Lucious, die nu een gezochte voortvluchtige is, is op de vlucht voor de FBI. Cookie blijft bezig door zich te concentreren op haar merk buiten Empire, dat nu een dagelijkse talkshow en een buurthuis omvat. Andre, die momenteel op de Empire-troon zit, wordt geconfronteerd met verschillende mensen die nu bij het bedrijf willen komen en Hakeem richt zijn zinnen op de hoofdrol in de eerste EMPIRE-film. Ondertussen zoeken Becky en Giselle naar hun eerste Bossy Media-artiest.

Terwijl Lucious nog steeds op de vlucht is, confronteert Cookie Damon over waarom hij tegen haar loog. Andre, die te maken heeft met zijn eigen persoonlijke trauma, wordt plotseling gedwongen te worstelen met een onvoorziene familiecomplicatie. Ondertussen proberen Becky en Giselle de sterrenkracht te krijgen die ze nodig hebben van hun eerste Bossy Media-artiest en Tiana probeert Devon te helpen zijn geluid te vinden.

Terwijl het plan van Lucious om uit de FBI te ontsnappen eindelijk zijn hoogtepunt bereikt, bevindt Cookie zich in een gevaarlijke situatie met Damon. Andre wordt achtervolgd door een geest uit zijn verleden die hij niet lijkt af te kunnen schudden en Tiana ontvangt terugslag van fans via een social media-bericht. Ondertussen helpt Becky haar nieuwe artiest de goede kant op en wordt verrast door een onverwacht bezoek van familie.

Een gelukkige familie-gelegenheid brengt de familie Lyon weer bij elkaar, maar het wordt duidelijk dat niemand het eens lijkt te zijn met elkaar. Lucious, ongelukkig met de voortgang van Empire en de Empire-film, komt in actie en komt oog in oog te staan met demonen uit zijn verleden. Ondertussen bereikt Cookie haar breekpunt en overweegt om hulp te zoeken en Andre moedigt Tiana aan om de controverse die ze voor het bedrijf heeft gecreëerd, glad te strijken.

Lucious, nog steeds geobsedeerd door zijn verleden, probeert zijn fouten te herstellen met een oude vriend. Cookie probeert de controle over het huis te nemen en plaatst het hele gezin in het midden. Andre en Lucious nemen het tegen elkaar op in een wedstrijd om erachter te komen in welke richting Empire zou moeten gaan. Ondertussen staan Becky en Giselle op gespannen voet over de toekomst van Bossy-muziek.

Candace en Carol nemen Cookie mee op een vrouwendag naar Miami om plezier te hebben en Lucious af te leiden. Na een verontrustend bezoek aan Leah blijft Lucious achter om wat innerlijke zelfreflectie aan te pakken. Ondertussen neemt Andre een gewaagde beslissing over het komende album van Treasure en Giselle gaat achter Becky's rug om Tiana helpen een nieuw publiek te vinden.

Nadat ze zich realiseerde dat muziek haar echte eerste liefde is, zet Cookie stappen om terug in de muziekwereld te komen en biedt aan om een evenement te organiseren om bekendheid te krijgen voor Bossy Media. Ondertussen probeert Lucious de controle over Empire terug te krijgen door te proberen de visie van Andre voor het bedrijf te saboteren. Ook voelt Hakeem zich bedreigd door DeVons sterke band met Prince en Bella.

Bij het zetten van haar eerste stappen terug in de muziek, ontdekt Cookie een kunstenaar met rauw talent toen Lucious jaren geleden ontslag nam. Ondertussen brengt Lucious een dag in de stad door met Yana en is verrast om te ontdekken dat ze veel meer gemeen hebben dan hij dacht. Ook trekt Andre alles uit de kast om een onwillige kunstenaar te overtuigen om bij Empire te tekenen. Tracy vindt bewijs dat Lucious beschuldigt en Giselle komt een oude vriend tegen die Bossy Media kan helpen met zijn financiële problemen.

Hakeem maakt zich zorgen over de wijzigingen van Lucious in het Empire-filmscript, waardoor Lucious en Cookie samenkomen om de gebeurtenissen te vertellen die tot de evolutie van Empire hebben geleid. Andre wendt zich tot Kelly Patel om hem te helpen een controlerend belang in het bedrijf te verwerven, terwijl Teri steeds meer achterdochtig wordt over de rol van Andre bij het ondertekenen van de profeet de dichter. Ondertussen overweegt Bossy Media een stille partner aan te nemen om te helpen met hun financiële problemen en Philly Street confronteert Lucious met de informatie die hij van White Tracy heeft ontvangen.

De wereld van Lyon wordt op zijn kop gezet om ze verlies lijden, waardoor één Lyon gedwongen wordt om een onopgelost trauma uit het verleden aan te pakken. Ondertussen neemt Andre een belangrijke beslissing over zijn gezondheid, familie en carrière en Devon confronteert Tiana over haar relatie met Hakeem. Ook wordt een schokkende onthulling over de toekomst van de Lyon onthuld.

Lucious jaagt op een platencontract voor Yana, maar krijgt verrassende feedback van de execs van het label. Ondertussen worstelt Cookie met haar onvermogen om herinneringen te schudden aan het geheim dat ze zoveel jaren heeft bewaard. Lala, die zich verwaarloosd voelt door haar team bij Bossy Media, neemt ook een gevaarlijke stunt om promotie in eigen handen te nemen, en Andre lijdt aan brownouts en beoordelingsfouten terwijl Kingsley aandringt op meer controle.

Cookie blijft haar geheim houden voor haar zussen, maar Lucious vindt dat ze schoon moet komen om vooruit te komen. Wanneer Treasure niet in staat is om op te treden bij de komende showcase, stelt Becky voor dat Yana de plek inneemt, maar Lucious vindt dat ze er niet klaar voor is. Ondertussen worstelt Giselle met het geheim houden van haar familie voor Julian, Maya zet haar zinnen op haar eigen opname-deal en Andre's acties brengen Quincy in een zeer slechte situatie.

Tijdens een roadtrip maken Cookie, Candace en Carol een pijnlijke reis door het geheugen, belichten ze hun jeugd en onthullen hartverscheurende geheimen uit het verleden. Lucious gebruikt iets speciaals uit het verleden om Yana haar grote doorbraak te geven. Ondertussen maakt Maya een schema om meer buzz te genereren voor de film 'Birth of an Empire' en Teri wordt steeds angstiger voor Andre.

Als hun trouwdag aanbreekt, blijft Teri's angst voor Andre's humeur naar boven komen. Ondertussen vindt Cookie een schokkende ontdekking terwijl ze zich verdiept in de financiën van Bossy, wat leidt tot een verhitte confrontatie met Giselle. Dan begint Yana weer voor Lucious te vallen en Maya richt haar blik op Hakeem.

Na getuige te zijn geweest van de inzinking van Andre, laten Cookie en Lucious hem zich inzetten voor dezelfde behandelingsfaciliteit als Leah en het schuldgevoel dat Cookie voelt uit de situatie van Andre doet haar afvragen hoe anders het leven zou zijn als ze niet naar de gevangenis was gegaan. Ondertussen worstelt Becky met het in evenwicht brengen van haar persoonlijke en professionele relaties en Hakeem en Maya bevinden zich in een minder dan ideale situatie na een dronken nacht in Vegas.

Lucious blijft Empire runnen en ontdekt enkele van Andre's zakelijke misstappen via Kelly Patel. Ondertussen probeert Cookie BossyFest opnieuw te lanceren, maar stuit op grote obstakels van de ASA's. Ook blijkt het onwaarschijnlijke partnerschap van Hakeem en Maya gunstig te zijn en Becky viert haar verjaardag.

Tijdens de lancering van Bossyfest en de strijd om de controle over Empire terug te krijgen, reflecteert Cookie op haar leven en de vrouw die ze is geworden. Lucious vindt het onmogelijk om zijn gevoelens voor Cookie te ontkennen, terwijl ze Yana en haar roem blijft steunen. Wanneer de Lyons hun grootste bedreiging tot nu toe onder ogen zien, bereidt Lucious zich voor op de strijd van zijn leven en realiseert zich dat uiteindelijk familie het belangrijkste is.