Paman Raja Julien turun takhta dan menyerahkan mahkotanya kepada Pangeran Julien. Maka, pemerintahan Raja Julien ketiga belas pun dimulai!

Raja Julien menemukan bahwa "hanya" 99% lemur yang mencintainya, maka dia pun menjalankan misi untuk mencari dan mengubah pendirian satu-satunya "pembenci"-nya itu.

Karl, si jenius yang jahat, bertekad menghancurkan Raja Julien. Saat Clover dan Maurice ditangkap, Raja Julien harus menyelamatkan mereka dari musuh barunya.

Kelelahan usai menyelesaikan perselisihan rakyatnya, Raja Julien membuat raja boneka sebagai penggantinya. Dia lari dari tugas dan tanpa sengaja menyulut pemberontakan.

Paman Raja Julien bertekad merebut kembali takhtanya dengan meyakinkan Julien untuk pergi ke wilayah Foosa. Julien pun menyamar dan memaksa Maurice ikut dengannya.

Clover dipaksa berlibur, dan sementara kepergiannya, ia bertemu dengan Sage Penari Bulan yang tampan dan berjiwa bebas.

Julien bekerja sama dengan Timo si tenrec, ilmuwan yang diminta raja untuk membuat segala yang ada di kerajaan menjadi serba otomatis.

Julien, yang telah menghancurkan pesta ulang tahun seekor lemur muda, mengarang kebohongan yang rumit dan melemparkan kesalahan kepada sesosok "tokek raksasa".

Julien menemukan sekantung biji kopi di Teluk Ajaib dan membuat seluruh masyarakat lemur kecanduan kafein.