백 년에 한 번 열리는 금고에 들어있는 나폴레옹의 그림. 그 그림을 노리는 조커와 하치는 도개비로 변신하여 미술관에 잠입하지만, 탐정 빌리디앙에 의해 정체가 발각되고 만다. 그러나, 조커는 가짜 그림으로 빌리디앙을 속이고, 가짜를 진품이라고 믿은 빌리디앙은 금고 안의 진짜 그림을 꺼내어 조커에게 던져주는데..

조커와 하치는 인어상을 훔치기 위해 머니마니의 유람선에 잠입하고, 그곳에서 수련 시절의 친구인 킹을 만난다. 괴도 스페이드였던 킹이 조수 다크 아이와 인어상을 훔치러 와있었던 것. 어릴 때 안 좋은 감정이 남아있던 조커와 킹은 인어상을 훔치는 승부를 벌이고, 인어상을 먼저 손에 넣은 조커는 자신의 비행선으로 인어상을 올려 보내지만..

조커와 스페이드는 얼음 동상을 노리고 고층 빌딩에 잠입하지만, 빌딩에 화재가 일어난다. 이에 조커와 스페이드는 88층에 갇힌 하치, 다크 아이와 대피하지 못한 사람들을 구하기 위해 화재가 난 곳으로 올라가고, 조커의 발명품을 이용하여 옥상으로 탈출, 사람들을 구출해내는 데 성공한다.

과거에 조커와 실버하트가 인연을 맺게 된 이야기. 조커의 부모가 비행기 사고로 죽자, 집안에 있는 보물을 노리고 실버하트와 프로페서 일당이 같은 날 찾아온다. 그러나, 실버하트는 프로페서에게 목숨을 잃을 뻔 한 조커를 구해주고, 실버하트의 활약에 감명을 받은 조커는 괴도가 되기로 결심, 실버하트의 제자가 된다.

가짜 조커가 미술품을 강탈하며 다니자, 조커는 가짜를 잡기 위해 월광 그랜드 호텔에 잠입, 채이서로 변신한 쉐도우 조커의 정체를 밝혀낸다. 그러나, 도망치는 쉐도우 조커를 쫓아간 도개비가 총에 맞아 추락하는 일이 벌어지고, 쉐도우 조커와 싸우던 조커 역시 위기를 맞게 되는데..

스칼렛 하트를 찾으러 섬에 간 조커와 하치, 그곳에서 같은 보석을 노리는 맘보장군을 만나고, 그가 가지고 있던 암호가 적힌 석판을 손에 넣어 달아난다. 한편, 스칼렛 하트를 노리고 섬을 찾은 스페이드는 조커를 만나 같이 보석을 찾자는 제안을 하고, 마침내 석판에 적힌 사신상을 찾아내지만, 뒤따라온 맘보장군에 의해 위기에 처하게 되는데..

은으로 된 보물만 파괴되는 사건이 일어나자, 조커는 서둘러 실버 에그를 훔쳐서 나온다. 그러나, 돌아가는 길에 실버하트의 손녀인 퀸이 나타나고, 퀸은 보물은 물론 조커까지 없애려 한다. 그 순간 나타난 실버하트는 퀸을 막으려다 큰 부상을 입게 되고, 혼란스러워하는 조커에게 퀸의 출생에 대한 비밀을 털어놓는데..

실버 에그를 파괴하기 위해 비행기에 잠입한 퀸. 조커가 나타나 막으려 하자, 막무가내로 조커를 공격한다. 그러나, 조커가 퀸의 과거에 대한 진실을 얘기해 주면서, 자신이 프로페서에게 속았다는 사실을 깨닫게 되고, 다시 실버하트의 곁으로 돌아간다.

머니마니의 열차에 잠입한 조커는 보안장치에 걸려 객실에 갇히지만, 그 사이 하치가 황금 목걸이가 있는 칸과 식당칸을 분리시키고, 우여곡절 끝에 보물을 훔치는 데 성공한다. 그러나, 하치의 예상과 달리, 조커가 노린 보물은 목걸이가 아닌 식당칸에 있던 최고급 프라이팬이었고, 이에 하치는 새로운 프라이팬으로 조커에게 요리를 만들어준다.

괴도들의 어린 시절, 스콘과 인연을 맺게 된 이야기. 연구소의 실험체였던 99호는 다우트의 꼬임에 넘어가 연구소를 탈출, 난동을 부린다. 한편, 낚시를 하던 조커, 스페이드, 퀸은 낚싯대에 걸려나온 스콘에게서 99호의 이야기를 듣고, 같이 99호를 막기로 한다. 그러나, 거대해진 99호는 조커와 스콘을 공격하고, 스페이드와 퀸을 납치해 가는데..

닌자의 성에 보물을 훔치러 간 조커와 하치는, 하치의 선배인 백귀마를 만나고, 괴도가 된 하치를 본 백귀마는 하치에게 괴도를 그만두라고 충고한다. 그러나 하치는 다시 보물을 훔치러 가려다 닌자들에게 붙잡히고, 조커가 잡혀 있는 하치를 외면한 채 가버리자, 조커에 행동에 화가 난 백귀마는 조커를 쫓아가 싸움을 시작하는데..

스페이드가 올림퍼스의 보물을 찾으러 미궁 안으로 들어가자, 하치와 스콘도 뒤따라 들어가지만, 안에 있던 메두사에 의해 돌로 변해버린다. 뒤이어 도착한 퀸도 메두사에 의해 돌이 되어버리고, 겨우 위기를 모면한 조커와 쉐도우 조커는 힘을 합쳐 메두사를 함정에 빠뜨려서 쓰러뜨린다. 그러나, 미궁이 무너지기 시작하면서 조커 일행은 또 다시 위기에 처하게 되는데..