Kano, Black Dragon'un deposunda, "Cyber Initiative" kod adı altında çalıntı robotları açıklanmayan bir yere göndermeye hazırlanan kartelini denetler.

Jax ve Kano ölümüne dövüşürken, Sonya bağlarından kurtulmayı başarır. Ancak Jax onu bir patlamadan korumak zorunda kalır ve her ikisi de yaralanır.

Johnny Cage, kariyerine bir aksiyon yıldızı olarak yeniden başlamaya çalışır ancak kimsenin bitkin bir genç aktörü istemediğini fark eder. Ancak TV yöneticileri onu fazla zorlayınca Johnny çılgına döner... ve reddedemeyeceği bir teklif alır.

Güzel, atletik ve son derece yetenekli suikastçılar olarak eğitilen Kitana ve Mileena kardeş olduklarını düşünerek büyümüşlerdir. Dış Dünya'nın İmparatoru Shao Kahn, Shang Tsung'u Mortal Kombat'ta hizmetkârı olması için kandırarak Mileena'yı Kitana'nın Tarkatan klonu olarak klonlamasını sağlamıştır, bunun nedeni Shao Kahn'ın Kitana'nın Annesi ve Babası hakkındaki gerçeği öğrenmesi halinde kendisini yeterince sevmeyeceği korkusudur.

Kitana ve Mileena arasındaki rekabet büyürken, Kitana çocukluğunun ardındaki gerçeği ve ebeveynlerinin gerçek kimliğini öğrenmeye çalışır.

Raiden dünyaya düşer ve bir akıl hastanesine kapatılır. Mortal Kombat turnuvasının başlamasından önce zaman daralırken, kaçmak için tek umudu hasta arkadaşı Anna Blue'dur.

Feodal Japonya'da, Shirai Ryu'nun en büyük savaşçısı General Hanzo Hasashi, isteksizce oğlunu savaş yöntemleri konusunda eğitmektedir. Ancak Shogun geldiğinde Hanzo, Ryu'nun düşmanlarının bir tuzak kurduğunu keşfeder.

Cyrax ve Sektor, Büyük Üstat tarafından Lin Kuei'nin geleceği olarak seçilmiştir ancak Cyrax, anılarını silecek ve onu nihai savaş makinesine dönüştürecek sibernetik bir dönüşüme hayatını teslim etme konusunda pek de hevesli değildir. Savaştığı cyborg'un yakından tanıdık geldiğini keşfettiğinde, Sektor Cyrax'ın kendisini ya da geleceklerini değil, Hydro'yu yok etmeye odaklanmasını sağlamalıdır...