Melissa heeft een van de drie gewapende indringers neergeschoten. De groep probeert het normale leven te hervatten. De twee andere indringers heten Pat en Lewis. Ze geven aan dat ze geen kwade bedoelingen hebben en vragen of ze bij de Malibu-groep mogen blijven. De groep is blij met Lewis. Ze besluiten echter al snel dat Pat volledig gestoord is en willen hem weg. Tandy voelt echter medelijden en overtuigt de groep om Pat nog een kans te geven. Pat en Tandy buigen zich over jeanskunst en explosieven. De rest van de groep confronteert Lewis met het steeds strijdlustiger gedrag van Pat.

Tijdens zijn vlucht uit de basis wordt Pat door Todd overreden tijdens een vuurgevecht. Maar Todd krijgt enorme wroeging. Tandy keert terug naar huis en bevestigt dat Pat doos is. Om Todds geweten te sussen, verzint hij een enorm verhaal dat Pat het heeft overleefd en uit is op wraak. Zijn echte bevindingen vertelt hij niet. De groep wordt doodsbang als ze er lucht van krijgen. Tandy wordt gedwongen schoon schip te maken. Maar zoals blijkt, kent ook Tandy niet de hele waarheid.

Tandy heeft iedereen overtuigd dat Pat weg is en niet langer een bedreiging vormt. De groep vestigt zich weer in hun basis in Malibu. Om aanhoudende angsten weg te nemen, plaatst Tandy een eigenzinnig alarmsysteem. Dit brengt onbedoeld gevolgen met zich mee. Melissa implementeert haar eigen beveiligingssysteem met een sluipschuttershut en landmijnen. Dit tot ongenoegen van de groep. Nadat ze een paar keer zijn opgeschrokken, verkondigt Lewis dat Malibu misschien niet meer de juiste plaats is voor de groep.

De groep heeft een nieuwe thuis nodig en gaat op weg naar de eindbestemming San Francisco. Onderweg komen de temperamenten en persoonlijkheden met elkaar in botsing omdat de groep wordt gedwongen op elkaars lip te leven. Ze komen aan bij de stad van de baai, maar helaas is deze onherbergzaam. Ze worden gedwongen hun plannen te heroverwegen. Eenmaal weer onderweg, gaat het gekibbel en geruzie door. Ze kunnen niet tot een gezamelijke beslissing komen over waar te gaan wonen. Alles komt op zijn kop te staan als Gail overweegt de groep te verlaten. Dan doet Melissa een verrassende ontdekking.

De groep lijkt in een impasse te raken en uit elkaar te vallen. Dan stuit Melissa op een volledig duurzaam gebouw, compleet met airconditioning en spoeltoiletten. Net als iedereen zich vestigt, valt de stroom uit in hun droomhuis. Zodra er zich meer rampen voordoen in het gebouw, wordt het Tandy duidelijk dat er een saboteur onder hen is. Gail komt tot een beslissing over haar relatie met Todd. Melissa's mentale toestand blijft zich verder ontrafelen.

In haar zoektocht naar een kind heeft Melissa een pop in een draagzak aan haar borst geknoopt. Todd probeert over deze zorgelijke ontwikkeling te praten. Ze snoert hem de mond en zegt hem niet meer nodig te hebben in haar leven. Lewis probeert toegang te krijgen tot een vluchtsimulator, in de hoop ooit een echt vliegtuig te kunnen besturen. Als een familiefoto met Carol voor Gail te veel wordt, gaat ze op zoek naar een schuilplaats. Door een stroomstoring standt ze en wordt van de buitenwereld afgesloten.

De groep beseft in hun zoektocht naar Melissa niet dat ook Gail vermist is. Zij zit vast in een lift in een ander gebouw. Carol begint zich uiteindelijk af te vragen of Gail misschien in de problemen zit en probeert de troepen te verzamelen. Ze heeft er echter moeite mee om de anderen te overtuigen dat Gail niet weer op een van haar dronken wandelingen is. Gails toenemende frustratie dat ze nog niet werd gevonden, zorgt ervoor dat ze het heft in eigen handen neemt. Uit angst voor haar veiligheid, weigert Todd om te gaan slapen zodat hij verder kan zoeken naar Melissa.

Er ontstaan spanningen tijdens een ruzie over hoe ze met Melissa moeten omgaan. Iedereen is het erover eens dat Melissa een gevaar voor zichzelf is en mogelijk nu ook voor anderen. Todd is het er niet mee eens haar in bedwang te houden en op te sluiten. Maar als Melissa weer wordt vermist, realiseert Todd zich dat hij wellicht geen opties meer heeft. Er is nog steeds geen spoor van Gail. Tandy probeert Carol af te leiden met een huwelijksreis die doet terugdenken aan hun eerste ontmoeting. Gail bedenkt een plan om haar locatie bekend te maken aan de anderen. Als dat niet lukt, raakt ze in een vlaag van woede zwaargewond en verliest ze alle hoop.

In een flashback zien we de eerste dagen van het virus voorbijkomen. Pamela Brinton en haar man Benjamin zijn een rijk koppel. Ze weigeren met het stijgen van het dodental nog steeds de ernst van de situatie in te zien. Ze leven verder zoals altijd. Al snel worden ze geconfronteerd met de gruwel van de uitbraak en gaan ze onder de grond schuilen. Naarmate de jaren verstrijken, begint Pamela haar greep op de realiteit te verliezen. Ze staat op het punt op te geven, als er plots een reddingslijn wordt gestuurd vanuit Malibu, Californië.

Met Melissa opgesloten, probeert ieder op zijn beurt een praatje met haar te maken. Melissa is echter kwetsend naar iedereen. Het besef is er dat ze haar niet oneindig kunnen blijven opsluiten. Carol en Erica doen daarom onderzoek naar geestesziekten, hopend er eentje te vinden die overeenkomt met Melissa's symptomen. Tandy bezoekt ondertussen een apotheek. Maar ze zijn geen dokters en Todd raakt er steeds meer van overtuigd dat ze Melissa niet kunnen helpen. Of wie dan ook, mocht dat nodig zijn. Iedereen in de groep raakt gedesillusioneerd. Tandy besluit dat Lewis zijn eerste vlucht moet gaan maken, in de hoop dat het voor iedereen de gedachten even verzet.

Dankzij Tandy's regenbooglichtshow wordt de stroom naar het bijgebouw waar Gail verblijft weer ingeschakeld. Ze kan hierdoor ontsnappen. De groep lapt haar weer op en brengt haar op de hoogte van de vliegtuigcrash van Lewis, en van Melissa's mentale inzinking en opsluiting. Om Gail niet weer te laten weglopen, probeert Carol rustig en ontspannen te zijn over haar terugkomst. Todd en Tandy rijden met Melissa naar haar woonplaats Akron in Ohio. Ze hopen daar iets over haar verleden te kunnen ontdekken dat hen kan helpen te begrijpen wat ze doormaakt. Carol doet een verrassende ontdekking.

Carol laat de foto's van haarzelf en Gail aan de groep zien. Die foto's laten duidelijk zien dat een persoon in Yoda-kostuum zich achter hen in de bossen verstopt. Tandy voelt zich verbonden met de benarde situatie van de vreemdeling. Hij overtuigt de rest om deze persoon aan de groep toe te voegen, en probeert de vreemdeling uit de bossen te lokken. Todd confronteert Melissa met de pil die ze innam in Akron. Todd en Gail gaan met de laatste overgebleven pil naar de apotheek. Ze willen achterhalen wat het is. Dan beseffen ze dat Melissa hun misschien al een aanwijzing heeft gegeven.

Iedereen bespreekt de nieuwste toevoeging aan de groep. Tandy wijst erop dat hij degene is die het kind uit zijn schuilplaats heeft gehaald en dat hij daarom de leiding over hem heeft. Als de jongen weigert te praten, noemt Tandy hem Jasper. De jongen wijst alle pogingen van Tandy tot binding stilzwijgend af. Een schandalige poging tot stimulering, bedacht door Tandy, zorgt ervoor dat iedereen erop aandringt dat Jasper een andere contactpersoon kiest. Carol maakt zich zorgen om Todd. Ze is bang dat hij tijdens de crisis met Melissa te veel op Gail heeft geleund. Ze trekt zijn bedoelingen in twijfel.

De groep probeert Jaspers gebrek aan communicatie te verhelpen door wat vreugde in zijn leven te brengen. De groep realiseert zich dat hij al jaren geen verjaardag vierde of op vakantie ging door het virus. Ze trekken eropuit om een gigantisch feest te organiseren dat alle gemiste verjaardagen en vakanties moet compenseren. Tandy is ervan overtuigd dat Melissa Jasper bang maakt omdat ze rondloopt als een zombie. Todd zoekt nog steeds uit wat de juiste dosering voor haar medicatie kan zijn. Jasper vraagt aan Todd om haar niet mee te nemen naar het feest. Dit veroorzaakt een breuk in hun relatie, wat leidt tot een ruzie op Jaspers feest. Carol maakt zich zorgen dat haar zwangerschap niet zo goed verloopt als die van Erica.

Iedereen bereidt zich voor op de grote dag. Jasper praat eindelijk. De zwangerschappen van Carol en Erica vorderen goed. Melissa en Todd gaan trouwen. Carol worstelt met het feit hoe ze Tandy moet vertellen dat zij graag wil dat Gail helpt bij de bevalling in plaats van hij. Om te bewijzen dat hij in staat is om veilig een baby ter wereld te laten komen, demonstreert hij diverse scenario's om zijn kwaliteiten te laten zien. Uiteindelijk is het Carol die moet beslissen. Erica beleeft een gedenkwaardige gebeurtenis.

Erica gaat bevallen, waardoor Gail en Todd in actie komen. Ondanks ze met alle mogelijke problemen rekening hadden gehouden, raken Todd en Gail in paniek als blijkt dat de baby in een stuitligging ligt. Daardoor moeten Melissa en Carol bijspringen. Tandy probeert zo behulpzaam mogelijk te zijn, maar zijn onhandige en onverstandige pogingen om de situatie wat lichtzinniger te maken, zorgen ervoor dat de rest hem verbandt uit de verloskamer. Tandy neemt Jasper mee naar het park. Ze hebben een goed gesprek als ze plots getuige zijn van een angstaanjagend tafereel.

Nadat Tandy heeft vastgesteld dat de grote brand in de verte een nucleaire explosie van een kerncentrale is, snelt hij terug naar de basis om iedereen te alarmeren. Daar is iedereen nog in de ban van de geboorte van Erica's baby. Todd herinnert zich dat Lewis in het verleden al waarschuwde voor dit soort gebeurtenissen, vanwege het verwaarloosde onderhoud aan de infrastructuur. Iedereen pakt wat hij kan en evacueert het gebied. Nadat ze op veilige afstand zijn, hergroeperen ze en bedenken een plan. Ze moeten een huis zoeken waar geen nucleaire reactoren in de buurt staan. Dat blijkt moeilijker dan gedacht. Met grote angst beseft de groep dat Los Angeles de beste plek is om naartoe te gaan. Dat is precies de plek die ze ontvluchtten omdat Pat hen daar probeerde te vermoorden. Maar het blijkt dat ze geen keus hebben.