We zijn drie maanden verder na de arrestatie en opsluiting van Lucious Lyon, hoofd van Empire Entertainment. Ondanks dat Lucious Lyon opgesloten zit probeert hij Empire te runnen vanuit de gevangenis terwijl een publiciteitsgeile openbare aanklager er alles aan doet om hem op te sluiten. Ondertussen ensceneert Cookie een met sterren bezaaid #FreeLucious concert terwijl hij samen met Andre, Hakeem, Anika en Mimi Whiteman de vijandelijke overname van Empire aan het voltooien is.

Cookie en haar groep besluiten om hun eigen kleine platenlabel op te starten, maar doordat iedereen verschillende visies heeft ondervinden ze een hobbelige start. Voor zijn eerste project voor het nieuwe bedrijf besluit Hakeem om een meidengroep samen te stellen en tracht een bloedmooie Latijnse hoofdzangers te verkrijgen door te bewijzen dat hij meer kan zijn dan enkel een artiest.

Anika werkt stiekem achter Lucious zijn rug om een verrassingsoptreden te organiseren en dat wekt de intresse van Pitbull. Ondertussen spoort Lucious Frank Gathers dochter, Young Ma, op om haar er van te overtuigen om een platencontract te tekenen bij Empire. Hareem is hard aan het werk met zijn meidengroep 'Mirage a Trois'. Ook hoopt Andre en Rhonda dat hun op komst zijnde kind de sleutel die Lucious koude hart opent waardoor Andre terug naar Empire kan keren.

De Lyons zijn nog steeds geplitst in meerdere partijen, maar ze besluiten allemaal om samen een muziekvideo op te nemen dat Hakeem en Jamal's duet van Hakeem's uitgelekte album gaat kapitaliseren. Een samenwerking waarbij beide bedrijven van gaan kunnen profiteren. Ondertussen ruilt Lucious zijn handboeien in voor een enkelband. Echter weet hij dat hij geen volledige controle heeft van zijn bedrijf met een federaal moordzaak aan zijn hoofd, daarom besluit hij om Vernon te vinden en hem permanent te doen verdwijnen.

Cookie en Anika werken samen met Liz om een evenement te houden om hun artiesten voor te stellen en een nummer die geschreven werd door Hakeem voor de eerste keer te laten horen. Jamal werkt samen met Ne-Yo aan zijn muziek. Hakeem begint aan een relatie.

Lucious en Cookie moeten hun verschillen aan de kant zetten om samen als ouders hun gezin te beschermen tegen gevaar. Jamal doet zijn best om terug in de studio te komen en te breken van uitsluitend gedefinieerd te worden als een homoseksuele artiest, terwijl Hakeem worstelt met hoe hij zich als een man moet voelen en gedragen. Andre vindt een pupil.

Lucious werkt aan een strategie om Empire uit te breiden tot een globaal muziekimperium, dus kijkt hij om een partnerschap te beginnen met Jago, de stichter van een muziek streaming bedrijf. Ondertussen moet Andre zijn religieuze waarden bij draaien om een evenwicht te vinden tussen zijn geloof en zijn carrière. Hakeem begint samen te werken met Laura om haar te veranderen in een ster en Cookie zet haar zinnen om Lyon Dynasty onderdeel van een grootschalig liefdadigheidsevenement op televisie te laten zijn.

Lucious, die popelt om zijn macht te doen gelden, brengt een rap door Freda uit waarin hij Hakeem uitdaagt als zijn erfgenaam. Hakeem daagt Freda uit met een rap battle dat de toekomst van Lyon Dynasty in gevaar brengt. Ondertussen krijgt Cookie speciaal bezoek van haar driftige zus, Cadace. Jamal werkt aan het binnenhalen van een belangrijke sponsordeal en Anika krijgt nieuws dat haar hele leven gaat veranderen.

Cookie en haar zuster, Candace, komen samen met een voormalig vriend uit de gevangenis om hun zus, Carol, te redden. Jamal en de veelgeprezen popartiest Skye Summers beginnen samen te werken en al snel delen ze een diepe connectie. Ondertussen is Laz verliefd geworden op Cookie, maar dingen worden ingewikkeld wanneer ze de waarheid over hem te weten komt.

Nadat hij het bedrijf heeft verloren dat hij heeft opgebouwd, kondigt Lucious aan dat hij nergens voor stopt om zijn macht te herkrijgen, maar Cookie heeft haar eigen manier om dingen op te lossen. Ondertussen komen Rhonda, Andre en de rest van de Lyon familie in het reine met een gruwelijke tragedie dat hun leven zal veranderen.

Met Hakeem als waarnemend CEO van Empire, zinkt Camilla haar klauwen steeds dieper in hem. De rest van de familie probeert om hem te overtuigen om weer bij hen aan te sluiten, maar Hakeem heeft zijn eigen plan. Ondertussen krijgt Jamal een terugslag van zijn fans en het huwelijk van Andre en Rhonda wordt op de proef gesteld.

De spanningen tussen Lucious en zijn zonen blijft stijgen. Terug bij Lyon Dynasty, streeft Lucious er naar om zijn meest emotionele en eerlijke videoclip tot nu toe te registreren en reconstrueert een traumatische interactie met zijn moeder voor de nieuwe single. Ondertussen op de Mirage a Trois-tour beginnen Tiana en Laura te vechten om de aandacht.

Lucious brengt zijn nieuwe videoclip uit, terwijl hij degenen om hem heen manipuleert en saboteert om zijn positie als CEO van Empire te herwinnen. Ondertussen leert Andre meer over de mentale ziekte van zijn grootmoeder om zo zijn eigen strijd met een bipolaire stoornis te begrijpen. Anika onthult een groot geheim aan de familie en Hakeem leidt de grote vergadering met de aandeelhouders.

Lucius organiseert een benefietavond, met hulp van Andre. De benefietavond is onderdeel van zijn campagne om het bestuur te overtuigen dat hij terug moet keren als de CEO van Empire. Ondertussen moet Hakeem besluiten of hij een vader wil zijn voor het kind van Anika en hem.

Er hangt een schaduw boven Lucious persoonlijke videoclip over zijn moeder als André een geheim ontdekt. Hakeem en Jamal komen tot een schikking na nieuwe geheimzinnige zaken. Rhonda begint te vermoeden wie de dader is.

Terwijl Hakeem worstelt om een plaatsje te vinden tussen zijn carrière en zijn familie voelt hij de druk van zijn veeleisende verloofde. Cookie vertelt eindelijk de waarheid over wat er met Freda's vader is gebeurd. Ondanks zijn frustraties over zijn familie doet Jamal een concessie voor Lucious.

Na een ervaring die zijn leven veranderd, weigert Jamal nog muziek te maken totdat zijn familie stopt met hun leven vol geweld. Ondertussen probeert de FBI Anika te dwingen te getuigen tegen Lucious. Om haar familie te beschermen organiseert Cookie een ontmoeting op Hakeem en Laura's bruiloft met verschillende mensen uit haar en Lucious verleden.