어느 날, 산몬시에서 다른 세계로"문(게이트)"이 열렸습니다. 그 문으로 나중에는 네이버라는 침략자가 나타나 거리를 유린했고 사람들은 공포에 휩싸였습니다.그러나 갑자기 나타난 수수께끼의 일단이 침략자를 격퇴하고, 이렇게 말했습니다.우리는 이날을 위해 계속 준비해 왔습니다. 그로부터 4년. 산몬시의 중학교에 다니는 미운슈의 반에 빈유신이라는 소년이 전학을 왔습니다.이 유진과의 만남이 수나라의 운명을 크게 바꾸게 됩니다.

현장으로 달려간 삼륜대는 이미 괴한에게 격파된 대형 네이버와 지면이 함몰돼 처참한 잔해를 목격합니다.'도대체 누가 이걸...?' 당황한 삼륜대. 한편, 미운슈는 스스로 네이버를 자처하는 빈유진에 휘둘리고 있었습니다. 유우진이 무방비하게 백만엔짜리 돈다발을 꺼내는 바람에 불량배들에게 둘러싸이지만 쉽게 쫓아내버려요.그런 유진을 무엇이든지 힘으로 해결하지 말라고 일러주는 수입니다. 서서히 신뢰관계가 생기기 시작한 둘입니다.새로운 위험이 닥치고 있었습니다.

기지 내 유도장치가 게이트가 열리는 위치를 기지 주변으로 한정하고 있음에도 불구하고 경계구역 밖 미쿠모 오사무들이 있는 학교에 게이트가 열리면서 전투용 트리온 병사들이 습격하기 시작했습니다. "어삼의 팔로는 죽는다"고 말리는 유한유진을 뿌리치고, 오사무는 학생들을 구하기 위해 자신의 비력을 알고 전투용 트리온병 몰모드와 싸우려 합니다.아니나다를까 금방 절체절명에 빠지는 오사무입니다.그런 곳에 유진이가 나타나는 '나쁜 오삼, 네 트리거 좀 빌리자' 입니다.

네이버인 빈유진을 보호하기 위해 미쿠모 오사무가 트리온병 몰모드를 쓰러뜨린 셈이 되어, 훈련 이외에서의 트리거 사용을 허가받지 못한 C급 대원 오사무는 A급 대원 목호에게 규칙 위반을 비판 받습니다."실력이 부족한 대원이 영웅인 체하고 현장에 나가면 언젠가 심각한 문제를 일으킬 게 불을 보듯 뻔합니다." 싸늘한 태도와는 달리 엘리트 의식이 강한 목호는 왜 C급 대원의 수(修)가 훈련용 트리거로 몰모드를 쓰러뜨릴 수 있었는지 믿기지 않고….

시가 지상공을 천천히 선회하며 폭탄을 투하하고 있는 신종 트리온병 일거입니다.과감하게 일가의 큰 등에 올라타는 목호입니다.이루가의 입 부분 상하 치아가 갑자기 우지끈하고 맞물리면서 닫힌 순간, 그 키의 좌우 겨드랑이에 기분 나쁜 돌기물이 나와 빛나기 시작합니다.자폭모드로 들어가 시가지로 향하는 일가집입니다."멈춰라, 멈춰라!" 뜻밖의 일이 벌어진 목호에게…

이레귤러 게이트의 원인규명을 지시받은 슌입니다.오사무는 자신의 처우를 상층부에 교섭해 준 슌의 존재를 든든히 생각하면서, 시간이 없는 미션에 불안을 숨기지 못하고 있었습니다.한편, 유우진은 레플리카의 조언에 따라, 심야의 학교에서, 이레귤러 게이트의 원인을 조사하고 다녔습니다.다음날 아침, 슈와 슌, 그리고 유우진은 이끌리듯이 만나지만…

오사무가 유마와 복제에게 손을 뻗습니다. 그와 치카는 유마로부터 이웃에 대한 중요한 정보를 배우지만, 곧 두 명의 A-랭크 요원 슈지와 요스케에 의해 발견됩니다. 그들은 인간의 모습으로 이웃을 찾고 있습니다.

문답 불필요하게 유진에게 공격을 가하는 미와야. 게다가 스나이퍼 2명이 더해져 4명과 동시에 싸우게 되는 유진.A급 7위 부대인 삼륜대의 공격은 무시무시하고, 유진이 고전하고 있습니다고 미타 오사무는 슌에게 연락하고 도움을 청합니다. 하지만 슌은 '유진은 특별'하니 안심하고 보고 있으라고 타이릅니다.그때 삼륜대가...!! 입니다.

삼륜대를 혼자서 격파한 유진 블랙트리거를 둘러싸고 의견이 갈리는 보더 상층부입니다.「그 네이버를 처치하고, 블랙 트리거를 회수해라」라고 이번에는 신속하게 블랙 트리거의 포획을 명하는 키도 사령입니다.유진(遊眞)과 슌(슌)의 충돌을 걱정하고 있는 오사무입니다.그리고 유진에 숨겨진 수수께끼가 점점 밝혀지네요...

네이버에서 어떤 유진을 보더에 넣는, 그것도 다마코마 지부에 오지 않을까 하는 권유입니다.유우진은 오사무와 치카가 함께라면 하고 긍정적인 대답을 합니다.슌에 이끌려 세 사람은 물 위에 세워진 다마코마 지부로 안내됩니다.대원 전원이 실력자 갖추어져, 소수정예의 집단인 타마코마 지부에 긴장을 숨길 수 없는 오사무였습니다만…

다른 세계에서 이쪽으로 온 이유를 밝힌 유진입니다. 건너편 세계로 오빠와 친구를 찾으러 가기 위해 보더 입대할 뜻을 굳힌 치카입니다. 유우진에 숨겨진 비밀과 치카의 진의를 안 오사무가 취한 행동이라니요..

타마코마 지부에 참가한 오사무·유마·치카는, 원정 부대에 선택되기 위해서 A급 승격을 목표로 하게 되었습니다. 하지만 승격을 위해서는 보더 내부에서 벌어지는 랭킹전을 이겨야 합니다는 사실을 알게 됩니다. 슌의 주선으로 타마코마 지부의 선배인 A급 대원, 키자키 레이지·카라스마 쿄스케·코미나미 키리에를 스승으로, 세 사람의 엄격한 트레이닝이 시작되었습니다.

블랙 트리거를 가진 유진과 슌이 손을 잡는…다마코마 지부에 힘이 모이는 것을 우려하는 키도 사령입니다. 원정에서 귀환한, 보더 본부의 정예 부대에 유진 블랙 트리거 탈취를 명합니다. 유전을 습격하려는 정예부대 앞을 실력파 엘리트 슌유이치가 가로막는 것이었다.

타치가와가 이끄는 A급 갖추어진 습격 부대와 슌유이치의 싸움의 불씨가 떨어져 나갔습니다. A급 상위인 타치가와, 카자마등을 상대로 지구전에 끌고 가려고 하는 슌입니다. 습격 부대의 한 사람·키쿠치하라가 슌을 피해 직접 타마코마를 습격하려고 한 그 때 슌의 블랙 트리거가 발동합니다.

슌의 블랙트리거·바람날이 드디어 그 베일을 벗었습니다. A급 상위 팀인 다치가와, 카자마 등과의 전쟁이 가열되는 가운데 구원 나온 아라시야마대 대 삼륜대의 팀전도 열기를 띠고 있었습니다. 승리를 거머쥐는 것은 과연...!? 입니다.

아라시야마대의 구원을 받은 슌유이치는 타치가와가 이끄는 A급 일당의 습격 부대를 물리쳤습니다. 톱 팀의 궤주 소식이 전해진 보더 본부에 긴장감이 감돕니다. 그 때 회의실에 슌이 나타나 키도사령에게 있는 거래를 꺼냅니다...!?

유우마와 치카의 보더 정식입대일이 다가왔습니다. 시중을 든다며 찾아온 오사무의 긴장을 아랑곳하지 않고 주위의 주목을 받는 유우마와 치카. 그 때, A급 3위 부대의 대장 카자마 아오야가 오사무에게 싸움을 신청합니다...!

A급 3위 부대의 대장 카자마 소우야와의 모의전에 임하는 오사무입니다. 압도적인 강도를 보이는 카자마를 앞에 두고 20전 이상 싸워 한번도 공격을 맞히지 못합니다. 실력차이에 깜짝 놀라는 슈입니다. 그러나 목적을 달성해 모의전을 끝내려는 카자마가 내뱉은 한마디가 수정에 불을 붙였습니다.

A급 3위인 카자마 소우야와 비긴 남자, 라는 이야기가 혼자 걸어가는 바람에 곤혹스러운 오사무입니다. 그럴 때 한 소년이 오사무에게 정대원끼리의 순위전을 신청합니다. 한층 더 많은 관객을 모아, 오사무와의 랭크전이 스타트합니다만…!?

유진(遊眞)과 녹천(綠川)의 랭킹외 대전 10개 승부가 시작되었습니다. 녹천이 의도적으로 많은 관객 앞에서 수나라를 때려눕힌 것을 알고 조용한 분노를 불태우는 유진입니다. A급부대 소속의 미도리카와를 상대로 어떻게 싸울것인가요? 한편, 보더 최고책임자인 성호는 예상되는 네이버 대규모 침공에 대비해 회의를 소집합니다.

레플리카가 말하기 시작한 네이버의 세계 네이버후드입니다. 보더 상층부는 그 정보를 바탕으로 대책을 수립합니다. 한편, 미래 예지의 사이드 이펙트로, 가까운 장래의 오사무의 위기를 감지한 슌은, 미와에게 도움을 청하는 것입니다. 그리고 이제 막 삼문시로 다가오는 네이버와의 대규모 전투가 시작되려 했습니다...!

네이버의 대규모 침공이 드디어 시작되었습니다. 시가지로 쳐들어오려는 트리온 병사의 대집단에 대한 방어작전을 전개했습니다. 전세는 보더 우위로 기울어지기 시작한 바로 그 때, 쓰러뜨렸을 팸스터 속에서 신형 트리온병 래빗이 모습을 드러냅니다!

신형 트리온병 래빗의 출현으로, 대책 마련에 쫓기는 보더. 오사무와 함께 트리온병의 시가지 침입을 저지하기 위해 교전중이던 유우진은, B급 19위의 챠노타이에게 적의 인간 네이버로 오인되어 저격을 당합니다. 한편, 본부 기지에는 폭격형 트리온병·일거가 다가오고 있었습니다…!

차례차례로 산몬시의 각처에 나타나는 아프토크라토르의 트리온병. 수가 많아, 보더는 전력을 분산해 대응하지 않을 수 없습니다. 경계구역에서는 보더의 정대원이 협력하여 방어에 임하지만, 시가지에서 일반 시민의 피난을 유도하고 있던 치카 등 C급 대원에게 트리온 병력이 습격합니다! 보더의 전력을 분산하는 작전에 숨겨진 아프토크라토르의 진정한 목적은 대체…！?

목호의 활약으로 아프토크라토르의 노림수가 C급대원으로 판명되었지만, 아프토크라토르의 대장 하이레인은 보더의 전력을 분단하기 위해 결국 인간형 네이버인 에네드라와 람바네인을 투입, 전국은 격렬해지고 있습니다.!! C급 대원을 도망칠 수 있도록 분전하는 오사무였지만, 신형 트리온병 래빗은 가차없이 치카에게 덤벼듭니다...!!

드디어 베일을 벗은 애프터클래틀의 인간형 네이버입니다. 「뿔 달린」이라고 불리는 그들은, 각각 독자적인 강화 트리거를 가지고, 굉장한 힘으로 보더 대원들을 압도해 갑니다! 그런 가운데, 에네드라와 상대한 A급 3위의 카자마대는 키쿠치하라의 사이드 이펙트를 이용한 정교한 제휴로 싸움을 우위로 진행시켜 나가는데요…!?

시가지에서는, 키자키, 카라스마, 코미나미의 타마코마 제일이, 아직 진가를 발휘하고 있지 않는 기분나쁜 일을 남기는 애프터클래틀의 인간형 네이버·휴스트 비자와 교전, 오사무와 치카를 놓치는 작전을 실행에 옮깁니다. 한편, 다야대를 가볍게 격파한 램버네인과 쌀가게, 이즈미, 미도리카와, 동쪽을 중심으로 한 합동 팀이 전투를 개시했습니다. 과연 슌이 예지하는 「최악의 미래」를 회피할 수 있을까요...!?

휴스의 트리거 램빌리스의 정체를 간파한 다마코마 제일의 대장 · 기자키 레이지입니다. 카라스마 쿄스케 외에도 고미나미 키리에에도 전선을 이탈하여 시가지를 지키도록 지시를 내리고 자신은 단신으로 비자와 휴스의 발이 묶이도록 노력하겠습니다. 그 유례없는 전투능력과 지리적 전술을 구사하는 레이지를 강적으로 인정한 비자는 마침내 아프토크라토르의 국보를 손찌검합니다...!

치카를 노리는 비자와 휴스, 달려온 유진과 슌이 그 앞을 가로막습니다. 유진은 비자 그리고 쉰은 휴스와 전투를 시작합니다. 치카 등 C급 대원을 대피시킬 수 있도록 오사무와 토리마루는 보더 본부 기지를 목표로 합니다. 그러나 보더본부기지는 폭주하는 에네드라의 침입으로 인해 매우 혼란스러웠습니다...!! 과연 슌이 말하는 최악의 미래를 피할 수 있을 것인가...!?

기지를 습격한 에네도라를 가상전투훈련실내에 가두고 교묘하게 싸우는 스와대. 나아가 전황을 냉정하게 보고 있던 오시다 본부장도 원호를 향해, 보더는 단번에 반격으로 돌아갑니다. 한편, 유진-비자, 슌과 휴스의 싸움이 격렬해지는 가운데, 본부 기지로의 피난을 서두르는 수습들 앞에, 미라가 보낸 러빗 7대가 가로막습니다. 그리고 마침내 아프토크라토르의 대장 하이레인이 치카를 잡기위해 출격하는 것이었습니다...!!

하이레인의 공격으로 큐브로 되어버린 치카입니다. 자신의 실수로부터 치카를 궁지에 몰아넣은 자신을 책망하며 멍해하는 오사무였지만, 함께 싸우는 보더의 동료들의 생각에 용기를 내어, 치카를 도울 수 있도록 보더 본부기지를 향해 달려갑니다. 한편 보더본부기지에서는 침입한 에네드라와 싸우는 스와들하에 오시다본부장이 합류하는 것이었습니다!!

보더 본부의 가상전투훈련실에서 에네드라를 몰아붙이는 오시다 본부장. 하지만 에네드라 블랙트리거의 반격은 무시무시해 여러 보더대원의 연계공격을 상대로 한 발 물러서지는 않는다. 예측을 불허한 채 일진일퇴의 공방이 펼쳐지는 가운데, 드디어 전국이 움직입니다...!! 한편, 오사무들의 피난을 원호하고 있던 타마코마 제일의 카라스마 쿄스케는, 다가오는 적장 하이레인을 앞에 두고 마침내, 그 진정한 힘·가이스트를 기동하는 것이었습니다!!

치카의 큐브를 가진 오사무가 기지에 도착할 때까지의 시간을 벌기 위해 타마고마의 트리거 가이스트를 기동한 카라스마입니다. 그러나 가이스트는 엄청난 힘의 대가로 200초 만에 강제로 긴급탈출(베이루아웃)해 버리는 양날의 칼입니다. 슌의 예측을 받고, 전개 전투를 하이레인과의 싸움에 잡아 둔 카라스마입니다. 과연 미래를 바꿀 수 있을까요?

상급자용 트리거, 연탄(레드 발렛)을 능숙하게 조종해, 하이레인에 대해서 호각 이상의 싸움을 보이는 삼륜입니다. 한편 유진(遊眞)과 비자(Visa)의 전쟁은 막바지에 이르렀습니다. 비자가 조종하는 아프토크라토르의 국보 올가논을 앞에서 열세를 강요당하는 유우신의 뇌리에 오가는 것은 아버지 유고가 남긴 가르침. 그러나 유우진은 오사무의 말을 가슴에 담아 결사작전을 결행하는 것이었습니다!!

드디어 싸움은 최종국면을 맞이합니다! 비자를 쓰러뜨리는 모토리온이 얼마 남지 않은 유진, 앞으로 한 발짝 더 가면 전장에서 떨어져 나간 미와, 보더 본부 기지를 눈앞에 두고 하이레인에게 쫓기고 만 오사무입니다. 절체절명의 그때 유진, 그리고 블랙트리거 풍도를 기동한 삼륜이 적장 하이레인을 향해 혼신의 일격을 날리는 것이었다. 미래의 분기점까지 남은 시간은 불과 7초. 과연 유진이는 승리를 잡을 수 있을까요!?

치열한 접전 끝에 아프토크라토르는 철수했고, 이곳에 2차 대규모 침공은 종결되었습니다. 그러나 그 상처는 결코 얕은 것이 아니다. 산몬시의 복구에 쫓기는 보더, 행방을 알 수 없게 된 복제품을 찾는 유진, 그리고 함께 싸운 동료들이 문병해도 의식이 돌아오지 않는 오사무입니다. 오사무는 꿈속에서 떠올리고 있었습니다.왜 보더에 들어갔는지, 왜 그렇게까지 하면서 치카를 지키는 것입니까. 오사무의 과거가 지금 드러납니다...!!

병원의 침대에서 오사무가 눈을 뜨자 어머니 카스미와 치카가 거기에 있었습니다. 잠자고 있던 일주일 동안 일어난 일에 대해 어머니와 서표가 듣고 난 오사무는 그저 놀라울 따름입니다. 그런 와중에 병원에 나타난 보더 상층부의 가라사와가 오사무를 병원에서 느닷없이 데리고 나갑니다. 데리러 간 곳은 보더에 의한 기자회견장입니다.지금 바로 이번 대규모 침공에 대한 결과 보고가 진행 중이었습니다.

지난번 대규모 침공에 의해 초래된 피해의 책임이 보더 전체에 미치는 것을 피하기 위해, 오사무 개인을 희생양으로 만들려고, 기자 회견에 공작을 한 보더 간부의 뿌리내렸습니다. 그러나 오사무는 몰려든 기자들을 앞에 놓고 거침없는 자신의 생각을 털어놓으며 분위기를 확 바꿔놓았습니다. 그런 오사무와 유우신, 치카에, 근계 원정에의 최저 조건인 A급 승격을 목표로 한 새로운 싸움의 막이 오른다.B급 순위전의 개막입니다!

B급 경기에서 짜릿한 승리로 데뷔한 삼운대입니다. 다음의 대전 상대는, 대규모 침공에서도 아프토크라토르와 사투를 연기한, B급 8위의 스와대, 그리고 동10위의 전원이 스나이퍼로 구성되는 아라후네대입니다. 싸움에 대비해, 다마코마 지부에서 작전을 생각하는 오사무는, 필사가 되면 필사적으로 모든 가능성을 앞에 두고 결론을 낼 수 없습니다. 과연 오사무가 이끄는 삼운대는 B급 랭킹전에서 승리할 수 있을까요.

보더 B급 순위전 라운드 2가 시작됩니다 상처가 치료된 오사무가 합류했습니다.유우마, 치카와 함께 같은 무대의 복장으로 몸을 감싸고 본격 시동을 건 다마코마 제2고와 미쿠모대입니다. 대전 상대는 접근전을 자랑하는 스와대와 세 명 전원이 스나이퍼의 거친 선대입니다. 이들과 싸우기 위해 스테이지 선택권이 있는 오사무가 선택한 싸움의 무대는 스나이퍼가 분명히 유리한 고저차가 있는 시가지 스테이지였습니다. 오사무가 이끌어낸 작전이란 대체요?

B급 랭크 전 2회전은 스와대와 아라후네 대에 의해 전단이 열렸습니다. 거기에, 새로운 옵션 트리거를 몸에 익힌 유진(遊眞)도 참전합니다. 스나이퍼가 유리한 무대임에도 불구하고, 미쿠모대와 스와대의 협공으로 점점 쫓기고 있는 황선대입니다. 유진에게 대치한, 원래 어태커라고 하는 이색 경력을 가진 거친 배는 마침내 어태커용 트리거 호월에 손을 댑니다. 그때 오사무는요? 치카는요? 과연..!?

오사무의 작전이 공을 세워, 랭크전 제2 회전에서 승리를 거둔 다마 제2는 8위로 부상했습니다. 그리고, 다음의 대전 상대가 13위의 나스대와 9위의 스즈나키 제일·내마대로 정해집니다. 그 스즈나루 제일의 에이스인 어택커 개인랭킹 4위 무라카미 에이와 맞닥뜨린 유진은 개인랭킹전을 제의하는 것이었습니다. 과연 유진이는 승리할 수 있을까요?그리고 전쟁 속에서 점차 드러나는 무라카미의 숨겨진 능력이란 도대체 무엇인가요?

스즈나루 제일의 무라카미에게 개인 랭크전에서 역전패를 당한 유신입니다. 다마코마 제2는, 무라카미의 사이드 이펙트·강화 수면 기억에 대한 대책을 서두릅니다. 한편, 스즈나키 제일과 스테이지 선택권이 있는 나스대도 각각 다음 전투에 대한 준비를 진행하고 있었습니다. 나스대가 선택한 스테이지란? 그리고 각대가 취한 행동은 과연? 멤버 편성이 같은 3팀에 의한, 혼전이 불가피한 라운드 3이 지금 시작합니다!

다마코마 제2, 스즈나키 제1, 그리고 나스대의 싸움이 시작되었습니다. 폭풍우 속에서 대원의 합류를 서두르는 다마코마 제2와 스즈나키 제1에 대해, 운도 아군에 붙인 나스대는, 목적대로 작전을 수행해 나갑니다. 그러나 나스대가 유리해 보였던 그 때, 치카의 아이비스가 작렬하는 것이었다. 오사무가 이끄는 타마고마 제2는 승리를 거머쥘 수 있습니까!?

치카가 다리를 떨어뜨림으로써 각 대원들은 동서로 분단되었습니다. 동쪽에서 득점을 노리는 오사무에 대해, 서쪽에서는 유우마와 스즈나키 제일의 무라카미, 그리고 나스대의 쿠마가이가 공격수(어태커)끼리의 3파전을 벌이려고 하고 있었습니다. 각 대 각각의, 이 일전에 거는 생각이 교착하는 가운데, 싸움의 행방은 과연?! 입니다.

래마대 무라카미 강철과 미쿠모대 빈 유진이 서안에서 격돌! 무라카미의 보더 NO4 공격수의 칭호, 유우진이 짊어지고 있는 과거 에이스로서 절대적인 전투력을 자랑하는 두 사람이 팀의 승리를 위해 격렬하게 부딪친다. 과연 수준급 공격수끼리의 일대일 대결은 어느 쪽의 손을 들어줄 것인가!?

B급 랭크전 제 3차전은 드디어 최종국면에 서안에서는 유우마사가 NO4 어태커 무라카미 강을 격파, 동안에서는 세명의 대장이 격렬한 불꽃을 일으키는 가운데, 슈파 전황에 변화를 가져오기 위해 물을 시가로 끌어들여 한층 더 나스에 내마를 치려고 시도한다. 삼파전이 드디어 결판난다!

나스대, 래마대와의 격투를 제압해, B급 상위 그룹에 들어간 타마고마 제2. A급 승격의 시금석이 되는 B급 톱팀과의 전쟁을 앞두고 그는 혼자 힘으로 전투에서 한 점도 올리지 못하는 현실에 고뇌한다. 과연 망설임 속에서 오사무가 찾아낸 대답은?

보더 본부에 미지의 트리온병이 출현! 슌, 그리고 타치가와의 양웅이 응전한다. 한편, 타마코마 제 2는 B급 랭크전의 스케줄을 꿰매어 팀의 강화 합숙을 결행한다.유진, 오사무, 치카, 그리고 서표는 합숙소가 있는 산몬시에서 떨어진 요즈카시를 방문했었다.하지만 수달의 앞에 돌연, 미지의 트리온병을 조종하는 소년과 그를 시중드는 수수께끼의 소녀가 나타났다.트리온병이 나타난 이유는? 그리고 그들의 정체는 도대체!?이제 새로운 이야기가 시작된다.

난성국가 에르가테스에서 도주한 미지의 트리온병을 조종하는 네이버 제노와 수수께끼의 미소녀 릴리스는 이쪽 세계에 있을 동안만 숨겨달라고 유진, 오사무에게 부탁한다.두 사람은 치카를 인질로 잡고 있기 때문에 그들과 행동을 같이 한다.요츠카시의 합숙소로 돌아와 코미나미, 카라스마와 합류했지만, 오사무와 제노들은 모습을 보이지 않는 적으로부터 습격을 받고 만다!제노와 릴리스가 이쪽 세계에 온 이유는!? 그리고 두 사람을 노리는 의문의 사나이의 정체란 도대체!?

제노와 릴리스의 도래에 호응하듯이 산몬시와는 다른 도시·고토시에서 다시 다수의 신형 트리온병이 습격해, 이 이상 사태에 A급 3위 풍간대가 전투를 개시한다.한편, 슈타는 제노·릴리스들과 타코야키 파티를 개최해, 조금씩 친교를 깊게 해 간다.그런 가운데 제노는 오사무에게 자신의 과거를 말하는 조건으로 일대일 투쟁을 제안한다.오사무는 난성국가 에르가테스 그리고 제노와 리리스의 비밀을 알아내기 위해 일대일 대결에 도전한다!!

이쪽 세계에서는 설 곳이 없는 릴리스, 다부지게 굴고 있지만 자유롭게 돌아다니지 못하고 때때로 쓸쓸한 표정을 지어 보이곤 했다.그런 그녀를 보고 안쓰러워하는 치카토 오사무는 감시를 하러 온 기토라와 미도리가와의 협력을 얻어, 일계를 강구한다.하지만 릴리스를 기쁘게 해주려고 분투하고 있는 중, 특수한 능력을 가진 트리온병을 이끌고, 다시 카론과 기브의 마의 손이 다가온다.수녀들이 릴리스의 웃음을 되찾을 수 있을까?

산몬시의 이웃마을에 있는 초고층 빌딩·타마가 타워에서 미와야, 코지의 절의 세 사람은 학업에 열중하고 있었다.그런 가운데 미와 히데츠구는 어린 남매의 만남을 바라보며 자신의 과거를 생각하고 있었다.하지만 평온한 일상을 파괴하듯이, 타마가 타워에 기브가 쏘아 올린 거미형 트리온병이 습격! 그 자리에 있던 시민이 타워안에 사로잡혀 버린다.삼륜대는 이 궁지에서 벗어날 수 있을까 그때 슌유이치가 취한 행동이란?

리리스와의 정을 깊게 한 것도 잠시, 리리스를 너무 소중히 생각한 나머지 유진이나 치카를 도구와 같이 취급하려고 하는 제노에게 오사무는 분노를 느낀다.그런 가운데, 기브와 카론에 의해서 츠카시 전체를 위기에 빠뜨리는 초거대 트리온병이 습격해! 유우마타츠는 목호와 함께 맞아 싸우기 위해.하지만 기브들의 책략에 의해, 오사무와 제노는 유진달과 분단되어 버린다.절대절명의 상황속에서 유진, 오사무, 치카의 운명은!?

보더 A급 5위팀 아라시야마를 중심으로 속속 보더의 정예가 집결!유진달과 B급 랭크전에서 격투를 벌인 아라후네와 무라카미도 달려와 노도의 진격으로 기브의 트리온병을 섬멸해 간다.하지만 초거대 트리온병을 사용해, 요츠카시를 폭파한다고 하는 기브의 작전은 확실히 수행되어 간다.그런 절망적인 상황 속에서도 포기하지 않는 수사는 어떤 작전을 떠올린다.그때 제노가 취한 행동이란...!?

기브와 카론에 의한 요츠카시 폭파 계획을 빠져 나온 유진, 오사무, 치카들은 서표에게 이끌려 제노들과 함께 요츠카 마린 월드에서 잠깐의 휴식을 취한다.하지만 그런 평온도 잠시, 기브가 발한 강력한 트리온병이 오사무, 그리고 제노를 궁지에 몰아넣어 간다.절대절명의 상황속에서, 한계를 넘은 릴리스의 신상에 이변이 일어나려 하고 있었다...!드디어 수수께끼의 미소녀 릴리스의 비밀이 밝혀지고...!?

제노와 유진들의 위기를 구하기 위해 숨겨둔 진정한 능력을 발동시킨 릴리스. 그 힘으로 기브와 카론을 물리치지만, 환장이 풀려난 오사무는 끌려가 버린다.반면 기진맥진한 릴리스는 깊은 잠에 빠진다.그러던 중 제노의 입에서 나오는 제노와 릴리스의 만남, 그리고 에르가테스에서 도망쳐 온 이유가 밝혀진다!그리고, 기브와 카론에 사로잡힌 오사무의 운명은...!?

포로의 오사무를 구해내기 위해 기브와 카론이 기다리는 쇄석장으로 향하는 유진·치카·제노, 오사무의 무사함을 빌면서 적지로 돌진해 가는 유진들이었지만, 기브의 교묘한 함정에 의해 쌍방으로 분단되고 만다.홀로 남은 유진은 기브와의 일대일 대결을 맞이하게 된다.거기서 유우진은 기브의 트리온병에 의해, 생겨난 수수께끼의 가상 공간에 받아들여져 버린다.거기서 유우진이 대치하는 놀라운 적이란!?

요츠카시로 향한 코난타츠를 뒤쫓아 카미나리마루와 함께 출동하는 하야시 후지 요타로는 겨우 도착한 거리에서 한 명의 이유 있는 소녀·신아이(코코아)와 만난다.점차 심애와 교류를 쌓아가는 요타로였지만 그곳에서는 보더 대원과 트리온 병사들이 치열한 전투를 벌이고 있었다.타마코마 지부의 하야시 후지 요타로의 싸움이 지금, 시작된다.

궁지에 몰린 기브와 카론은 유진들에게 결사공격을 가한다.그리고, 유우마타츠는 타마코마의 레이지·코난·카라스마에 의한 서포트를 받아 이것을 맞이해 격파한다.마침내 제노와 리리스가 현계에서 다른 별로 떠날 때까지 남은 하루 동안 유진달은 제노와 리리스를 지켜낼 수 있을까! 그리고 슌유이치가 예견한 미래와는 그 때 기브의 신체에 이변이 일어난다!

마침내 기브의 숨겨진 진실, 릴리스와 마찬가지로 라미아에 의해 탄생한 인간형 트리온병임이 밝혀진다!그리고 카론의 암약에 의해 요쓰카시 시민 전원이 인질이 되는 최악의 사태를 맞이하게 된다.이 극한상태 속에서 타치가와 케이·후우마 아오야 등 드디어 A급 보더 대원이 요츠카시로 집결해 간다.유진 제노들의 운명은? 명운을 건 최후의 투쟁이 지금 시작된다!

제노의 손이 하늘을 가르고, 몬스터 기브는 무심하게도 릴리스를 포섭해 이형의 모습으로 변모한다.게다가 카론에 의해서 모든 것을 무로 돌리는 대폭발의 카운트다운이 움직이기 시작해 버린다.그런 최악의 상황에서, 수달을 믿을 수 없는 제노는 단독으로 릴리스 구출을 향하고 만다.유진·오사무·치카는 최악의 미래를 바꿀 수 있을까?

타세계로부터의 도망자 제노 그리고 릴리스와의 만남과 이별을 거쳐, 타마코마 지부에 돌아온 유진, 오사무, 치카는 승격을 목표로 해 쉴 틈도 없이 B급 상위와의 랭크전을 향해 준비를 시작하는 것이었다.한편 대규모 침공 후 포로로 잡혔던 휴스가 마침내 본부기지로 끌려간다.키도 지령들 보더 상층부의 목적이란 도대체...!?지금 이야기는 새로운 미래로 움직인다!

밝혀지는 대규모 침공의 진실, 그리고 아메토리 치카가 배운 진실.또한 니노미야가 오사무와 치카와 대치한다.

B급 상위 팀과의 랭크전을 위해 타마 제2는 레벨업을 위해 각각이 훈련을 개시한다.오사무는 아라시야마로부터 슈터의 전술을 배우기 위해 아라시야마대 작전실을 방문하고, 치카는 스나이퍼의 합동훈련 중에 한 소년과 만난다.그러던 중 유우진은 No.4 어태커 무라카미 강철이 이겨낸 적이 없는 흉포한 공기를 지닌 실력자 카게우라 마사토와 만나는 것이었다.

아우라를 앞세운 B급 2위팀 대장 영포 마사토와 대치한 유진은 영포를 끝없는 실력자임을 단박에 알아차린다.한편, 아라시야마 그리고 이즈미로부터 슈터의 훈련을 받은 오사무는 다음의 싸움을 향해서 자신이 팀에 공헌할 수 있는 반응을 느껴 간다.이기면 삼운대의 A급 승격이 가시화되는 가운데 톱팀과의 B급 랭크전이 시작되려 했다.

마침내 상위권과의 B급 순위전의 불이 떨어졌다.니노미야대, 영포대, 동대, 그리고 삼운대 네 팀이 드디어 격돌한다!초반부터 긴장감이 높아지는 상황을 타파하도록 각 대가 오사무에 목적을 두고 움직이기 시작한다.그리고 B급 2강 니노미야 마사타카와 카게우라 마사토는 천천히 전세를 장악해 나간다.유진·오사무·치카는 실력자들의 맹공을 뚫을 수 있을까.

미쿠모 오사무, 베일 아웃! 오사무는 개시하자마자 일찍이 A급 1위 팀을 이끌었던 실력자·동춘추에 의해서 떨어지게 된다.험난한 전황 속에서 사람을 쏠 수 없는 약점을 극복하려는 치카였지만 저격함으로써 거꾸로 거처를 알려져 궁지에 몰리고 만다.한편 유진이는 전황을 좌우하는 공격수 5명의 난전에 단독으로 도전한다.압도적 불리한 상황속에서 유진들은 승기를 찾을 수 있는 것인가!?

카게우라 마사토와의 공격수 대결에 도전하는 유진.그것을 호기와 솔로 종합 2위의 니노미야 마사타카에 의한 양공격 추적탄이 두 사람에게 덮친다.에이스가 격돌하는 설상의 결전으로 끝날 때가 가까워지고 있었다.랭크전 후, 패전으로 풀이 죽은 오사무.카자마의 제언을 받아 팀을 위해서 오사무가 내린 결단이란!? 그리고 새로운 위기가 산몬시에 닥치려 하고 있었다.

오시다 본부장의 입에서 새로운 행성 국가의 내습이 밝혀졌다.슌의 예지를 중심으로 타치가와대·후우마대등 보더 톱 팀이 대응에 임하게 된다.한편, 산운대의 새로운 레벨업을 목표로 하는 슈하슌에 시사된 타마 제2에 가입할 가능성이 있는 또 하나의 「적임자」를 찾고 있었지만, 예상외의 대답에 도달하는 것이었다.

B급 상위권과의 순위전을 마치고 수준향상의 필요성을 느껴 움직이기 시작하는 삼운대.아메토리 치카는 영포대 저격수 에마 유즈루로부터 약점을 극복할 힌트를 얻는다.한편 오사무가 에네드라드로부터 휴스에 대한 정보를 수집하는 가운데 유진을 스카우트하려는 A급 팀의 대장이 나타난다.그러던 중 마침내 새로운 적이 모습을 드러내기 시작한 것이다.

오사무는 목호에게 가르침을 청해 실을 붙이는 트리거 『스파이더』 사용법을 배운다. 그리고 마침내 갈로프라의 침공이 시작되고 보더 대원이 맞이한다.휴스는 타마코마 지부에서 빠져나와, 가로프라와 접촉을 시도한다.아무것도 모르는 유진·오사무·치카는 새로운 결의를 가슴에 품고 B급 랭크전에 도전한다!