Après des mois passés chacun de son côté, les «bibliothécaires» se retrouvent pour enquêter sur une mystérieuse et énorme tempête qui menace Manhattan.

Prospero convoque des personnages de fiction. Ainsi, Flynn et son équipe se retrouvent face à Frankenstein ou encore le professeur Moriarty.

Après l’effondrement d’une plateforme pétrolière, une entité métamorphe se renforce à chaque mensonge proféré. Pour vaincre cela, nos bibliothécaires vont devoir être honnêtes l’un envers l’autre.

Au sein de l’université Wexler fondée par un historien fou, de nombreux étudiants disparaissent sans laisser de trace. De son coté, Cassandra reçoit une offre impossible à refuser.

Dans sa quête pour retrouver les artefacts, Flynn se fait kidnapper par un étranger mystérieux à la fois amnésique et collectionneur d’artefacts.

Un ancien ami de Baird se présente aux élections d’une petite ville du New Hampshire mais va rapidement se retrouver au coeur d’un scandale après la disparition de son assistant. Pour résoudre ce mystère, les bibliothécaires vont avoir à faire face à un démon.

En enquêtant sur une étrange source d’énergie qui transforme des chercheurs en monstres sans cervelle, les bibliothécaires vont se retrouver coincés dans une boucle temporelle.

Les bibliothécaires se séparent et décident de vivre leur vie chacun de leur côté. Mais ils vont être amenés à enquêter ensemble sur Ariel, une créature aux ordres de Prospero.

Flynn retourne en 1611 pour combattre Prospero et faire échouer ses plans.