Lucious, qui est maintenant un fugitif recherché, essaie d'échapper au gouvernement fédéral. Cookie reste occupée en se concentrant sur sa marque en dehors d'Empire, qui comprend désormais un talk-show et un centre communautaire. Andre, actuellement assis sur le trône d'Empire, est confronté à plusieurs personnes qui souhaitent désormais faire partie de la société et Hakeem se concentre sur le rôle principal du premier film d'Empire. Pendant ce temps, Becky et Giselle cherchent leur premier artiste pour leur label Bossy Media.

Alors que le plan de Lucious de fuir le gouvernement fédéral ne se déroule pas comme prévu, Cookie se retrouve dans une situation dangereuse avec Damon. Andre est hanté par un fantôme de son passé qu'il ne semble pas pouvoir ébranler et Tiana reçoit une réaction innatendue de la part de ses fans, au sujet d'un post publié sur les médias sociaux. Pendant ce temps, Becky enregistre son nouvel artiste, et est surprise par la visite inattendue d'un membre de la famille.

Une heureuse occasion familiale rassemble la famille Lyon, mais il devient évident que personne ne semble vouloir se regarder dans les yeux. Lucious, mécontent des progrès d'Empire et du film, entre en action et se confronte à des démons de son passé. Pendant ce temps, Cookie atteint un point de rupture et envisage de demander de l'aide. Quant à Andre, il encourage Tiana à dissiper la controverse qu'elle a créée pour la société.

Lucious, toujours obsédé par son passé, tente de réparer ses torts avec un vieil ami. Cookie se bat pour prendre le contrôle de la maison, mettant toute la famille au milieu, alors qu'Andre et Lucious se disputent un concours pour déterminer la direction que devrait prendre Empire. Pendant ce temps, Becky et Giselle sont en désaccord sur l’avenir de la musique de Bossy.

Candace et Carol emmènent Cookie lors d’un voyage entre filles à Miami pour s’amuser et essayer de lui faire oublier Lucious. Après une visite troublante avec Leah, Lucious fait face à une réflexion intérieure. Pendant ce temps, Andre prend une décision audacieuse à propos du prochain album de Treasure et Giselle va voir Tiana dans le dos de Becky pour trouver un nouveau public.

Après avoir réalisé que la musique était son véritable premier amour, Cookie entreprend des démarches pour revenir dans le monde de la musique et propose d'organiser un événement pour faire connaître Bossy Media. Au même moment, Lucious tente de reprendre le contrôle de Empire en tentant de saboter la vision d’André pour la société. Quant à Hakeem, il se sent également menacé par les liens étroits que DeVon entretient avec Prince et Bella.

De retour dans la musique, Cookie découvre un artiste au talent brut que Lucious a renvoyé il y a des années. Pendant ce temps, Lucious passe une journée en ville avec Yana et est surpris de découvrir qu’ils ont beaucoup plus en commun qu’il ne le pensait.

Hakeem s'inquiète des modifications apportées par Lucious au script du film, obligeant Lucious et Cookie à se réunir pour raconter les événements qui ont conduit à l'évolution d'Empire.

Cookie devient frustré par Lucious, qui a du mal à accepter que leur relation soit terminée. Lorsqu'elles se voient exclues des candidatures aux ASA (American Sounds Awards), les filles de Bossy Media choisissent Melody pour performer aux ASA, ce qui amène Tiana à remettre en question toutes ses décisions au cours des derniers mois.

Le monde des Lyon est bouleversé à cause d'une perte qui oblige l'un des membres de la famille à faire face à un traumatisme non résolu du passé.

Lucious essaye de faire signer Yana dans son label mais ils reçoivent de mauvaises nouvelles de la part des dirigeants d'Empire. Pendant ce temps, Cookie continue à essayer de se remémorer un secret oublié qu'elle a depuis plusieurs années.

Cookie continue de garder ce secret auprès de ses sœurs mais Lucious cherche à l'aider pour aller de l'avant. Lorsque Treasure ne peut pas se produire au prochain concert, Becky suggère à Yana de prendre sa place.

Lors d'un roadtrip entre soeurs, Cookie, Candace et Carol font un douloureux voyage dans le passé, faisant la lumière sur leur enfance et dévoilant des secrets déchirants du passé. Lucious se sert de quelque chose de spécial du passé pour aider Yana à surmonter ses difficultés. Maya élabore un plan pour générer plus de buzz pour le film «La naissance de l'Empire» et Teri devient de plus en plus craintive à l'égard d'Andre...

Alors que le jour de leur mariage arrive, les craintes de Teri concernant le caractère d'André refont surface. Cookie fait une découverte choquante en fouillant dans les finances de Bossy Media et Yana tombe amoureuse de Lucious. Maya se tourne vers Hakeem...

près avoir été témoins de la dépression d'André, Cookie et Lucious le font interner dans le même centre de traitement que Leah. Le sentiment de culpabilité que lui inspire la situation d'André amène Cookie à se demander en quoi sa vie serait différente si elle n'était pas allée en prison.

Lucious reprend le contrôle d'Empire et découvre certains accords commerciaux secrets d'Andre par le biais de Kelly. Cookie tente de relancer le Bossy Festival mais se heurte à des obstacles majeurs. Le partenariat improbable entre Hakeem et Maya s'avère finalement bénéfique.

En plein lancement du Bossyfest et de la lutte pour reprendre le contrôle de d'Empire, Cookie réfléchit sur sa vie et la femme qu'elle est devenue. Lucious ne peut nier ses sentiments pour Cookie, tout en continuant à soutenir Yan dans son ascension vers la gloire.