Alors que Jenkins s'apprête à joindre Flynn Carson et Eve Baird pour l'éternité lors d'une cérémonie qui les liera à la Bibliothèque, une alarme les informe qu'une des pierres angulaires de la Grande Bibliothèque d'Alexandrie a été volée. Or, la destruction de ce joyau antique est à l'origine de la Bibliothèque Magique et si les pierres sont réunies, celle-ci sera de nouveau vulnérable et risque d'être détruite à son tour. Le forfait est l'oeuvre d'un ordre de prêtres renégats qui veulent favoriser le retour à l'Obscurantisme. Flynn et les nouveaux aventuriers doivent retrouver les pierres restantes avant l'Ordre des Ombres...

Lorsqu'un ami de Stone est victime d'une malchance insolente qui l'amène à l'hôpital, les Bibliothécaires enquêtent sur un casino et un champ de course qui ne portent pas chance à ceux qui y jouent...

Eve Baird et Flynn Carson partent en vacances avec Jenkins. Ezekiel en profite pour faire venir sa mère Lenore, dans la bibliothèque. Voleuse impénitente, Lenore dérobe le Globe Lumineux et l'emporte en Australie, obligeant les bibliothécaires à emprunter le traîneau du Père Noël pour aller le récupérer. Ils vont trouver sur leur chemin un redoutable adversaire, le saint patron des voleurs, ennemi juré du père Noël et déterminé à détruire le traîneau...

Lors de la projection du film "Qui a perdu, cherché et retrouvé" dans le cadre d'une rétrospective d'un certain James Desmond Wheeler, Flynn et Baird se retrouvent prisonniers d'un film noir que Baird connaît par coeur, dans les rôles du détective privé Mac Doyle et de son assistante Kitty Dupree. Ils tentent de rejouer le film, espérant retrouver le monde réel. Dans l'histoire, les deux héros sont chargés par une certaine Madeline Kincaid de retrouver un bien que le gangster Tony Shazzola lui a subtilisé. Baird explique à Flynn qu'il s'agit d'un collier de rubis. Mais une fois le dénouement arrivé, Flynn et Baird reviennent au point de départ...

Les habitants d'une petite ville deviennent très âgés du jour au lendemain. L'équipe de Flynn Carson vient mener l'enquête et rencontre sur place un autre bibliothécaire flamboyant venu du siècle dernier, Darrington Dare. Leur ennemi commun est un puissant magicien qui est fermement décidé à détruire la bibliothèque...

Baird retrouve Nicole Noone et tente de la convaincre de revenir à la Bibliothèque. De son côté, Nicole cherche à empêcher les hommes de Pavel de piller des tombes. Elle y a caché des objets menant à une arme ayant le pouvoir de tuer un immortel.

Dépitée par le départ de Flynn, Baird se rend dans un camp avec Cassandra et Ezekiel où ont été signalées des disparitions inexpliquées. De son côté, Jake se prend d'affection pour Sarina.

Cassandra est toujours très choquée d'avoir frôlé la mort et décide de vivre une vie sans danger. Elle part quelques jours à Havenport, la vie où aucun accident n'arrive jamais, mais Freddy l'avertit que des phénomènes anormaux s'y produisent.

Chez les Bibliothécaires, les disputes continuent pour savoir qui sera l'élu. C'est alors que la Gazette des mystères les envoie dans la ville de la Discorde. Un fantôme y a été aperçu lors de la reconstitution d'une bataille de la guerre de Sécession.

Jenkins se réveille dans la peau de Jeff, presque trentenaire qui vit encore chez sa mère et organise des parties de jeu de rôle dans le sous-sol de la maison. Cherchant à comprendre ce qui lui arrive, il découvre que Jeff avait une fascination particulière pour lui et que ses amis ont donné à leurs personnages de jeu le nom des bibliothécaires. Pendant ce temps, Jeff, qui a revêtu l'apparence de Jenkins, a pris sa place dans la bibliothèque mais son comportement ne manque pas d'intriguer les autres bibliothécaires...

La bibliothèque est sur le point de se détacher du monde réel. Elle prend les traits de Jenkins et soumet les trois bibliothécaires à une épreuve dans laquelle ils sont confrontés à leur pire cauchemar. Eve Baird assiste impuissante à un combat mortel entre ses trois protégés, mais une ruse lui permet de mettre fin à l'épreuve et de faire revenir Jenkins dans son propre corps. Alors que les bibliothécaires se croient de nouveau à l'abri, une terrible vengeance vient s'exercer contre eux, brisant la confiance qui les unit...

Baird se retrouve dans un monde grisâtre contrôlé par un organisme appelé la Compagnie où les rêves et les idées sont interdits, et où la nourriture est sans saveur et les couleurs inexistantes. Au travers d’un écran de télévision, Flynn parvient à lui faire parvenir un message enregistré. Nicole l'a kidnappé et veut anéantir la Bibliothèque. Le monde dans lequel se trouve le colonel est celui que serait le nôtre si la Bibliothèque n'avait jamais existé. Pour sauver le monde tel qu'ils le connaissent, Baird doit à tout prix garder la Bibliothèque en mémoire, seul moyen d'assurer sa survie, et trouver les autres Bibliothécaires et Flynn...