L’histoire se déroule en 2014 au Japon, dans un monde où quelques personnes possèdent des pouvoirs surnaturels et surhumains appelés les « Minimum ». On surnomme ces personnes les « Détenteurs ». Parmi eux, un duo de détectives, Nice et Murasaki, ont monté une agence appelée « Hamatora », dans la ville de Yokohama. En guise de bureaux, ils ont investi une table du Café Nowhere, tenu par le taciturne et flegmatique Master. C’est là que démarrent toutes les enquêtes. Cette fois, Nice et Murasaki partent investiguer sur deux affaires distinctes, qui se révéleront très vite avoir des points communs...

Tandis que l'inspecteur Art poursuit son enquête sur les meurtres en série ayant pour victimes des Détenteurs, Nice et Murasaki reçoivent la visite de Mme Itô, présidente de l'Association de protection, de salubrité et d'égalité des enfants. Cette dernière leur demande de faire des recherches sur l'Institut Facultas, fameux institut aidant les Détenteurs à développer leur Minimum, et dont Nice et Murasaki sont eux-mêmes diplômés...

Une nouvelle affaire secoue Yokohama. Plusieurs adolescents de moins de 15 ans sont arrêtés pour tentative de vol à main armée. Tous font la même déclaration : ils ont envoyé un mail à une mystérieuse adresse, et l'arme leur a aussitôt été envoyée accompagnée d'une lettre. Nice soupçonne alors qu'il existe un lien entre l'affaire des armes et celle d'Outsider, le Détenteur tardif victime du professeur Morale. Il décide de mener son enquête. De leur côté, Honey et Three sont eux aussi embarqués contre leur gré dans cette affaire...

Hajime gagne à un tirage au sort et remporte le gros lot : un séjour de détente pour trois personnes dans une station thermale de Yokohama. Honey et Koneko l'accompagnent pour un week-end entre filles, au grand désarroi de Birthday et des garçons. Mais à peine arrivées, les filles se retrouvent au beau milieu d'une prise d'otages. Heureusement, les Hamatora, Birthday, Ratio ainsi que Three sont présent sur les lieux. Tous ensemble, ils vont tenter de résoudre cette mystérieuse affaire impliquant à nouveau un Détenteur tardif...

Nouvelle affaire pour les Hamatora. Chiyû, illustratrice de renom et vieille amie de Birthday et Ratio, est victime d'un enlèvement. Le ravisseur ne réclame pas une rançon, mais l'annulation d'une collaboration décrochée par Chiyû avec un réalisateur hollywoodien. De fil en aiguille, nos deux binômes de détectives découvrent les dessous de ce complot qui les ramène curieusement à l'affaire des meurtres en série perpétrés sur des Détenteurs. À force de recherches, Nice finit par percer l'identité du coupable, le professeur Morale, dont l'inspecteur Art refusait obstinément de lui parler...

Au fil de ses recherches, Nice finit par percer l'identité du coupable des meurtres de Détenteurs en série, un certain "Morale". Mais malgré son insistance, Nice ne parvient pas à soutirer des informations à l'inspecteur Art à ce sujet. Grâce à l'aide de Honey et de Three, Art tente de son côté de résoudre le vol du spécimen de Minimum sauvegardé, vol venant s'inscrire dans la lignée de l'affaire des Détenteurs tardifs...

Nice et Murasaki partent en déplacement à Okinawa où ils sont missionnés pour retrouver le fabricant d'une drogue appelée « Idéal ». Le commanditaire de l'enquête n'est autre que le frère de ce dernier, lui-même domicilié à Okinawa. Les Hamatora prennent l'avion en compagnie des lycéens de Yokobane, dont Seo et Rei, qui partent en classe de mer au même endroit. Parallèlement à leur enquête, les Hamatora sont contraints de participer au fameux "Triathlon explosif inter-lycéens d'Okinawa", qui se conclut par la redoutable épreuve du combat au concombre amer...

Honey et Three apprennent que l'inspecteur Art (ou plutôt celui qu'ils croient être l'inspecteur) les a écartés de l'enquête sur Morale. Three disparaît alors de la circulation, à l'insu de sa partenaire qui se réfugie au Café Nowhere. Peu de temps après, un client se présente à l'agence Hamatora en demandant des informations sur Three suite à une rumeur qui circule sur son compte. Les Hamatora découvrent alors que Three gère un centre d'aide sociale à l'enfance, et qu'il est soupçonné de maltraitance et d'obscurs trafics. Reste à découvrir quel est le vrai visage de Three...

L'affaire de Three et de l'orphelinat Poena accélère le mouvement d'agitation des Détenteurs tardifs qui sèment la zizanie un peu partout en ville. L'existence des Détenteurs fait la une de tous les médias, au point que la liste des noms de tous les anciens et actuels élèves de l'Institut Facultas est révélée au grand jour. S'engage alors une grande chasse aux Détenteurs qui se font injurier et persécuter de toute part. Pendant ce temps-là, Morale entame la dernière partie de son plan machiavélique avec lequel il espère rétablir un monde plus juste. Désormais, la rencontre entre Morale et Nice semble imminente...

Nice a retrouvé la trace de Morale. Tous deux s'installent au Café Nowhere, et Nice demande à Morale d'expliquer la raison qui l'a poussé à concevoir des Détenteurs tardifs et la méthode qu'il a employée pour y parvenir. Morale s'exécute, et les pièces du puzzle s'assemblent dans la tête de Nice. À l'extérieur, les émeutes de Détenteurs tardifs font rage. Murasaki, Hajime et Takahiro affrontent certains d'entre eux, mais les choses tournent mal...

Nice décide d'aller retrouver Morale pour mettre un terme à son plan machiavélique. Morale lui révèle alors qu'il a mis en place un dispositif susceptible de blesser de nombreuses personnes, et que seul Nice pourra l'arrêter s'il parvient à sortir vainqueur de leur affrontement. Nice parviendra-t-il à venir à bout de son redoutable adversaire ? Nul doute que ce dernier lui réserve encore de nombreuses surprises...