Sur Terre, alors que le Doyen des Aînés fait ses adieux à son peuple, le combat des titans prend fin sur Namek : Freezer est battu. Son Goku s'apprête à quitter la planète quand le tyran à l'agonie l'implore. Pris de pitié, le Super Saiyan lui donne un peu de son énergie pour lui permettre de s'en aller. Mais Freezer entêté n'acceptant toujours pas sa défaite profite de sa clémence pour l'attaquer avant d'être définitivement vaincu par une vague d'énergie de Son Goku. Ce dernier n'a guère le temps de se réjouir, il lui faut à présent quitter la planète au bord de l'extinction.

Le vaisseau de Freezer définitivement détruit, Son Goku semble subir le même sort que la planète Namek : celle-ci se désintègre dans l'espace. Sur Terre comme chez Kaio, l'ambiance est au deuil mais tout espoir n'est pas perdu. En effet, nos héros se servent une fois de plus des Dragon Balls de Namek pour ressusciter à tour de rôle Krilin, Yamcha, Ten Shin Han et Chaozu. Mais contre toute attente, Polunga ne parvient pas à ramener Son Goku pour une bonne raison : ce dernier est toujours vivant et compte regagner la Terre par ses propres moyens. Dende a du mal à quitter Son Gohan. La paix est revenue sur Terre, à moins qu'une nouvelle menace approche.

Un an s'est écoulé depuis que Freezer a été vaincu par Goku mais ce dernier n'est toujours pas revenu. Alors que tous attendent avec impatience son retour, le cauchemar reprend : Freezer a survécu. Complètement rétabli et accompagné de son père, le roi Cold, celui-ci se rend sur Terre pour assouvir sa vengeance.

Alors que Freezer s'apprêtait à commencer son travail de destruction de la Terre, un mystérieux jeune homme s'interpose. À la surprise générale, celui-ci se débarrasse des sbires du tyran en un clin d'œil. Par la suite, le jeune garçon dit connaître Goku mais plus encore, qu'il est lui-même un Super Saiyan. En effet, sans perdre une seconde, il se métamorphose devant Freezer qui se révèle impuissant et dépassé par ce nouvel adversaire. Il ne faut pas plus de quelques minutes pour que Freezer et son père Cold soient éliminés. Cependant, tout le monde se pose la question sur cet étrange garçon.

Comme l'avait annoncé le mystérieux jeune homme, trois heures plus tard, Goku est finalement revenu mais ce dernier n'a aucune idée de l'identité de cet inconnu. C'est un tête à tête privé entre les deux Super Saiyan que la vérité va éclater : ce jeune garçon se prénomme Trunks, fils de Vegeta et Bulma et venu de 20 ans du futur. Ce dernier a entrepris ce voyage temporel pour changer le cours de l'histoire et avertir Goku et son entourage d'une terrible menace : dans 3 ans, deux êtres artificiels aussi appelés les Cyborgs dotés d'une puissance phénoménale apparaîtront, semant la mort et la destruction sur la Terre.

Peu avant la séparation des super combattants, Goku fait la démonstration d'une technique nouvellement acquise : la téléportation, qui lui permet de se déplacer instantanément d'un endroit à un autre en ressentant le Ki d'une personne. Puis, l'heure est au départ et à l'entraînement ; chacun compte se donner à fond durant les trois ans qui les séparent de l'arrivée des mortels cyborgs.

Le moment tant redouté est arrivé : les cyborgs apparaissent et commencent leur travail de destruction. Sans compter leur grande force, ces deux êtres artificiels ne dégagent aucune aura et possèdent la capacité d'absorber l'énergie de leurs adversaires.

Après s'être rendu dans un lieu désert, les deux cyborgs révèlent que depuis la destruction de l'armée du Red Ribon, Goku a été observé et étudié durant chacun de ses affrontements passés afin d'obtenir les meilleures chances d'être vaincu. Détail qui ne semble pas inquiéter notre héros qui, sûr de lui, se transforme en Super Saiyan et engage le combat avec C-19. Le cyborg semble désavantagé face à la puissance de Goku mais très rapidement, quelque chose cloche ; ce dernier s'essouffle très rapidement, trop rapidement et la vérité s'impose d'elle-même : sa maladie cardiaque se manifeste et amenuise ses forces.

Alors que Goku est sur le point d'être vidé de son énergie, c'est l'arrivée tardive de Vegeta qui lui sauve la vie. Notre héros malade emmené en lieu sûr par Yamcha pour être soigné, l'auto-proclamé Prince Saiyan prend le relais dans l'affrontement et une surprise de taille attend les défenseurs de la Terre autant que les cyborgs eux-mêmes : Vegeta est également devenu un Super Saiyan. Il ne lui faut donc pas plus de quelques instants pour détruire le cyborg C-19.

Devant la puissance de Vegeta, C-20 n'a d'autre choix que de dérober l'énergie de ses adversaires afin de le surpasser. Alors qu'il parvient à piéger Piccolo en premier, ce dernier parvient à s'en défaire grâce à l'intervention de Gohan, rejoint rapidement par les autres super combattants. Un affrontement s'engage par la suite entre Piccolo et C-20, mené d'une main de maître par le Namek. Alors qu'il s'apprête à en finir, Trunks fait une arrivée surprise et annonce à la stupéfaction de tous que les cyborgs C-19 et C-20 lui sont totalement étrangers. C-20, qui concocte un plan qui consiste à libérer C-17 et C-18, s'enfuit en faisant exploser les montagnes.

Profitant de sa diversion, C-20 s'enfuit dans les montagnes pour se rendre jusqu'au laboratoire. Le présent actuel n'a décidément rien à voir avec celui de Trunks : la maladie de Goku se manifestant tardivement, la présence de cyborgs inconnus. Les révélations s'enchaînent également : d'après Bulma, le cyborg C-20 ne serait nul autre que le Dr Gero lui-même et finalement, l'identité de Trunks est révélé à tous, ce qui en stupéfait plus d'un, Bulma sa mère la première. Mais pas le temps de se remettre de ces émotions car il reste toujours deux androïdes à détruire mais pour cela, nos héros doivent d'abord trouver l'emplacement du laboratoire du Dr Gero à temps.

Le laboratoire du Dr Gero est retrouvé mais trop tard. En effet, ce dernier a le temps d'activer C-17 et C-18 mais tout ne se passe pas comme l'inventeur le souhaite. Ses deux créations refusent de lui obéir et ont tôt fait de se débarrasser de lui sous les yeux ébahis des super combattants présents sur place. Après une tentative ratée de Trunks pour les détruire, C-17 et C-18 active le C-16, un cyborg entièrement artificiel. Alors qu'ils partent à la rencontre de Goku (tuer ce dernier étant initialement la mission que leur créateur leur a assigné), Vegeta ne l'entendant pas de cette oreille leur barre la route et les pousse à l'affrontement.

Alors que le combat s'engage entre Vegeta et C-18, les autres super combattants les rattrapent. Très rapidement, l'affrontement tourne à l'avantage du cyborg et Vegeta est incapable de rivaliser, allant même jusqu'à se faire casser un bras. Trunks, Piccolo et Ten Shin Han tentent de lui prêter main forte mais C-17 s'interpose et se débarrasse des trois en un rien de temps. Ne reste finalement que Krilin.

La lourde défaite face aux cyborgs laisse un goût amer dans la bouche des super combattants qui sont à présents très inquiets et désemparés. Ces créatures sont puissantes, nettement plus que celles du futur d'où vient Trunks. Il faut donc agir vite : tandis que Vegeta, profondément humilié s'en va pour méditer sur son échec, les autres se rendent chez Goku pour le mettre en lieu sûr avant l'arrivée des cyborgs. Piccolo, quant à lui, ne voit plus qu'une ultime solution pour se débarrasser de ces adversaires : fusionner avec Kami afin de redevenir le Namek que tous les deux étaient à l'origine.

La créature inconnue a tôt fait d'attirer l'attention ; cette dernière a décimé toute la population d'une ville et devant la gravité de la situation, Kami prend sa décision : il est temps pour le Démon et Dieu de ne faire plus qu'un.

La fameuse créature fait finalement son apparition face à Piccolo. Mise à part sa forte puissance, ce monstre semble étrangement dégager plusieurs auras, dont celle de Super Saiyans comme Vegeta et Goku, des combattants comme Freezer et son père. Un combat de titans débute entre les deux et un premier résultat de l'unification Piccolo / Tout Puissant se fait ressentir. Sa force lui permet de dominer très largement son adversaire jusqu'à ce qu'il se fasse surprendre au point de se faire pomper l'énergie de son bras. Assuré de sa victoire, l'inconnu daigne donner son identité : un cyborg du nom de Cell.

Malheureusement pour Cell, Piccolo a des pouvoirs de régénérations, Cell croyant que Piccolo est presque mort accepte de lui dire qui il est vraiment. Dès que Piccolo le sait, il arrache son bras afin qu'un autre le remplace, le combat continue.

Après avoir tout raconté aux autres, Piccolo accompagné de Ten Shin Han part à la recherche de Cell pour l'éliminer. De leurs côtés, Trunks et Krilin se rendent au laboratoire souterrain du Dr Gero pour le détruire et récupérer des informations sur les cyborgs. Vegeta qui ne digère toujours pas sa défaite face à eux doit se rendre à l'évidence. Il est incapable de rivaliser avec sa force actuelle, il lui faudra donc dépasser le stade de Super Saiyan pour y parvenir. Constat que fait également Son Goku, rétabli et qui se réveille enfin de son coma.

Compte tenu de la situation, Goku ne voit qu'une solution pour lui permettre de s'améliorer en un temps limité : la salle de l'Esprit et du Temps, salle dont le temps s'écoule plus lentement que la normale. Il propose à Vegeta et Trunks de profiter des propriétés de cette salle pour s'entraîner également. La limite étant de deux personnes, Vegeta et son fils s'y rendent en premier. Pendant ce temps, le trio Cyborg est arrivé chez Tortue Géniale et Piccolo va tenter de gagner du temps.

Le face à face Piccolo / C-17 a démarré et les deux adversaires semblent posséder une force équivalente. Pendant ce temps, Bulma a terminé les analyses des plans et est parvenu à trouver le point faible des cyborgs : leur système d'arrêt d'urgence, activable grâce à une télécommande qu'elle a construite. Il faut faire cependant vite car Cell part à la rencontre des cyborgs pour les absorber.

Cell est finalement arrivé sur place et l'absorption d'un grand nombre de Terriens fait que sa puissance est sans égal, C-17 et Piccolo en sont les premières victimes.

Piccolo hors combat et C-17 proche d'être assimilé par Cell, le discret C-16 décide de prendre la relève et contre toute attente, ce dernier semble posséder une puissance suffisante pour lui tenir tête.

Face à un Cell ayant endommagé C-16 et s'apprêtant à absorber C-18, Ten Shin Han intervient et lance une série de Kikohos sur le monstre afin de permettre aux deux androïdes de prendre la fuite. Un répit bref car consommant trop d'énergie, il s'effondre et se retrouve à la merci de Cell, jusqu'à ce que Goku le sauve in extremis lui et Piccolo par téléportation.

Vegeta et Trunks ont enfin terminé leur entraînement et après s'être vêtu de nouvelles tenues de combat, ces derniers se rendent directement confronter Cell, toujours à la recherche de C-18. Un combat s'engage entre Cell et Super Vegeta qui, dès le départ, déploie une puissance supérieure à celle de son adversaire. Pendant ce temps, Goku et son fils sont entrés dans la salle de l'Esprit et du Temps afin de s'entraîner à leur tour.