Die Attacken der Vampire auf Menschen werden immer häufiger und brutaler. Aus diesem Grund ruft Lady Integra die wichtigsten Personen aus Politik und Militär zur Krisensitzung ins Hellsing-Hauptquartier. Zur gleichen Zeit starten die beiden Vampir-Brüder Jan und Luke Valentine mithilfe einer hochausgerüsteten Ghoul-Armee einen Angriff auf die Residenz der Vampirjägerorganisation. Als die Soldaten der Hellsing-Organisation dem Überfall der Ghouls nicht mehr standhalten können, rücken Alucard, Seras Victoria und der ebenfalls kampferprobte Walter C. Dornez an. Werden sie es schaffen, die Vampirattacke zu stoppen?

Um den hohen Verlust an eigenen Soldaten nach dem Überfall der Gebrüder Valentine auf das Hellsing-Hauptquartier zu kompensieren, rekrutiert Walter die Söldnergruppe "Wild Geese". Währenddessen erfährt Integra von Enrico Maxwell, dem fanatischen Oberhaupt von Iskariot, von den Hintergründen des Millennium-Projekts. Sie beauftragt Alucard, Seras und Pip Bernadotte, den Kommandanten von "Wild Geese", nach Rio de Janeiro in Brasilien zu reisen, um die Hintermänner von Millennium aufzuspüren. Doch dort erwaret die Hellsing-Truppe nicht nur die Gegenwehr von korrumpierten brasilianischen Paramilitärs, sondern auch Tubalcain Alhambra, Leutnant der Millennium-Spezialeinheit "Das letzte Bataillon"!

Als die Königin von England von den Plänen der Millennium-Gruppe erfährt, beruft sie eigens eine Versammlung mit der Hellsing-Organisation und dem Iskariot ein. Doch das Treffen wird jäh unterbrochen durch eine Videonachricht des Majors, dem Anführer von Millennium, in der er dem britischen Königreich den Krieg erklärt! Während der Major mit einer ganzen Flotte an Kriegsflugschiffen bereits Richtung England unterwegs ist, kapern Rip van Winkle, eine seiner grausamsten Verbündeten, und ihr Werwolf-Einsatztrupp den britischen Flugzeugträger Eagle. Doch sie hat ihre Rechnung ohne Alucard gemacht!

Während Alucard auf dem "Eagle" festgehalten wird, startet das Millennium ihren Angriff auf London. Zorin Blitz macht sich mit einer kleinen Gruppe von Soldaten auf dem Weg zum Hellsing Hauptquartier, während der Rest der Vampire London attackiert. Sie töten Tausende von Zivilisten und versuchen, Integra zu gefangen zu nehmen. Auch Walter tut alles um die Stadt gegen die Untoten zu verteidigen. Doch die Millenium-Armee scheint nicht die einzige Gefahr zu sein, denn auch die Priester der Iscariot nutzen den Gunst der Stunde, um ihr Unwesen in Englands Hauptstadt zu trieben. 

Integra konnte knapp den Fängen Millenniums entkommen und versucht nun, die Männer Iscariots zu überreden, sie nach Hause zu eskortieren. In der Zwischenzeit ist das Hellsing Hauptquartier weiterhin unter Beschuss durch Zooling Blitz und ihre Soldaten. Nur noch Seras, Bernadotte und seine Wild Geese bilden die letzte Verteidigung vor den Angriffen der Riesin und ihrer Gefolgsmänner. Jedoch müssen sie nicht nur die Nazi-Soldaten, sondern vor allem Zoolings Illusionen fürchten.

Nachdem es Seras gelungen ist, die feindlichen Nazi-Soldaten zu besiegen, eilt sie Wild Geese zu Hilfe, die gegen Zooling Blitz chancenlos scheinen. Zoolings besondere Fähigkeiten wirken übermächtig und ihr gelingt es sogar, Seras in einer Illusion gefangen zu nehmen. Dort ist Seras gezwungen, sich erneut ihrer traumatischen Vergangenheit zu stellen. Um gegen diesen überlegenen Gegner eine Chance zu haben, müssen sich Seras und Bernadotte zusammentun und ihre Kräfte bündeln.

Enrico Maxwell bläst zum Sturm gegen die verbliebenen Soldaten des Millenniums, aber auch die Bürger Londons sollen bei diesem Angriff ihr Leben lassen. Walter, der einer Gehirnwäsche unterzogen wurde, steht nun als Vampir auf der Seite des Millenniums und zeigt seine neugewonnene Kraft. Inzwischen erreicht auch Alucard London und stürzt sich sogleich in die Schlacht. Integra löst Alucards letztes Siegel und die wahre Identität des Vampirs wird endlich aufgedeckt. Der letzte Kampf zwischen Alucard und Andersen steht nun bevor!

Der Kampf gegen Andersen geht in die zweite Runde. Dank Helenas Nagel hat der Priester übernatürliche Kräfte erlangt und treibt Alucard immer weiter in die Enge. Erst durch Seras' Unterstützung kann der Vampir die Oberhand zurückerlangen. Nun mischt sich allerdings auch der zum Vampir gewordene Walter ein und stellt sich seinen ehemaligen Verbündeten in den Weg. Es entbrennt eine blutige Schlacht zwischen den einstigen Kameraden, deren Ausgang ungewiss scheint.

Die letzte Schlacht gegen Millennium ist in vollem Gange und an allen Fronten wird bis aufs Blut gekämpft. Während Alucard dem immer jünger werdenden Walter gegenübersteht und Seras gegen den Hauptmann ihr Bestes gibt, nimmt es Integra direkt mit dem Major auf. Um sich zu stärken, absorbiert Alucard all das vergossene Blut Londons. Da genau dies der Plan des Majors war, hat es für den Vampir ungeahnte Konsequenzen und seine Kameraden können nur untätig zusehen...