ある任務で、少年だった雄二をテロリストの手から救いだした日下部麻子。兵士として数々の死地をくぐり抜けてきた彼女は、何の気まぐれか保護者として雄二を引き取ることにする。同僚のJBの心配を他所に、半ば強引に一つ屋根の下で暮らし始めた不器用な女戦士と少年──。まるで家族の真似事のような奇妙な共同生活の中で、雄二は徐々に人間らしさを取り戻していく。母親でもあり、また師匠でもある麻子の厳しくも愛ある「教育」の賜物か、やがて自分の生きる意味についても考えられるようになるまで成長した雄二は、麻子にある「願い」を切り出すのだった。

体調の不調から、自らの「仕事」に支障をきたすようになった麻子。彼女の異変を肌で感じていた雄二は、彼女の負担を肩代わりすることで、自分の生きる意味を見いだせるのではないかと考え始めていた。雄二の意思を尊重しようとする麻子。しかし、ふたりを身近で見守ってきたJBは、自ら進んで暴力の世界に戻ろうとする雄二に、危うさを感じていた。雄二の身を案じて強く反対するJBだったが、そんな彼女を説得したのも他ならぬ雄二自身であった。そして、本格的な訓練を受けるため、麻子とともに渡米することとなる。初めて自らの意思で歩みはじめた新天地。しかしその道もまた、厳しく険しいものだった。

麻子と同じ道へと進むため米国に渡った雄二は、過酷な軍隊生活の中で、苦楽を共にする戦友たちと出会い、彼らとの絆を深めていった。やがて、実戦へと配備された雄二は、絶望的な戦局の中、落ちこぼれたちの寄せ集め部隊──「ヤブイヌ小隊」と出会い、部隊の一員として戦火をくぐり抜けることになる。何が正義で何が勝利かすらも分からなくなる地獄の中、ただ生き残ることを目的に駆け抜ける雄二たちヤブイヌ小隊。誰もが正気を失い、目を覆いたくなるような極限状態の中でも、彼らは仲間のために戦い続ける。

「大事な女」──麻子を護るために進んだ、戦士としての道。しかし、雄二の成長を待たずして、麻子は彼の許を去ろうとしていた。再び無力感にさいなまれる雄二だったが、別れ際、麻子に託された言葉に救われ、再び自分自身の足で歩き始められるようになる。そして、その言葉は彼を美浜学園へ導くことにもなるのだった。過去をたどる長い旅を終え、天音たちが待つ三嶋崎へと帰還する雄二。しかし、彼が再び学園に姿を見せることはなかった。

突如姿を消した風見雄二を、テレビ画面の向こうに認めることとなった美浜学園の少女たち。しかも彼は、国際問題に発展しかねないテロ事件の容疑者として全国報道されていた。突然の出来事に呆然とするも、彼の無実を信じて疑わない彼女たち。雄二の身に何が起こったのか――真実を知るために何が出来るのか？ その疑問への答えを見出せないまま立ち尽くす少女たちだったが、独り由美子だけは事態の全容を掴むべく行動を起こしていた。自らに残された資金とネットワークを駆使した情報収集の末、由美子はひとりの「情報屋」の存在へとたどり着くのだった。

「情報屋」ジミーとの接触で、今の状況が予想以上に悪いことを知った由美子と美浜学園の少女たち。雄二を失い、学園をも追われた5人だったが、新たな活動拠点を確保し、雄二奪還作戦を画策する。そんな少女たちのもとに、謎の協力者から支援の手が差し伸べられる。一方、テロ事件発生直後より「市ヶ谷」に拘束されていた雄二は、その地下深くである存在と邂逅していた。「彼女」の口から語られたのは、姉・一姫の死の真相、そして今この国が直面している危機についてだった。

突如、天音たちに寄り添う姿なき支援者「タナトス」──。「彼女」の目的もまた、風見雄二の解放と奪還だった。利害が一致した美浜の少女たちとタナトスは、作戦を実行するため準備を整えていく。携帯電話越しに繰り広げられる、一見意味不明なタナトスの指示に戸惑う彼女たちだったが、それらは目的を結実させるため、予想以上の成果を少女たちへもたらしてくれるのだった。そして雄二の身柄が赤坂へと移送される当日。可能な限りの準備を整えた彼女たちは、かけがえない存在を取り戻すための戦いへと赴くのだった。

核兵器を盾に国家を脅迫する国際的テロリスト・ヒースオスロ。彼との取引のため、国家の人身御供にされんとする雄二の危機を救うには、その身柄が市ヶ谷から赤坂へと移送されるタイミングで奪還するしかないという。そしてタナトスの情報のもと、移送ルートを割り出した美浜の少女たちは、護送車の襲撃を企てるのだった。一方、オスロがタナトスシステムの掌握を目論んでいることを察知した「彼女」は、情報屋ジミーとJBの協力のもと、タナトスのコアをシステム本体から物理的に切り離そうと試みる。そしてシステムがその機能を停止した時、少女たちは奇跡の光景を目の当たりにする。

雄二を奪還し、激しい逃亡劇を繰り広げた美浜の少女たち。そのゴールで待っていたのは、タナトスのコアとして生きながらえていた風見一姫だった。思いがけない邂逅に驚きを隠しきれない雄二と天音だったが、事態は再会の感慨に浸る暇さえも許してはくれないのだった。自分の運命を狂わせ、世界に死と災いを振りまく忌むべき男──ヒース・オスロ。彼との因縁を断ち切るため、風見雄二は最後の戦場へと向かう。そしてかつて雄二に救われた少女たちは、彼にとっての帰るべき場所を守るため、ともに戦う意思を固めるのだった。

太平洋に浮かぶ巨大な人工物・タルタロス。それは世界の敵、そして風見雄二の宿敵、ヒース・オスロの居城だった。彼は静かに待っていた、己の野望を成就するための最後の鍵・風見雄二が再び自らの眼前に現れるその瞬間を。そして、復讐の鬼と化した雄二がタルタロスに降り立った時、彼は歓喜の声をあげるのだった。一方、タルタロスへと赴く雄二を見送った美浜の少女とタナトスは、愛しくも罪深い彼が帰ってこられる場所を作るため、ある計画を開始していた。心の安らぐ場所──「楽園」を手に入れたい。ささやかだが切望された願いを叶えるため、皆が最後の戦いへと臨む。