横浜後発ミニマムホルダー暴動事件から3ヶ月。ムラサキは、はじめとコンビを組み、再び探偵を始めていた。そんなハマトラの元に、ストーカー事件を解決してほしいと言う依頼が寄せられる。ストーカーの存在に疑問を持ちつつも、マンションの前で張り込みを行うハマトラの前に、光速のミニマムホルダー、ヒカルが現れる……。

突如病院から失踪したチユウを捜していたレシオは、情報屋マオから、チユウの居場所の情報を得る。情報を元に、とあるクラブを訪れたレシオとバースデイは、そこで、フリーマムを名乗るミニマムホルダーの集団と、その代表、石神と出会う…。

横浜各地でミニマムを集めて回るアート。アートに能力を奪われたミニマムホルダーは、一様に異様なほど朗らかな性格に変わってしまっていた。一方横浜警察では、狂気のミニマムホルダー、佐村を、特別施設へと移送を行おうとしていた……。

ミニマムの発動直後、その副作用か、幼児化してしまうハニーは、ショックを受け、ノーウェアを飛び出して行ってしまう。そんなハニーの元に、ミニマム機関医療科顧問、ドクトルの護衛が依頼される。野良のミニマムホルダーの管理を強固に主張する彼は、ハニーの実の父親だった…。

ハニーを誘拐した犯人達を追いかける、ナイス・ムラサキの前に、アートが現れる。立ち向かう2人だが、ミニマムを発動すると、身体に不調が現れ、アートを取り逃してしまう。誘拐犯を逃すことに成功したアートは、彼らと接触を果たす…。

ナイスとムラサキは、情報屋マオから、ガスケが死ぬ直前に探っていた『最恐』と言う人物の名前を耳にする。そんな中、カフェノーウェアで、偶然タクシーのドライブレコーダーに記録されていた映像を目にした彼らは、警察署を襲撃したのが、フリーマムと言う集団であると知る。

瀕死の重傷を負ったムラサキを見舞いに来たカフェ・ノーウェアの面々。良かれと思って（？）取った行動は、全て裏目に出る始末だったが、それでも仲間の有難さを感じるムラサキだった。一方で、アートは、石神たち“フリーマム”と共に、次の一手を打つための新たな行動に出ようとしていた…。

モモカから、はじめは、周囲のミニマムホルダーの副作用が、はじめ自身の力のせいだと告げられる。モモカに連れられ向かった、モラルの残した研究施設で、アウトサイダーを目にしたはじめは、忘れていた過去の記憶を取り戻すのだった…。

商店街主催の演劇会のチラシをもって現れたハニーは、ノーウェアのメンバーで演劇をすることを宣言する。一番やる気のあったはじめをかぐや姫役に、一同は 演劇の練習を開始するのだった。一方フリーマムは、野良のミニマムホルダーの勧誘を進め、巨大な組織へと変貌を遂げようとしていた…。

病気の悪化で倒れたバースデイを、レシオは病院に入院させる。そんな中、フリーマムにいたチユウが、錯乱状態となって、彼らの元に帰ってきた。彼女はバースデイの病気を治せる可能性がある｢治癒のミニマムホルダー｣の情報を持っていた…。

勢力を拡大するフリーマムを中心に、日本国内にいるほとんどのミニマムホルダーが横浜に集まっていた。彼らはミニマムによる脅迫とともに、横浜をミニマムホルダーの特区とすることを政府に要求する。一方ナイスとムラサキは、マスターとコネコから、はじめと彼らの過去を聞くのだった…。

虚無の広がる世界で、アートはファクルタース学園時代を思い出していた。学園に来て7年。ナイスを始め、周囲の者たちがミニマムを開花する中、アート、そして弟のスキルは能力が見つからずにいた。そんなある日、アートは、スキルにだけ、ミニマムが見つかったことを告げられるのだった…。