, Frank découvre un plan des Japonais qui pourrait mener le monde au chaos.

Juliana rassemble des informations pour la Résistance qui pourraient déclencher la Troisième Guerre Mondiale. Alors que la situation politique à Berlin devient tendue, Joe doit faire un choix qui pourrait mettre sa vie en danger. Frank apprend la vérité au sujet de Juliana, ce qui l'amène à interroger sa nouvelle famille résistante.

Tagomi fait face à un dilemme : rester avec sa famille ou retourner dans le monde qu'il a laissé derrière lui. Décidée à s'échapper du Reich, Juliana propose un ultime et dangereux accord à la Résistance. Quand Ed révèle un secret qui met le plan de la Résistance en péril, Frank doit décider comment faire face à la trahison de son meilleur ami.

Tagomi recrute Kido pour sauver le Japon de la destruction. Alors que tout s'écroule autour de Smith, ce dernier décide de se lancer dans un jeu dangereusement audacieux afin de maintenir l'emprise de son pouvoir. Joe essaie de prendre la bonne décision mais redoute la trahison ultime. Juliana doit faire un choix déchirant qui façonnera l'avenir du monde.

Dans la Zone Neutre, Juliana Crain rencontre un irlandais nommé Wyatt. Elle doit fuir et demander de l'aide à Tagomi. Les Japonais testent une bombe atomique. Joe Blake est envoyé en mission diplomatique à San Francisco. Kido embauche un nouveau sergent. Nicole Dormer arrive à New York et dirige une nouvelle campagne de propagande. Les Smiths luttent contre les conséquences de la mort de Thomas.

Juliana admet que son destin et celui de Tagomi sont trés liés. Tagomi et l'amiral Inokuchi comprennent que le Reich dissimule un embargo pétrolier sur les États du Pacifique. Le Reichsmarschall Rockwell et J. Edgar Hoover complotent contre John Smith. Helen suit une thérapie pour surmonter sa perte et prend des mesures drastiques pour protéger sa famille. Kido et Tagomi s'affrontent sur Juliana.

Juliana et Tagomi enquêtent sur les films et Juliana reconnecte avec un vieil ami. Childan est impatient de retourner à San Francisco car les représailles ont cessé, mais une nouvelle romance rend Ed réticent à partir. Kido reçoit des renseignements qui le conduise sur une nouvelle piste. Smith se voit célébrer par la haute société nazie lors d'une projection du nouveau film de Nicole sur Thomas.

Une nouvelle communauté se bat pour survivre dans la zone neutre. Juliana et Joe se reconnectent, et Joe continue son travail d'infiltration pour Himmler. Wyatt voit Juliana à San Francisco. Le passé de Smith revient le hanter. Ed et Childan relèvent un défi en rentrant à San Francisco. Alors que les tensions montent entre le Reich et l'Empire, Tagomi découvre que sa vie est peut-être en danger.

Le Reichsführer continue de provoquer les États du Pacifique japonais. Juliana échappe de justesse à une situation mortelle et découvre des secrets nazis. John Smith s'embrouille avec son adversaire politique. Les nazis se préparent pour l'« Année Zéro ». La relation de Joe et Juliana prend un tournant.

Avec l'aide de Wyatt, Juliana fuit San Francisco avec les secrets nazis volés. Childan peut enfin rentrer chez lui. Ed décide de rester dans la zone neutre. Tagomi fait des révélations à Kido qui changent sa perspective. La carrière de John Smith prend un tournant.

Juliana se lance dans une mission pour arrêter les nazis et se réunit avec de vieux amis. Thelma et Nicole se rapprochent, malgré les risques. Smith en apprend plus sur les recherches des nazis sur les mondes parallèles Kido demande à Tagomi d'avouer la vérité à propos des films et de sa capacité à voyager. Kido amadoue une intelligence cruciale de Childan.

Juliana se rend compte que le temps presse, et trouver des soutiens continue de s'avérer difficile. Tagomi se retrouve dans une dangereuse lutte pour la vie ou la mort. En thérapie, Helen Smith dépasse une limite. Kido poursuit sa cible dans la zone neutre.

La mission de Juliana et Wyatt les emmène encore plus à l'est et dangereusement près du centre d'un projet nazi top-secret. Essayant d'améliorer les relations de leur côté, Tagomi tend la main à Smith. Smith fait une découverte cruciale. Kido tourne la page.

La tentative de Juliana pour arrêter les nazis la met dans une position dangereuse. Himmler et John Smith célèbrent somptueusement l'Année Zéro. Au milieu d'une série de succès, Smith fait face à un contretemps. Kido revient à San Francisco avec un prix et fait preuve de gentillesse pour un ami. Tagomi prend une décision difficile. Ed retourne à San Francisco et se reconnecte avec Childan.