31 décembre 1999. Philip J. Fry, livreur de pizza ringard et loser, se fait cryogéniser pour 1000 ans après avoir été victime d'une blague douteuse. Il se réveille donc le 31 décembre 2999 et découvre le futur, ses technologies avancées et ses habitants étranges. Il rencontre notamment Leela Turanga, une cyclope dont le métier consiste à attribuer leur destiné aux décongelés. Fry, refusant le métier de livreur qui vient de lui être attribué, s'enfuit et rencontre Bender, un robot tordeur alcoolique et cleptomane. Après une course poursuite, Leela finit par les attraper et renonce elle-même à son implant de carrière. Les 3 compères se rendent alors chez le Professeur Hubert Farnsworth, petit petit… neveu de Fry et possesseur d'une compagnie de livraison inter-galactique, qui les engage comme nouvel équipage du vaisseau.

Fry, Leela et Bender intègrent l'équipe de Planet Express et découvrent Hermes Conrad, un comptable jamaïcain fou de bureaucratie et de limbo, Amy Wong, une chinoise richissime et superficielle dont les parents possèdent la moitié de la planète Mars et le Docteur Zoidberg, un homard géant pauvre et loufoque censé être un spécialiste de l'anatomie humaine. Alors que Leela est nommée capitaine, l'équipe doit livrer un colis sur la Lune. Fry y voit l'occasion de réaliser son rêve d'aller un jour reproduire l'exploit de Neil Armstrong, mais en arrivant sur la Lune, il constate que celle-ci est occupée par un parc d'attraction. Déçu, il essaiera d'échapper à cette partie artificielle, attirant quelques ennuis à Leela, tandis qu'Amy tente de récupérer les clés perdues du vaisseau, et que Bender fait la cour à la fille robot d'un fermier du coin.

Depuis son arrivée à Planet Express, Fry vit dans les locaux de la société. Il dort sur la table de réunion, attire les chouettes avec sa nourriture, prend des douches de décontamination et utilise les réacteurs du vaisseau comme sèche-cheveux. Il est mis à la porte par Hermes Conrad et est aussitôt hébergé par Bender. Seulement, l'appartement du robot fait 4m³ et Fry décide de chercher un autre appartement avec Bender. Ils trouvent leur bonheur mais Bender doit retourner dans son ancien appart car son antenne empêche la bonne réception de la télévision. Pour consoler son ami en pleine dépression, Fry décide de retourner vivre avec Bender dans son appartement robot où une surprise l'attend...

Leela est en pleine crise et commence à se demander si elle finira célibataire. C’est au cours d’une expédition sur Vergon 6 que l’équipage croise la route du vaisseau de Zapp Brannigan et son lieutenant Kif Kroker. Leela, qui connaît la réputation du Capitaine Brannigan, espère faire une rencontre intéressante. Pourtant, Zapp fait enfermer Fry, Bender et Leela qui ont l’intention de violer le périmètre de protection qui entoure Vergon 6. Après une nuit de « négociations », l’équipage est libre de se rendre sur Vergon 6 où ils doivent sauver un spécimen de chaque espèce. Ils découvrent un petit animal que Leela nommera Nibbler. Mais le vaisseau n’a plus de carburant et la planète menace de s’effondrer. Leela, dégoûtée par Zapp Brannigan, qui est lui sous le charme, doit pourtant lui demander de l’aide.

Alors que Bender est plus qu’agacé de la façon dont les robots sont traités par les humains sur Terre, il doit, avec Fry et Leela, livrer un colis sur Chapek 9, une planète habitée par des robots qui tuent systématiquement tous les humains. C’est bien sur Bender qui est envoyé pour déposer le colis sur la planète mais les robots découvrent qu’il travaille pour des humains et l’emprisonnent. Fry et Leela n’ont d’autre solution que de se déguiser en robot pour aller sauver leur ami.

Après avoir visionné une pub en rêve, Fry et l’équipe de Planet Express se rendent dans un centre commercial pour y faire des achats. En voulant payer la caution pour Bender qui a tenté de voler des marchandises, Fry découvre que ses 93 cents laissés sur son compte en 1999 lui ont rapporté 4,3 milliards de dollars. Lors d’une vente aux enchères, il achète divers objets du xxe siècle dont une boîte d’anchois, la dernière qui existe sur Terre. M'man, une puissante industrielle, pense que Fry va se servir de l’huile d’anchois pour fabriquer de l’huile pour robot, mettant ainsi un terme au monopole de M’man. Elle va alors inventer une ruse pour ruiner Fry et l’obliger à lui vendre la boîte d’anchois...

Le Professeur Farnsworth, qui vient d’être ridiculisé par son ennemi et ex-élève Wernstrom lors du dernier symposium, invente le flairoscope, une machine capable de détecter les odeurs des corps célestes. Fry découvre qu’une grosse boule d’ordures, envoyée dans l’espace par la Terre en 2050, menace de s’écraser sur New New York. Le Professeur est désigné par Poopenmeyer, le maire de New New York, pour trouver une solution. Il décide d’envoyer Fry, Bender et Leela se poser sur la boule afin d’y poser une bombe. Mais le Professeur fait une nouvelle erreur et rien ne se passe comme prévu.

Après un concert des Beastie Boys où il a rencontré son ancien ami Fender, Bender rejoint un groupe de robots accros à l’électricité. Pris de remords par la suite et désirant s’en sortir, Bender ne voit qu’une seule solution : l’église de robotologie. Mais l’émetteur qu’on lui a implanté le trahit et révèle au Robot Diable que Bender a rechuté. Bender est envoyé dans l’enfer des robots, et Fry et Leela suivent sa piste pour tenter de le sauver.