Tres meses después de su detención, Lucious Lyon intenta controlar Empire Entertainment desde la cárcel, mientras una fiscal hace todo lo posible por derribarlo.

Cookie decide iniciar su propio sello discográfico pequeño, pero es un comienzo lleno de baches como todo el mundo tiene diferentes visiones para el nuevo sello. Como su primer proyecto para la nueva compañía, Hakeem decide formar un grupo de chicas y a una cantante latina, demostrando que puede ser algo más que un artista. Mientras tanto, Lucious, sintiendo la presión extra, contrata a un nuevo abogado y registra una pista épica desde el interior de la cárcel. En ausencia de Lucious, Jamal descuida su música, hace movimientos empresariales y continúa su viaje hacia convertirse casi tan implacable como su padre.

Cookie y Anika trabajan para montar una actuación juntas a espaldas de Lucious y así lograr llamar la atención de Pitbull. Al mismo tiempo, Lucious trata de convencer a la hija de Frank Gather para que firme con él.

A pesar de las divisiones, los Lyon deciden grabar un video musical que saque provecho del dúo entre Hakeem y Jamal. Mientras, Lucious se propone encontrar a Vernon para hacerlo desaparecer de forma permanente.

Cookie y Anika trabajan junto con Laz para lanzar “Cookie Lyon’s Block Party”, un gran evento para lanzar su empresa, mostrar sus artistas. Mientras tanto, Jamal se ocupa trabajando en su música con Ne-Yo. También, Hakeem comienza un romance con la cantante de su grupo de chicas, y Andre toma medidas para librar su alma de los pecados pasados.

Lucious y Cookie deben dejar de lado sus diferencias y trabajar juntos como padres para proteger a su familia y mantenerlos fuera de peligro. Jamal hace todo lo posible para volver al estudio.

Lucious comienza a planear estrategias de la ascensión de Empire de sello discográfico a la música mundial, por lo que ve en iniciar una asociación con Jago, el fundador de una compañía de música de streaming. Mientras tanto, Andre tiene que torcer sus valores recién descubiertos para lograr un delicado equilibrio entre su fe y su carrera, Hakeem comienza a trabajar con Laura para convertirla en una estrella.

ucious lanza un rap interpretado por Freda; Cookie recibe la visita de su hermana Candance; Jamal está trabajando para cerrar un acuerdo de patrocinio muy importante; Anika recibe unas noticias que podrían cambiar su vida.

Cookie y su hermana, Candance, se unen con una ex compañera de prisión para rescatar a su hermana, Carol. De vuelta en Empire, Jamal y la estrella pop aclamada por la crítica Skye Summers empiezan a colaborar y pronto comparten una conexión especial. Mientras tanto, Laz se ha enamorado realmente de Cookie, pero las cosas se complican cuando ella se entera la verdad acerca de el.

Lucious decide jugársela sin pensar buscando un servicio que él cree que lo va a convertir en el hombre más poderoso de la música.

Luscious declara que va a hacer todo para recuperar su poder, pero Cookie tiene sus propias ideas; una gran tragedia cambia la vida de la familia Lyon.

Con Hakeem actuando como CEO de Empire, Camilla hunde sus garras más y más en él. El resto de la familia Lyon trata que él vuelva a su lado, pero Hakeem tiene su propio plan.

Las tensiones entre Lucious y sus hijos siguen aumentando. De vuelta en Lyon Dynasty, Lucious pretende dirigir su más emocional y honesto vídeo musical. 

Lucious lanza su nuevo video musical, mientras manipula y sabotea a los que lo rodean para recuperar su posición de CEO en Empire. Mientras tanto, Andre aprende más acerca de la enfermedad de su abuela con el fin de entender su propia lucha, Anika revela un gran secreto a la familia.

Lucious organiza una recaudación de fondos como parte de una campaña para demostrar que debería volver a su puesto de CEO en Empire; Hakeem considera si ser o no un padre para el hijo de Anika.

El descubrimiento de un oscuro secreto se convierte en el tema del vídeo musical profundamente personal de Lucious sobre su madre; asuntos secretos comprometen a Hakeem y Jamal; Rhonda cree saber la identidad de su agresor.

Después de una experiencia que cambia su vida, Jamal se niega a hacer música hasta que su familia acabe su ciclo aparentemente interminable de violencia y enfrentamientos. Mientras tanto, los federales están siguiendo a Anika porque quieren obligarla a declarar en contra de Lucious. Con el fin de proteger a su familia, Cookie organiza una reunión en la boda de Laura y Hakeem con varias personas de su pasado y el de Lucious.