Il y a environ quatre ans, une porte vers un autre monde s'est ouverte à Mikado, dans laquelle des envahisseurs appelés Neighbors sont apparus. Sauvé d'un Neighbor grâce à une personne du Border, Osamu Mikumo fait désormais partie du Border. Il fait la rencontre d'un nouveau venu dans sa classe, un certain Yûma Kuga...

Le Border voit le Neighbor Yuma comme un ennemi… mais Osamu est incapable de le voir comme quelqu'un avec des intentions hostiles. La confiance commence peu à peu à s'installer entre eux. Osamu se retrouve pris entre ses propres pensées et les règles de l'organisation à laquelle il appartient, le Border.

Une porte s'ouvre dans l'école d'Osamu, juste à l'extérieur de la zone interdite. Des soldats-trions en sortent et se mettent à attaquer des gens. Inquiet pour son ami faible, Yûma essaie d’empêcher Osamu de riposter. Mais la détermination d’Osamu à sauver les autres étudiants est sans limites.

Osamu rencontre davantage de problèmes que de louanges pour avoir sauvé ses camarades et les élèves de son école. En effet, il n'avait pas le droit d'utiliser son Trigger, comme lui fait remarquer Ai Kitora, une agent d'élite de rang A. Mais elle semble lui en vouloir pour une autre, ce que remarque rapidement Yûma...

Kitora saute sur le dos de l'Ilgar, un nouveau type de soldat-trion, alors qu'il est en plein vol et déterminé à attaquer la ville. Pendant que l'agent de rang A s'occupe de ce Neighbor, Osamu désobéit de nouveau au règlement et se rend en ville afin de sauver le plus de personnes possibles.

La mission de Jin et Osamu, c'est-à-dire, l'enquête sur l'apparition anormale de nombreuses portes, met beaucoup de pression sur Osamu. Pendant ce temps-là, Yûma suit les conseils de Replica et mène sa propre enquête. Le lendemain matin, Jin et Osamu ont une réunion fatidique avec Yûma...

Osamu présente Chika Amatori à Yûma et Replica, afin qu'ils leur expliquent les raisons la jeune fille est souvent la cible de Neighbors. Alors qu'ils sont sur le point d'obtenir des réponses, le groupe est attaqué par deux agents de rang A, Shūji Miwa et Yōsuke Yoneya, à la recherche d'un certain Neighbor...

Les agents de rang A Shūji et Yōsuke attaquent Yûma sans relâche, sans même qu'il puisse justifier de sa présence au Japon. Bien aidé par le reste de leurs coéquipiers, les snipers Tōru Narasaka et Shōhei Kodera, ils semblent donner du fil à retordre à Yûma. Ce qui inquiète Osamu, qui appelle Jin afin d'avoir son aide.

L'unité Miwa étant étét vaincue, les dirigeants du Border ordonnent à Jin de vaincre Yûma et de récupérer son Black Trigger. Osamu s'inquiète de la réaction de Jin à cet ordre, tandis que l'origine du père de Yuma est sur le point d'être révélé. Pendant ce tems-là, Chika et Yûma discutent...

Jin souhaite que Yûma rejoigne la branche de Tamakoma du Border. Afin de le convaincre, Jin invite Yûma, Osamu et Chika dans les locaux de la branche Tamakoma, des locaux loin des standards du Border... Ils rencontreront là-bas, entre autres, le directeur de la branche, Takumi Rindō.

Replica explique les raisons pour lesquelles Yûma est venue au Japon et souhaite qu'Osamu prenne soin de Yûma. Alors en pleine réflexion de cette soudaine demande, Osamu apprend que Chika souhaite intégrer le Border. Souhaitant la protéger, il ne voit qu'une solution pour parvenir à ses fins...

Osamu, Yuma et Chika décident de rejoindre la branche de Tamakoma pour se rendre dans l'autre monde en tant qu'agents de rang A faisant partie de la mission d'expédition. Ils entrent alors dans une formation rigoureuse grâce la première unité de Tamakoma afin de devenir des agents aguerris.

Le commandant Masamune Kido craint que la branche de Tamakoma devienne trop puissante, avec l'enrôlement de Kûga et de son Black Trigger. Il ordonne aux agents de rang A, dont l'unité Miwa, sous son commandement direct, de récupérer le Black Trigger de Yûma.

La bataille entre les meilleurs unités de rang A et Yûichi Jin commence à faire rage. Face aux agents de haut niveau, Jin essaie de les avoir à l'usure, en en faisant une bataille d'endurance. Mais lorsque Shirō Kikuchihara souhaite l'ignorer, Jin n'a pas le choix et enclenche son Black Trigger, Fûjin !

Jin montre finalement tout le potentiel de son Black Trigger et de ses rubans de lumière. Alors que la bataille avec les vétérans de rang A Kei Tachikawa et Sōya Kazama atteint son paroxysme, l'unité de Jun Arashiyama se présente en soutien et se heurte à l'unité Miwa. Qui sortira victorieux de ces affrontements ?

Jin et l'unité Arashiyama repoussent l'ennemi. Recevant les nouvelles de la défaite de leurs équipes d'élite, le Border ne compte pas pour autant abandonner l'idée de récupérer le Black Trigger de Yûma. Et ce, quitte à froisser le directeur Masafumi Shinoda, totalement opposé à ce projet.

Le jour de l'enrôlement de Yuma et Chika au Border est arrivé. Osamu est venu les soutenir, même s'ils sont loin d'en avoir besoin. En effet, ils attirent très vite l'attention de leurs pairs dès les premiers entraînements. C'est à ce moment là que Kazama choisit de défier un des protégés de Jin, à la surprise générale...

Osamu se prépare pour son combat d'entraînement contre Sôya Kazama. Comme attendu, Kazama domine la rencontre et enchaine les victoires, tandis qu'Osamu n'est pas parvenu à le vaincre une seule fois, après plus de vingt batailles ! Il n'est même pas réussi à le toucher une seule fois. Arrivera-t-il à ses fins ?

Osamu ne sait pas comment gérer sa nouvelle réputation acquise suite à son combat contre Kazama, l'agent de rang B étant parvenu à faire jeu égal avec un agent de rang A. Il est bientôt mis au défi par l'un autre agent de rang A, Shun Midorikawa, mais pour des raisons plutôt obscures...

Le combat de Yûma et Shun est sur le point de commencer, Yûma étant bien décidé à venger l'humiliation publique d'Osamu infligée par l'agent de rang A. Pendant ce temps-là, le commandant Kido convoque de nombreuses personnes à une réunion afin de se préparer à une invasion prochaine des Neighbors.

Le Border met au point une stratégie basée sur les informations de Replica sur les Neighbors. Pendant ce temps-là, Jin sait qu'Osamu sera en danger de mort lors de la prochaine invasion et demande à Shûji de le sauver à ce moment-là. La bataille contre les Neighbors est sur le point de commencer à Mikado !

L'invasion massive des Neighbors ommence enfin. L'armée de soldats-trion est contrée par la stratégie de défense du Border. Alors que la bataille semble tourner en faveur du Border, un nouveau soldat-trion, Rabbit, émerge d'un Bamster vaincu. La bataille prend alors un nouveau tournant !

Le Border cherche un moyen de contrer le nouveau soldat-trion, le Rabbit. Yûma empêche les soldats-trion d'infiltrer la ville. Mais il est confondu avec l'ennemi et est attaqué par l'unité Chano. Pendant ce temps-là, un soldat-trion, l'Ilgar, menace le quartier général du Border. Comment vont-ils s'en sortir ?

Les soldats-trions d'Aftokrator apparaissent partout dans la ville de Mikado. Le Border est obligé de diviser ses forces pour faire face à leurs nombres. Les agents de rang C, et notamment Chika, sont attaquées alors qu'ils évacuaient avec les autres civils. Quel est le véritable objectif d'Aftokrator ?

Les unités de rang C se révèlent être les véritables cibles d'Aftokrator. La bataille s'intensifie lorsqu'Hyrein envoie les Neighbors humanoïdes Enedora et Lamvanein au combat. Osamu se bat pour donner aux rangs C une chance de s'échapper mais le Rabbit poursuit sa chasse contre Chika !

Les Neighbors humanoïdes d'Aftokrator s'invitent dans la bataille. Ceux qui possèdent des cornes noires sont les plus redoutables combattants, grâce à leur Black Trigger. L'unité Kazama affronte d'ailleurs un des utilisateurs, Enedora, et grâce au Side Effect de Kikuchihara, ils parviennent à tenir en respect l'ennemi. Mais serait-ce suffisant ?

Reiji, Karasuma et Konami affrontent Hyuse et Viza afin qu'Osamu et Chika puissent s'échapper. Pendant ce temps-là, Lamvanein bat facilement l'unité Chano et affronte maintenant de nombreux agents, dont les agents de rang A Yōsuke, Izumi et Midorikawa ainsi que le meilleur sniper du Border, Azuma.

Reiji affronte désormais seul Hyuse et son Trigger, Lambiris. Il ordonne à Karasuma et Konami de protéger la ville pendant qu'il retient Hyuse et Viza. Pendant ce temps-là, Enedora décide d'infiltrer le quartier général du Border, et ce malgré la désapprobation de son supérieur, le général Hyrein.

Viza et Hyuse poursuivent leur poursuite de Chika après avoir vaincu Reiji, mais Yûma et Jin arrivent juste à temps pour les stopper. Pendant ce temps-là, Osamu et Karasuma dirigent Chika et les agents de rang C vers le quartier général du Border. Cependant, l'infiltration d'Enedora a plongé le quartier général dans le chaos !

L'unité Suwa piège Enedora dans une salle d'entraînement virtuelle. Le directeur Shinoda décide d'abandonner le commandement des opérations pour aller les aider. Les 7 Rabbits envoyés par Mira bloquent les évacués menés par Osamu, alors que le chef d'Aftokrator Hyrein se dirige pour capturer Chika !

L'attaque d'Hyrein a transformé Chika en cube. Osamu s'en veut beaucoup mais il reprend espoir grâce à Izumi. En effet, il lui suffit de se rendre au quartier général du Border afin de la sauver. Osamu reprend donc sa route afin de sauver Chika tandis que les autres combats se poursuivent.

Le commandant Shinoda coince Enedora dans la salle d'entraînement virtuelle. Cependant, Enedora parvient à sortir de cette salle et semble de nouveau prendre l'avantage. Pendant-ce temps-là, Izumi poursuit son combat contre Hyrein mais malgré l'aide de ses coéquipiers, il ne parvient pas à prendre l'ascendant...

Karasuma utilise le mode Geist de son Trigger afin de permettre à Osamu d'atteindre le quartier général du Border. Avec ce nouveau mode de combat, il gagne en force et en vitesse mais il n'a plus que 200 secondes pour pouvoir se battre. Il tente alors son va-tout contre le général ennemi, Hyrein.

Shūji utilise son Lead Bullet contre Hyrein et permet ainsi à Osamu de se rapprocher du quartier général du Border mais ce dernier est encore poursuivi par Mira. Pendant ce temps-là, Yuma, en grande difficulté dans son 1 VS 1, décide de mener une attaque désespérée contre Viza afin de l'emporter.

Yuma a finalement battu Viza, mais il lui reste que quelques Trions en réserve. Pendant ce temps-là, Shūji a été éloigné d'Osamu à cause de Mira. Mais il lui reste un atout : le Black Trigger Fûjin ! Serait-ce suffisant, à sept secondes avant le croisement du futur ? Tout va se jouer en un instant !

Aftokrator s'est finalement retiré de notre monde, la 2ème invasion à grande échelle est maintenant terminée. Bien que Chika ait été sauvé et de nouveau apte, Osamu reste lui inconscient mais ces jours ne sont plus en danger. Il se souvient alors pourquoi il a rejoint le Border dans son rêve...

Osamu se réveille enfin et discute avec Yûma après avoir parlé à sa mère, Chika et son aîné dans la branche Tamakoma, Shiori Usami. L'un de ses supérieurs, le directeur commercial du Border Katsumi Karasawa, l'emmène à la conférence de presse de Border, où les médias montrent toute leur hostilité...

De nombreux journalistes interrogent les supérieurs de Border sur leur responsabilité suite à l'invasion d'Aftokrator. Osamu entend parler du plan de Eizō Netsuki, le directeur Médias du Border, de la bouche Karasawa. Puis il décide de se présenter face aux journalistes afin de répondre à leurs questions...

Osamu s'est rétabli et a rejoint son unité pour le prochain match. Son équipe a le droit de choisir le terrain sur lequel les 3 équipes vont s'affronter. Elle choisit alors de se battre sur la zone urbaine C, un terrain qui favorise les snipers, et donc l'unité Arafune. Ce choix sera-t-il payant pour Osamu et les siens ?

Le match semblait favoriser l'unité avec le plus de snipers, mais l'unité Arafune se retrouve désormais dans 1 VS 2 non voulu ! Tetsuji Arafune était un ancien attacker, il abandonne son sniper pour son épée Kogetsu et lance alors une attaque sur Yûma. Qui sortira vainqueur de ce duel inattendu ?

Les prochains adversaires de 2ème équipe Tamakoma sont l'unité Nasu (Classe B, N°13), la 1ère équipe Suzunari, l'unité Kuruma (Classe B, N°9). Après un match contre Midorikawa, Yûma a l'opportunité de défier l'attacker de l'unité Kuruma, Kō Murakami et ce, malgré que beaucoup d'agents de rang A le lui déconseillent...

Le Side Effect de Murakami est un problème particulièrement gênant pour Yûma, qui ne se laisse pas abattre pour autant. Osamu réfléchit à la manière de se préparer pour la prochaine bataille. Mais il n'est pas le seul à le faire. Le prochain match de classement s'annonce particulièrement serré !

Le match de classe B a débuté, sur le terrain "Fleuve A" et avec la météo "Tempête". L'unité Nasu prend tout de suite l'initiative et applique la stratégie décidée avant le match. Cependant, Osamu ne compte pas les laisser faire ce qu'elles veulent et grâce à Chika, il parvient à déjouer leur plan initial...

Les différents agents des 3 équipes ont été divisés sur les deux rives annexes au fleuves. Sur le côté ouest, une bataille entre les trois attackers commencent. Bien que l'unité Nasu soit en supériorité numérique ici, elles ne parviennent pas à prendre l'avantage sur leurs opposants, loin de là...

Sur le côté est, Tatsuya Kuruma et Taichi Betsuyaku sont à la merci des tirs de Rei Nasu. Osamu ne souhaite pas qu'ils perdent contre Nasu afin que son équipe puissent empocher leurs points donc il les assiste dans leur combat. Du côté ouest, Yuma affronte finalement Murakami., pour son plus grand plaisir...

Sur les ordres d'Osamu, Chika tire sur le béton de la rivière afin de baisser le niveau de l'eau afin que Yûma puisse rejoindre son unité et prendre un avantage définitif. Cependant, les autres capitaines agissent avant son arrivée. Un affrontement entre les capitaines des 3 équipes est sur le point de débuter !

Après seulement 3 matchs, Mikumo, Yûma et Chika atteignent la 1ère poule et vont bientôt affronter les meilleures équipes de rang B. Anticipant les futures échéances, Osamu est persuadé que son incapacité à marquer des points tout seul sera prochainement un poids pour son équipe et est déterminé à trouver une solution à ce problème.

Des soldats-trions apparaissent à proximité du quartier général du Border. Jin et Tachikawa les affrontent. Pendant ce temps-là, la 2ème équipe Tamakoma se rend à la ville de Shizuka afin de s'aguerrir au camp d'entraînement du Border. Un soir, ils tombent nez-à-nez avec un soldat-trion, accompagné d'un Neighbor...

Zeno, un réfugié de l'État vagabond Elgatès, supplie Yuma et Osamu d'héberger Lilith et lui pendant leur séjour dans ce monde. Avec Chika pris en otage, Osamu et Yuma n'ont d'autre choix que d'accepter. Alors qu'ils s'apprêtent à rentrer, ils sont de nouveau attaqués et n'ont guère le choix de se replier...

L'unité Kazama se lance au combat alors que la ville de Gojima est attaquée par de nouveaux soldats-trions. Osamu essaie de se lier d'amitié avec Zeno et Lilith. Zeno propose de révéler son passé, si Osamu accepte de l'affronter en 1 contre 1. Jusqu'où ira-t-il pour apprendre la vérité sur Elgatès ?

Malgré tous les efforts de Lilith, elle ne peut cacher sa solitude. Chika et Osamu travaillent avec Kitora et Midorikawa pour essayer de lui remonter le moral. Alors qu'ils se promènent dehors afin de lui changer les idées, ils sont de nouveau attaqués mais peuvent, cette fois, bénéficier du soutien de 2 agents de rang A !

Alors qu'ils sont en train d'écrire leur compte-rendu dans une nouvelle tour construite à Mikado, l'unité Miwa se retrouve impliqué dans une attaque de soldat-trion. Ce nouveau modèle leur pose un certain nombre de problème, si bien qu'ils doivent coopérer avec d'autres agents de rang A...

La dévotion de Zeno à Lilith le conduit à traiter Yuma et Chika comme des outils, ce qui met Osamu en colère. Pendant ce temps-là, Gieve et Karon menacent la ville de Shizuka avec d'énormes soldats-trions ! Alors que l'équipe d'Osamu se joint à Kitora pour défendre la ville, Gieve isole Osamu et Zeno.

L'unité Arashiyama a rassemblé de nombreux agents de Border. Arafune et Murakami se joignent ainsi la bataille, détruisant ainsi plusieurs ennemies. Mais le plan machiavélique de Gieve, d'exploser la ville de Shizuka, se poursuit. Alors qu'Osamu élabore un plan, Zeno préfère se la jouer solo...

Shiori emmène Yûma, Osamu, Chika, Zeno et Lilith au parc aquatique Shizuka Marine World. Mais cet instant de détente ne durera pas longtemps. En effet, ils sont interrompus les puissants soldats-trions de Gieve. Le corps de Lilith atteint sa limite et commence à changer, révélant ainsi son secret...

Lilith révèle sa force cachée afin de sauver tout le monde. Cependant, ce n'est pas suffisant car Gieve parvient à capturer Osamu et se retire alors. Lilith perd ensuite connaissance. À son chevet, Xeno se remémore sa rencontre avec Lilith et des raisons pour lesquelles il s'est échappé avec elle d'Elgatès.

Yûma, Chika et Xeno se battent ensemble afin de sauver Osamu. Cependant, un piège les sépare, forçant ainsi Yuma à se battre en tête-à-tête contre un soldat-trion particulier. Cet ennemi a la capacité de généré un monde virtuel où Yuma fait face à des opposants inattendus... et notamment Replica ?!

Zeno et Chika retrouvent Osamu, tandis que Yuma continue son combat contre Gieve, ses nombreux soldats-trions et bien sûr, Karon. Au même moment, un nouveau soldat-trion menace Osamu, Chika et Xeno. Comment les agents du Border vont-ils sortir de cette situation périlleuse ?

Yôtarô Rindo, le fils du directeur de la branche Tamakoma, se dirige vers la ville de Shizuka avec Raijinmaru, dans l'espoir de rattraper Konami. Il rencontre une jeune fille, Cocoa et se lie d'amitié avec elle. Alors qu'un violent combat entre les agents du Border et les soldats-trions éclate, Yôtarô entame également le sien !

Osamu sauvé, tout le monde est de retour dans les locaux du Border à Shizuka. Toutefois, Gieve ne s'avoue pas vaincu et attaque de nouveau Osamu et les siens. Mais cette fois-ci, il se trouve face à la 1ère équipe Tamakoma, les autres (notamment Lilith) restent à couvert et attendent l'issue du combat.

Le secret de Gieve est révélé. Tout comme Lilith, Gieve est un soldat-trion humanoïde Trion créé par le Dr Lamia. Pour assouvir son ambition, il prend en otage tous les habitants de Shizuka grâce à Karon. Tachikawa, Kazama et d'autres agents rang A se rendent alors à Shizuka pour la bataille à venir...

Les soldats-trions de Gieve continuent de se multiplier et ce, malgré le renfort des agents de rang A. Lilith capturée, Xeno n'a qu'une idée en tête, la libérer, même s'il sait que son sacrifice permettra de sauver de nombreuses vies. Toutefois, Osamu semble avoir un plan afin de la sauver Et d'éviter l'explosion...

Peu de temps après leurs adieux à Xeno et Lilith, Yûma, Osamu et Chika commencent leur préparation pour leur prochain match en 1ère poule. Le quartier général du Border convoque alors Hyuse, prisonnier d'Aftokrator laissé à la charge de la Tamakoma, afin de l'interroger et d'obtenir un certain nombre de renseignements...

L'utilisateur du Black Trigger d'Aftokrator, Enedora, est vivant ! Enedora éclaire le Border sur l'invasion à grande échelle de son pays et la raison pour laquelle Chika a été ciblée. Pendant ce temps-là, Masataka Ninomiya, le capitaine de la meilleure équipe de rang B, s'approche d'Osamu et de Chika...

La 2ème équipe Tamakoma commence leur entraînement individuel en vue des prochains matchs Osamu rend visite à Arashiyama afin de parfaire ses connaissances de shooter. Chika rencontre un jeune garçon lors d'une formation collective de sniper. Yûma fait lui la connaissance de Masato Kageura, un agent que même Murakami n'a jamais battu...

Au cours de leur brève rencontre, Yûma perçoit la force de Kageura. Osamu reçoit maintenant une formation de shooter de la part Kōhei Izumi, le shooter de la meilleur équipe du Border ! Au cours de son apprentissage, il doit affronter un autre membre de l'unité Tachikawa, un certain Takeru Yuiga...

L'unité Ninomiya, Kageura, Azuma et Mikumo s'affrontent enfin ! Dès le début, les équipes ciblent Osamu et se rapproche dangereusement de lui. Pendant ce temps-là, les deux agents de rang B les plus puissants, Ninomiya et Kageura, évaluent la situation. L'unité de Mikumo pourra-t-elle survivre à cet assaut ?

Osamu a rapidement été mis hors de combat à cause d'Azuma, l'ancien sniper de la meilleur équipe de rang A. Chika essaie de surmonter son incapacité à tirer sur les humains, mais son tir a révèlé sa position. Pendant ce temps-là, Yûma entre dans une bataille royale contre 4 attackers.

Yûma fait face à Kageura. Ninomiya en profite pour les attaquer tous les deux. Après la bataille, Osamu est dévasté par sa défaite. Les conseils de Kazama le conduisent à prendre une décision majeure pour le bien de l'équipe, au moment même où une nouvelle menace s'approche de Mikado...

Le directeur Shinoda annonce l'invasion imminente d'un nouveau pays Neighbor. Tachikawa et Kazama font partie des agents chargés de faire face à cette menace, tout comme Jin et son Side Effect. Osamu réfléchit aux paroles de Jin, à savoir qui est-ce qui, selon lui, serait un meilleur candidat pour rejoindre son unité...

Après le dernier match de classe B et leur cinglante défaite, l'unité Mikumo cherche à progresser. Yuzuru Ema, le sniper de l'unité Kageura, donne à Chika une idée pour surmonter ses faiblesses. Osamu cherche à en apprendre plus sur Hyuse tandis qu'un capitaine d'équipe de rang A tente de recruter Yûma...

Osamu continue d'essayer de s'améliorer et trouve un mentor particulièrement inattendu, compte tenu de leur relation... Ses coéquipiers, et plus particulièrement Chika, semble suivre ses pas. Alors qu'une nouvelle invasion des Neighbors va commencer, la 2ème équipe Tamakoma va-t-elle réussir à se renouveler ?