D.B. Russell, qui vient de quitter son poste au sein de la police scientifique de Las Vegas, rejoint Quantico pour prendre la tête d'une nouvelle division du FBI opérant conjointement avec l'agence de lutte contre la cyber criminalité. Il prête alors main-forte à Avery et son équipe qui enquêtent sur un homicide perpétré par un hackeur ayant pris le contrôle du système de télésurveillance d'une maison. En parallèle, Krumitz est entendu comme témoin dans le cadre du procès de sa soeur, et Elijah doit faire face à de délicats problèmes familiaux. Et alors qu'Avery contemple la possibilité de monter en grade, de nouveaux aspects du passé de Raven et Nelson sont enfin dévoilés.

Raven et une de ses amies, Tracy, décident de passer la soirée dans un bar dansant après le travail. Grace à une appli, Heart mate, elles peuvent rencontrer des personnes pour flirter. Tout d’un coup, un homme vient accoster Tracy, mais elle ne semble pas intéressée par lui. Parallèlement, les experts font face à une nouvelle manifestation d’un homme connu de leurs équipes, qui humilie les femmes en postant des photos d’elles nues, sur son blog. Cependant, cet homme est intouchable et la cyber division a du mal à l’arrêter. Suite à cette soirée, Tracy subit de nombreux préjudices…

Des émeutes à caractère racial commencent à faire rage suite à l'assassinat d'un homme noir par un policier. L'équipe d'Avery est chargée de retrouver l'homme à l'origine de ces troubles, qui a piraté la caméra d'un officier de police. Elijah est interrogé par les forces de l'ordre.

Les Cyber Experts sont confrontés à un enlèvement d'enfant. Le ravisseur se sert d'une application téléphonique pour attirer ses proies. Elijah continue à se montrer agressif envers Avery. Pour sa part, D.B. semble être sur un petit nuage…

Un pirate prend le contrôle de tous les dispositifs médicaux dans un hôpital de Dallas et menace de tuer un patient toutes les heures si l'on ne cède pas à ses exigences. Avery et son équipe doivent localiser l'origine de cette cyber attaque et comprendre comment le hacker a accès au système de sécurité de ce centre médical, pourtant impénétrable.

Propulsés dans l'univers des courses de rue, les cyber experts traquent un hacker qui a détourné une voiture, créant ainsi plusieurs accidents. Avery devient directrice adjointe de l'unité. Russel cherche à savoir qui a dérobé tous les ressorts de stylos du département de la cyber division et pourquoi.

La traque est lancée : Avery risque sa vie en se lançant à la poursuite d'un des criminels les plus recherchés de la Cyber division. Il a tué un agent d'Interpol, ami d'Avery.

Avery reçoit une alerte signalant que les empreintes digitales prélevées sur un cadavre correspondent à celles d'une hackeuse condamnée, Quinn Elliot, surnommée la Dame de cœur. Alors que Krumitz étudie le téléphone de la défunte, Brody et Raven tentent de découvrir ses dernières activités. De son côté, Elijah apprend que la victime était mariée depuis neuf mois avec un certain Louis James.

Avery et son équipe enquêtent sur un braquage de banque réalisé grâce au piratage du réseau interne de l'établissement. Les premiers éléments orientent les agents vers un hacker qui s'arrange pour faire profiter ses vols à des personnes dans le besoin, une sorte de Robin des Bois virtuel. Parallèlement, Raven fait une rencontre qui la déstabilise, quelques jours avant son audience judiciaire.

Le vol Argus Air 272 est sorti de son itinéraire. Le contrôleur aérien le voit sur son radar, mais il n'arrive pas à entrer en communication avec l'avion. Puis brusquement, cinquante appareils Argus 272 apparaissent sur le radar puis, disparaissent tout aussi soudainement. Il n'y a plus aucune trace du vol 272. Il a disparu du radar. Une intrusion informatique a été repérée dans le système de gestion des plans de vol. Avery et son équipe cherchent à comprendre ce qui s'est passé. C'est le GPS embarqué dans l'avion qui donne sa position. Or, il n'émet plus. Un marshal explique à Avery qu'à bord ce cet avion, se trouve une jeune fille qui bénéficie de la protection des témoins ainsi qu'un marshall, chargé de veiller sur elle. Mais Erica Chan est aussi dans l'avion pour tuer ce témoin d'un meurtre par les triades chinoises.

La Cyber division se lance dans une terrible course contre la montre lorsqu’est découvert un virus se propageant de routeur en routeur dans tout New York et infectant tous les téléphones sur son chemin, les empêchant d’appeler les secours en cas de besoin. L’enquête révèle peu à peu qu’ils ont affaire à un ex-standardiste des secours, sadique audiophile véritablement drogué à la panique de ses victimes. Il a ainsi échafaudé un plan pour enregistrer la peur de milliers de personnes à travers la ville afin de pouvoir les écouter. La tension monte encore d’un cran lorsqu’Avery et son équipe s’aperçoivent que pour fêter l’anniversaire de son licenciement, il compte reproduire ses trois plus grandes "réussites", trois personnes qu’il a réussi à faire mourir en n’envoyant pas les équipes de secours à temps. D.B. reçoit un sms ne lui étant pas destiné dans lequel une inconnue tente de reprendre contact avec un ancien amant. Il décide, par curiosité, de retrouver cette femme dont il admire à la fois le courage et la fragilité. Par un concours de circonstances, il fait la connaissance d’une certaine Greer Latimore, ex-agent des services secrets.

Andrew Michaels, l'ex-mari d'Avery, rentre d'un voyage au Japon quand il est arrêté à la douane. Il ne peut entrer aux Etats-Unis car il est… mort. Son assurance prévient Avery, qui est effondrée. Elle réalise qu'elle l'a toujours aimé. Andrew fait appel à Avery qui le prend sous la protection du FBI et cherche à comprendre comment un certificat de décès numérique a pu être signé par un médecin ! Par ailleurs, une procureure adjointe vient la trouver car deux témoins dans un procès n'ont pas pu témoigner car eux aussi étaient officiellement morts. Malheureusement, une fois le criminel libéré, faute de témoin, ils se sont fait tuer dans le monde réel. Rapidement, les cyber experts arrêtent Stella Kaine, responsable du piratage du Système de déclaration électronique de décès. Elle a tué numériquement 75 personnes, dont Andrew. Mais elle leur assure que c'est Reaper, un autre hacker qui tue les témoins gênants pour faire libérer des criminels...

Le meurtre d’une joggeuse, devenue une proie facile grâce au piratage de son bracelet connecté, mène la Cyber division en Caroline du Sud sur les traces de ce qui semble être de prime abord une sordide affaire de trafic d’organes. Au final, l'équipe engage une course contre la montre désespérée pour sauver un proche d’une maladie héréditaire mortelle. Krumitz et Nelson parient sur la persévérance d’un petit nouveau dans l’équipe technique du FBI. Avery et D.B. décident d’assister à un match de basket où leurs équipes respectives s’affrontent.

Avery découvre dans un de ses cartons de déménagement une tablette montrant la voiture qui transportait sa fille, quelques minutes avant l'accident qui lui a coûté la vie. Puis une question : Vous n'avez pas pu sauver votre fille. Et moi, pourrez-vous me sauver ? Par élimination, Avery comprend que le "moi" désigne Grace Clarks, la meilleure amie de sa fille, avec qui elle a renoué des liens depuis quelques mois. En répondant à cette question, la Cyber division accède à l'image de Grace, attachée et reliée à des fioles de produits qui finiront par la tuer. La règle du jeu est simple : à chaque mauvaise réponse à une énigme, elle reçoit le contenu d'une fiole. C'est le moyen qu'a imaginé Python pour se venger du suicide de sa mère, dont il rend Avery responsable.

Lorsqu’une photo de meurtre est massivement diffusée sur un réseau social de partage d’images, la Cyber division se lance dans la traque d’un tueur en série hyper connecté des plus retors, qui assassine des personnes en laissant un mystérieux QR Code sur leur corps, code contenant un lien vers la photo de son crime suivant. L'équipe se rend bientôt compte que le meurtrier s’en prend à des personnes ayant violé le règlement sur la publication de contenu abusif du réseau social, que ce soit en postant des incitations à la haine, de la pornographie, des images violentes, en faisant l’apologie de la drogue ou en se rendant coupable de harcèlement moral. De son côté, Elijah explique à son père qu’une barmaid appelée Nina le harcèle. Cal décide de s’occuper lui-même du problème et se rend au Conaghan’s Pub où il entame un échange assez vif avec Nina, avant de s’effondrer. Cette dernière appelle les secours et profite de cet évènement pour se présenter comme la femme d’Elijah à l’hôpital afin de pouvoir le voir à son arrivée. Ce dernier la rejette avec véhémence et lui annonce qu’il va demander une injonction d’éloignement.

Greer a été engagée par une société qui gère une application GPS participative. Plusieurs de leurs clients ont été déroutés, puis volés. La Cyber division arrive donc à Los Angeles pour enquêter sur ce piratage. Or, trois jeunes filles, cachées sous des visières irisées, se vantent d'avoir commis les vols. Elles se sont baptisées la "Flash squad". Ces voleuses s’intéressent aux bijoux et aux articles de luxe. En localisant tous les utilisateurs de l'application, la division repère un utilisateur dont le téléphone n'a pas bougé d'une rue depuis la veille. Il s'agit de Joel Matthews. Il a été victime de la Flash squad. Son corps et celui d'une jeune fille sont retrouvés près de sa voiture. Resté à Washington, Nelson informe Raven qu'il a porté plainte contre le FBI qui a utilisé dans son procès une pièce à conviction qui n'était pas couverte par un mandat fédéral. Il y a donc vice de procédure. Nelson espère regagner ainsi sa liberté. Avery et son équipe découvrent que la jeune fille trouvée auprès de Joel Matthews est encore en vie. Elle s'appelle Riley Van Lowe et elle a 20 ans.

Lorsqu’un vol de données top secrètes laisse tout le gouvernement américain à la merci de ses ennemis, la Cyber division se voit confier la lourde tâche de remédier au problème et de récupérer les données avant qu’elles ne se retrouvent entre de mauvaises mains. L’enquête avançant, l’équipe se rend compte qu’un jeune hacker âgé de 13 ans, Jake Hazelton, est à l’origine de l’attaque, mais il n’avait pas de mauvaise intention. En effet, le pirate a alerté lui-même les autorités, les prévenant de la vulnérabilité de leurs serveurs et devant l’absence de réponse, il a mis à jour les protocoles de sécurité. Mais un autre hacker, Echo, est bien déterminé à tuer Jake et à récupérer le disque dur contenant les données pour les vendre à la Russie. De retour au centre opérationnel, Avery a la surprise de découvrir son ex-mari dans son bureau. Ils décident de se remettre ensemble. Alors que la journée se termine, Nina se glisse dans le parking souterrain du FBI pour tendre une embuscade à Elijah...