Un día, el sol rojo brillante dejó de brillar, causando el "Fenómeno de descomposición", la destrucción de la ciudad de Arata Kasuga y la desaparición de las personas que la habitaban. Todo, sin embargo, aún no está perdido; Al utilizar el grimorio mágico que le dio su amigo de la infancia y primo Hijiri Kasuga, el mundo de Arata se reconstruye artificialmente.

Para investigar el fenómeno, Lilith Asami aparece ante Arata, cuyo mundo artificial se desintegra repentinamente. Se le dan dos opciones: entregar el libro o morir. Sin embargo, Arata elige la tercera opción: inscribirse en la escuela de magia de alto secreto Royal Biblia Academy, donde otros seis usuarios mágicos lo esperan. Junto con Lilith, estos seis forman el Trinity Seven, la élite de la escuela que cada uno refuerza su propio poder y habilidad.

Con la ambición de salvar a Hijiri y la ayuda de sus nuevos amigos, Arata no se detiene ante nada para evitar la destrucción de su amada ciudad natal y traer de vuelta a su mejor amigo.