Paman Raja Julien turun takhta dan menyerahkan mahkotanya kepada Pangeran Julien. Maka, pemerintahan Raja Julien ketiga belas pun dimulai!

Raja Julien menemukan bahwa "hanya" 99% lemur yang mencintainya, maka dia pun menjalankan misi untuk mencari dan mengubah pendirian satu-satunya "pembenci"-nya itu.

Karl, si jenius yang jahat, bertekad menghancurkan Raja Julien. Saat Clover dan Maurice ditangkap, Raja Julien harus menyelamatkan mereka dari musuh barunya.

Kelelahan usai menyelesaikan perselisihan rakyatnya, Raja Julien membuat raja boneka sebagai penggantinya. Dia lari dari tugas dan tanpa sengaja menyulut pemberontakan.

Paman Raja Julien bertekad merebut kembali takhtanya dengan meyakinkan Julien untuk pergi ke wilayah Foosa. Julien pun menyamar dan memaksa Maurice ikut dengannya.

Clover dipaksa berlibur, dan sementara kepergiannya, ia bertemu dengan Sage Penari Bulan yang tampan dan berjiwa bebas.

Julien bekerja sama dengan Timo si tenrec, ilmuwan yang diminta raja untuk membuat segala yang ada di kerajaan menjadi serba otomatis.

Usai mempermalukan Maurice habis-habisan, Julien mencoba menebus kesalahannya. Sementara itu, Mort justru tanpa sadar bergabung dengan kelompok penentang Raja Julien.

Julien, yang telah menghancurkan pesta ulang tahun seekor lemur muda, mengarang kebohongan yang rumit dan melemparkan kesalahan kepada sesosok "tokek raksasa".

Julien menemukan sekantung biji kopi di Teluk Ajaib dan membuat seluruh masyarakat lemur kecanduan kafein.

Raja Julien punya gagasan brilian: menjinakkan seekor Foosa dan melatihnya untuk menjaga perdamaian di kerajaannya. Namun, rencananya justru gagal total.

Julien menciptakan tren mode dengan mengubah sekotak popok menjadi gaya terkeren yang pernah ada di kerajaannya.

Julien jatuh cinta pada pandangan pertama kepada Crimson, saudarinya Clover yang gila pesta. Apakah kini sang raja telah menemukan ratunya?

Saat Julien ditipu sehingga meyakini bahwa "buah nanas suci" mengandung kebijaksanaan dari raja-raja sebelumnya, Mort cemburu dan berupaya menyingkirkannya.

Karena kagum dengan gagasan soal uang, Raja Julien membawa uang tunai ke kerajaan. Namun, keterampilan tak terduga Mort dalam memutar uang menimbulkan masalah besar.

Saat kembaran pengganti Raja Julien terluka di seluncuran air, hanya Steve Tukang Sulaplah yang bisa melakukan negosiasi perdamaian dengan para buaya yang galak.

Julien menyelamatkan seekor lemur tua yang karismatik bernama Doc Sugarfoot dari gua, lalu mengangkatnya menjadi penasihat.

Karena berpikir Mort adalah putranya, Julien memberinya nama Falcon dan mendaftarkannya ke kontes Bakat Anak Kecil. Sang raja tak tahu menahu berapa usia asli Mort.

Rob, mantan sahabat dan rekan Julien dalam duo rap "Lemur Cinta Lemur Betina", muncul untuk membujuk sang raja agar kembali ke cara berpesta yang liar.

Julien menyerahkan kerajaannya untuk membantu sesama bangsawan yang sedang didera masalah. Ternyata, itu hanyalah tipuan dari dua musuh bebuyutannya.

Setelah bertekad mengklaim kepemilikan bulan demi seluruh bangsa lemur, Raja Julien bertemu langsung dengan Stanislav, si Monyet Ruang Angkasa Rusia.

Selepas Julien mengetahui bahwa Maurice bekerja sambilan sebagai penasihat Raja Tikus Joey, persahabatan mereka pun bubar dan Julien meminta saran kepada buah nanas suci.

Saat menulis kisah hidup Julien, Clover mengarang dongeng soal kalajengking raksasa pelahap bayi bernama Fred. Fred yang asli membacanya dan bersumpah untuk balas dendam.

Setelah Frank sang Dewa Langit memerintahkan para lemur agar mengorbankan Raja Julien, Julien pun menciptakan dewanya sendiri: Larry sang Dewa Gunung Api.

Akhirnya mimpi Julien untuk membuka kelab malam terwujud, tetapi tempat itu disatroni hantu bertopeng. Atau, mungkinkah itu hanya ulah orang iseng?

Julien didiagnosis terjangkit Penyakit Kuda Gila tetapi menolak menyerahkan takhtanya kepada si paman tanpa perlawanan atau usaha untuk lari.

Julien hilang dan pasokan mangga menipis. Kehidupan di desa jadi tak karuan... hingga orang tuanya Julien yang bangsawan, tapi menyebalkan datang berkunjung.

Clover dan Mort bergegas menyelamatkan raja saat Julien mencoba menyelamatkan diri dari papan bajak laut dengan memamerkan goyangan bokong "perompak baru" unggulannya.

Saat orang tuanya bersiap pergi, Julien berupaya memperbaiki kenangan masa kecilnya dengan memaksa mereka menghadiri resital tari yang tidak mereka tonton saat ia kecil.

Saat orang tuanya mengabulkan keinginan Julien yang meminta adik dengan mengadopsi Brodney yang menyebalkan, Julien berupaya keras agar Brodney merasa seperti bangsawan.

Julien panik saat orang tuanya menyatakan akan tinggal selamanya di sana. Rencana untuk menakut-nakuti mereka pun jadi bumerang saat Karl bertindak secara berlebihan.

Julien bertaruh bahwa timnya dapat mengalahkan tim Paman Raja Julien, dan kerajaannya jadi taruhannya. Masalahnya adalah atlet bintang yang digadang-gadang Julien tewas.

Para alien terus saja menculik Mort sehingga membuat Julien iri. Mampukah Clover & kawan-kawan membantu sang raja bertemu muka dengan para alien sebelum invasi dimulai?

Demi membakar semangat patriotik warga kerajaan, Julien memulai misi palsu melawan kupu-kupu. Kebanggaan para lemur diuji saat para serangga benar-benar menyerang balik.

Julien mengadakan kontes ide karena ingin menciptakan makanan cepat saji untuk kerajaan. Apakah ide yang menang akan jadi sajian lezat atau malah jadi hidangan terkutuk?

Julien yakin bahwa kacang melompat kesayangannya dicuri dan jadi terobsesi dengan keamanan. Meski Clover tak setuju, sang raja mempersenjatai warga dengan kalajengking.

Julien menghadiri reuni Sekolah Lemur karena ingin mengenang kembali masa mudanya, tapi cinta lamanya, Karen, dan musuhnya, Karl, punya rencana terselubung nan berbahaya.

Clover harus memilih antara menjalankan kewajiban kerajaan atau wibawa keluarga usai diundang untuk berkompetisi dalam Turnamen Maut, namun Julien melarangnya ikut.

Saat kesepakatan damai yang dibuatnya menyebabkan kerusuhan dan rusaknya Boombox, Julien ingin membangun tembok untuk menghalau bangsa nonlemur dari kerajaan pesta.

Merasa bosan dengan acara laporan berita Xixi, Julien meluncurkan sederetan program baru yang membuat seisi kerajaan menggila.

Setelah kepalanya terbentur, Clover mengira dirinya adalah tokoh dari kisah petualangannya. Yang lain harus ikut bermain peran demi menyelamatkannya dari nasib buruk.

Lukisan Mort yang menakjubkan menjadi buah bibir di seluruh kerajaan dan menghancurkan rencana Julien untuk menjadi bintang seni besar berikutnya.

Saat Masikura memperingatkan bahwa pulau akan tenggelam, Julien segera mencari jalur evakuasi. Maurice dan Clover menyisir kerajaan mencari mainan bayinya yang hilang.

Setelah mengusir ayam hutan yang berisik dari kerajaan, Raja Julien dihantui rasa bersalah dan memutuskan untuk menjalankan misi penyelamatan.

Terinspirasi oleh buku tata krama kuno, Raja Julien bertekad menggelar pesta dansa untuk para debutan. Namun, pelatih etika barunya bersikap berlebihan dalam pelatihan.

Saat Julien sakit dan teman-teman lainnya sedang berpesiar, Mort pun berpura-pura menjadi raja dan menyambut seorang juri kompetisi besar, namun berujung bencana.

Berkat sentuhan ajaib Timo, band Raja Julien yang kacau berubah menjadi sensasi musik pop. Namun, tak semua orang menyukai musik baru grup ini.

Saat Raja Julien memasukkan sebuah kaset rekaman misterius ke dalam Boombox, suara-suara anehnya mengaktifkan agen rahasia yang telah dicuci otak oleh sang paman.

Saat terjadi kesalahan pada mesin kloning baru Raja Julien, keluarlah segerombolan Mort buas yang dipimpin tiran mungil, bahkan Timo pun tak tahu cara menghentikannya!

Ketika melakukan petualangan liar di malam hari, Raja Julien berteman dengan seorang pejuang kesepian bernama Koto, yang memicu timbulnya emosi mendalam di kerajaan.

Sebuah penemuan mengejutkan membuat Maurice melakukan perjalanan mencari takdir sejatinya. Sementara itu, Julien merasakan bagaimana jadinya hidup tanpa Mo-Mo.

Saat para lemur gunung kian mendekat, Julien menantang mantan kawannya, Koto, untuk beradu tari epik dan pemenangnya akan menguasai kerajaan.

It's New Year's Eve in Madagascar, so King Julien decrees that every lemur on the island must do one thing: Party!

Raja Julien mengumumkan dirinya akan berubah menjadi lebih baik dan mencari sejumlah saran anonim dari rakyatnya tentang cara memperbaiki kerajaan mereka.

Bosan karena tak pernah diberi tugas menantang, Ted memunculkan kembali alter egonya yang gagah, Snake. Julien memanfaatkan talk show-nya Xixi demi meningkatkan reputasi.

Alergi pada urine tokek mengubah Raja Julien jadi Makhluk Malam mirip manusia serigala, sehingga Clover terpaksa meneruskan pekerjaan keluarganya sebagai pemburu monster.

Sebuah kasus orang hilang mengubah Julien menjadi seorang detektif film noir. Namun, saat ia mengira telah memecahkan kasus itu, semuanya malah menjadi semakin misterius.

Saat penasihat barunya Julien memperkenalkan media sosial ke hutan, media itu menimbulkan efek bencana terhadap rombongannya Julien dan hampir menghancurkan kerajaannya.

Dengan bantuan Julien, Karl menghadapi kakak laki-lakinya, yang ingin menggantikan semua kedai teh di Madagaskar dengan kios kopi bernama “Brüs by Bruce”.

Setelah menemukan 1 tong pupuk, Julien memutuskan untuk membuat pohon mangganya berbuah lebat. Sayangnya, ia mengabaikan ucapan Timo tentang batasan pupuk yang digunakan!

Saat Julien menempatkan para siswa dari kerajaannya di turnamen akademik berskala pulau, performa buruk mereka mendorong Julien untuk merombak kurikulum lemur.

Julien membuat Maurice berhadapan dengan Mort dalam pemilihan dan berbuat curang agar Maurice senang, tetapi semuanya kacau saat "Mort si Politikus" mengambil kendali.

Setelah mengumumkan ia dan Chauncey akan pensiun, Karl mengadakan sebuah kompetisi yang terinspirasi oleh Willy Wonka untuk memilih penggantinya sebagai musuhnya Julien.

Paman Raja Julien melakukan satu upaya terakhir untuk mengambil alih kerajaan. Namun, asmara mengalihkan perhatiannya, sehingga ia tak sadar rencana jahatnya jadi kacau.

Setelah Clover mengumumkan ia akan pergi dari kerajaan, Julien sadar dirinya akan memerlukan pasukan untuk pertahanan dan mengangkat diri sendiri sebagai sersan pelatih.

Saat Julien mengadakan pesta bujangan dan kehilangan calon mempelai pria, ia meminta Timo dan Dr. S membuat pengantin pria pengganti di pesta pernikahan.