Un’antica organizzazione segreta è preposta a difendere il mondo contro l'abuso della magia e lo fa attraverso una figura specifica, quella del Bibliotecario a cui è dato il compito di proteggere una collezione di reperti mitici e leggendari che sono custoditi nella Metropolitan Library di New York, in una sezione magica sottostante all'area pubblica. Qualcuno sta uccidendo i futuri potenziali Bibliotecari e tocca a Flynn Carsen e la sua nuova Guardiana, Eve Baird, a difendere i tre che sono rimasti.

La Confraternita del Serpente sta provando a far ritornare la magia nel mondo Flynn e i potenziali bibliotecari devono fermarla prima che sia troppo tardi. Eve, Jake ed Ezekiel saltano attraverso un portale e si trovano in una foresta sconosciuta. Ben presto si incontrano con Jenkins che li porta ad una sorta di succursale della Biblioteca a Portland.

La prima missione dei bibliotecari subisce un intoppo quando Eve si separa dal resto del gruppo che si perde in un misterioso labirinto magico che esiste sotto il grattacielo di una multinazionale. Si scopre che il labirinto è la casa del mitologico Minotauro.

La Confraternita del Serpente rapisce Babbo Natale per appropriasi della sua magia. I bibliotecari hanno il compito di salvarlo e permettergli di portare i regali alla vigilia del Natale.

Due gruppi di Draghi risvegliatisi dal loro letargo lottano tra di loro rischiando di devastare il mondo. Nel frattempo Flynn, Eva, Jake, e Cassandra vanno in un covo di un drago sotto la Città del Vaticano per impossessarsi del pomo d'oro della discordia che trasforma negativamente la personalità di chi la possiede.

In una piccola città vicino Washington una serie di incidenti ricalcano il modello di una nota fiaba, i Bibliotecari si recano sul posto per indagare. La causa degli incidenti è un vecchio libro magico che si alimenta succhiando la linfa vitale di una ragazzina che si trova in ospedale.

Strani eventi magici si verificano alla fiera della scienza di Chicago. I bibliotecari devono intervenire, quando alcuni studenti troppo competitivi, cominciano a sabotarsi a vicenda facendo uso della stregoneria. Si scopre che dietro quanto sta avvenendo c’e un vecchio avversario di Jenkins, la fata Morgana.

I bibliotecari visitano una piccola città nello stato di New York, dove un ricercatore di UFO è scomparso. Si scopre che la cittadina è vittima di un esperimento di Nikola Tesla del secolo scorso e gli abitanti di quell'epoca sono intrappolati in una specie di limbo.

Flynn torna con un piano per recuperare la Biblioteca principale utilizzando i manufatti ottenuti nelle missioni precedenti. Dulaque, determinato a far risorgere la magia nel mondo, prova ad impedire la caduta di Camelot. Eve inizia a muoversi attraverso linee temporali alternative, ciascuna delle quali indica un destino diverso per se' ed i Bibliotecari.