青年‧风见雄二步行了175公里的长距离，背着一个后背包，搬到了三岛崎。这么不通世俗的他的愿望──就是“想要进普通的学园，过普通的学生生活”。这个愿望在熟人‧橘千鹤的协助下实现了，雄二于是进了她担任校长的私立美滨学园。来到被高耸的围墙包围、学生人数只有五人的这间“普通学校”的雄二，遇到的是一群难以应付的少女。

莳菜一开始害怕雄二，总是躲在天音背后，但渐渐地，她敞开心房，开始亲近雄二。在班上同学都慢慢跟雄二变熟的时候，只有一个人，就是由美子，依然对他有戒心。由美子有时会用美工刀刺向雄二，虽然他凭着天生的身体能力轻易就躲开了，他开玩笑说要跟由美子拉近距离，反而激怒了她。为什么由美子会这么仇视自己？为了解开这个疑惑，雄二去找千鹤。

在跟同班同学说说笑笑地度过的某一天，天音在上体育课时扭伤了脚。因为美滨学园没有保健医师驻校，也因为雄二在之前的学校学过应急救护的关系，便由雄二来帮她治疗。在雄二替天音治疗时，她突然向他告白，说“做我的男朋友”。面对这突如其来的告白，雄二判断天音是在捉弄他，然而天音看雄二这个态度，又对他说“如果男朋友不行的话，我就当你姐姐吧”。

雄二在进行例行的晨跑时，看到满走在通往一个将海景一览无遗的高地路上。突然在意起满的雄二尾随着她，到那里他看到的是，跟平常聒噪的样子截然不同、一脸倦怠的满，被满问到“人死后会怎么样？”的问题。对这句话一直耿耿于怀的雄二，又再度在那个高地发现满。在那里遇到的满让雄二有种莫名的突兀感，雄二于是问她说，“你是谁？”。

失去了喵美尔、希望能逃离现实的满，冲动地采取行动。但是，因为雄二很快就找到了满，让她得以幸免于难。第二天早上，昨天的事仿佛一场空似地，眼前的满又是十分开朗。恢复一如往常傲娇又傻里傻气的满……。然而，只有雄二一个人察觉到，在满表面的言行下藏着不对劲。就在这时候，幸找雄二商量要怎么处理一个盒子。据幸所说，满前阵子将这盒子寄放在她这里，之后就不准她归还，也不准她谈起这盒子。对内容物好奇的雄二会……

美滨学园的理事长‧榊道昭行使权力将JB叫到自己身边。为了矫正理应继承榊家家业的女儿──由美子而创立的学园没发挥预期效果，让道昭十分焦急，决定借用JB“公司”的力量。JB应他的委托，派雄二去当由美子的保镳。然而，这个“任务”并非要保护由美子的人身安全。道昭隐藏在任务底下的企图、由美子内心不为人知的真正想法，以及她背负了怎样的十字架，当雄二得知这些时，采取了谁都料想不到的行动。

任何愿望都能帮人实现、身穿女仆装的同班同学“幸”。不过，她为了达成目的会不择手段──学园里的大家知道幸还有这样危险的一面，都小心不对她轻率发言。但是，暑假即将来临的某一天，为期末考做准备的满，忍不住对幸脱口而出“让考试消失吧”。把这句话当真的幸，默默地开始一项任务。在考试一分一秒逼近的时候，幸的“测试对策”也一步步地要准备完毕了。

雄二突然宣布说“我要当莳菜的爸爸”。两个当事人不管周遭人一脸困惑，很认真地像“父女”般互动，到了学期末的时候，雄二已经完全逐渐变成一个实行斯巴达教育的父亲了。雄二想将格斗技跟射击等等自己所有的技术，灌输给莳菜。他在一对一的特训中，回想起同样将一切都教给自己的“师傅”的存在。之后暑假的某一天，天音他们因为回老家而不在宿舍，雄二听到“爸爸不回老家吗？”这句话后，决定要去替师傅扫墓。雄二顺道开始对莳菜说起，他的童年时代以及跟师傅之间的回忆。

雄二在JB的紧急召唤下，来到“总公司”，而等着他的是，要暗杀入巢莳菜的命令。莳菜身为暗地里操纵这个国家的入巢家长女，知道家族见不得人的秘密。因为这样的她存在而备感威胁的一群人──在这些人的冷静跟绝对的意志之前，在组织最基层的雄二的想法什么的，只遭到漠视。要雄二杀死他说好要以“父亲”的身份全力守护的莳菜──。JB明知雄二与莳菜的关系，却下达这么残酷的命令，对此，雄二虽然立正站好答应要接下任务，却──。

从雄二转学来的第一天开始，天音就径自对理应是初次见面的他抱持好感。尽管他们才认识没几天，她却经常尽心尽力要奉献，雄二见状，总是估计她之所以这样，除了“一见钟情”之外应该还有更确切的原因。然而，开始喜欢上天音的雄二，终于逼问她“是什么原因让你这么做的”。面对雄二的质问，天音流着泪娓娓道来，说出她跟雄二的姐姐“一姬”的死有关的过去──“泷园学园小巴士翻复事故”那不愉快的回忆。

勉强在巴士翻复意外中幸存的泷园学园篮球社社员，被留在没人救得了、宛如世界最底层的地方。在这死亡如影随形的绝望情况下，天音邂逅了一个自称“风见一姬”的少女。该少女凭着天才般的判断力，与近乎冷酷的冷静态度，引导、救助社员们的样子，让只能呆立在一旁的天音留下了强烈的印象。冷静到底的一姬与优柔寡断又羞怯的天音。截然不同的两个人，共度让人沮丧万分的每一天，在过程中逐渐建立起深刻友情，将他们紧紧系住。

仿佛坠落到地狱底层的这群少女，几天后随着手边的食物逐渐消耗，连相信自己会获救的意志力也快要消磨殆尽，开始缓慢而确实地崩溃了。因为在意外中受伤而染病的人、饥饿难耐不断受折磨的人，就在大家因为令人沮丧的世界而渐渐失常的时候……天音和一姬努力互相鼓励，勉强得以保持理智。每天都只是苟延残喘地活着。就在令人绝望的每一天中，终于有人掉队时，天音将目睹“这世上的地狱”。

有雄二的鼓励，更让天音下定决心要面对自己的过去。然而，天音的话里有一点让雄二很怀疑——那就是“究竟一姬是否真的死了”。雄二为了弄清楚这个疑问，便在天音的带领下前往事故现场。但是，即使他们知道那些社员的下场，关于最重要的一姬的结局终究还是不知道。但即便无法得知真相，天音也因为终于能面对事实，而松了一大口气。就在这时候，这起可怕的事故埋下的祸端，又将带给她新的灾难，悄悄地慢慢接近。

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日下部麻子在某个任务中从恐怖分子的手中救出了少年雄二。以士兵的身份数次历经死地的她，似乎是一时兴起地作为保护者而收留了雄二。不顾同僚JB的担心，半强迫地开始在同一屋檐下生活的笨拙女战士与少年——。在这简直就是模仿家庭一般的奇妙的共同生活当中，雄二渐渐取回了人情味。也许是拜既是母亲又是师父的麻子那严厉而又充满爱的“教育”之赐，成长到已经开始考虑自己生存意义的雄二，向麻子提出了某个“请求”。

麻子由于身体状况不佳而给自己的“工作”带来了障碍。切身感受到她的异变的雄二接替了她的负担，并由此思考是否能够找到自己生存的意义。麻子决定尊重雄二的意志。但，守护在两人身旁的JB，从想要重返暴力世界的雄二身上感到了危险。对雄二感到担忧的JB坚决反对，但试图说服她的正是雄二本人。之后，为了接受正式训练，他和麻子一同前往美国。

为了和麻子走上同一条道路而前往美国的雄二，在残酷的军队生活中，与同甘共苦的战友们相遇，并加深着和他们之间的羁绊。不久，被配备至实战的雄二在绝望的战局当中，与聚集了吊车尾的部队——“薮犬小队”相遇，并开始作为部队的一员穿梭在战火当中。在连什么是正义、什么是胜利都搞不清楚的地狱之中，雄二他们这些薮犬小队仅以活下来为目的而奔跑着。即使他们陷入失去意识、紧闭双眼的极限状态，也会为了同伴而继续战斗。

雄二为了守护“重要的女人”——麻子而在战士之道上前进。但，还未等到雄二的成长，麻子就要离开他的身边。雄二再次感到无力感，不过他被麻子临别前留下的话所拯救，并因此再次以自己的双脚开始行进。然后，那番话语将他引导至美滨学园。追溯过去的漫长旅途结束，雄二回到了天音等人所等着的三岛崎。然而，他并没有再次出现在学园。

美滨学园的少女们在电视画面的另一侧看到了突然消失了踪影的风见雄二。但他却作为可能发展成国际问题的恐怖事件嫌疑犯而被全国报道。她们被这突然的事态惊呆了，但仍然坚信他是无辜的。雄二身上究竟发生了什么——为了知道真相，她们能做到什么？少女们没能找到这一疑问的答案，就这么一直站着，只有由美子为了掌握事态的全貌而开始行动。在驱使着自己所剩的资金以及网络进行情报收集的最后，由美子找到了某个“情报屋”的存在。

经由与“情报屋”吉米的接触，由美子与美滨学园的少女们得知如今的状况比预料得更糟糕。五个人失去了雄二，甚至被放逐出学园，但她们确保了新的活动据点，并策划着夺回雄二的作战计划。此时，神秘的协助者对少女们伸出了援手。另一方面，恐怖事件发生后立刻就被囚禁在“市谷”的雄二，在其地下深处与某个存在邂逅。从“她”的口中说出的，是关于姐姐·一姬死亡的真相，以及如今这个国家所面临的危机。

突然接近天音她们的无形支援者“塔娜托斯”——。“她”的目的也是风见雄二的解放和夺回。利害一致的美滨少女们与塔娜托斯为了执行作战计划而进行着准备。塔娜托斯的指示通过手机传播，乍一看意义不明，少女们为此感到困惑，但这些指示给她们带来了为使目的开花结果的超出预想的成果。之后，到了雄二被移送到赤坂的当天。尽可能进行了准备的少女们，为了取回无可替代的存在而奔赴战斗。

以核武器为后盾威胁国家的国际性恐怖分子·希斯奥斯陆。为了与他交易，雄二被当做牺牲品，而要拯救雄二的危机，只有趁他从市谷被押送至赤坂的时机将其夺回。之后，在塔娜托斯的情报之下，美滨的少女们推测出移送路线，并打算袭击护送车。另一方面，察觉到奥斯陆企图掌握塔娜托斯系统的“她”，在情报屋吉米和JB的协助下，尝试将塔娜托斯的核心从系统本体物理切离。当系统的机能停止之时，少女们眼前出现了奇迹的光景。

美滨的少女们上演了夺回雄二的激烈逃亡剧。等在终点的是以塔娜托斯核心的身份存活的风见一姬。面对这意想不到的邂逅，雄二和天音无法隐藏惊讶之情，但事态已经不允许他们有沉浸在重逢感慨中的时间了。让自己的命运狂乱，在世界散布死亡与灾难的禁忌般的男人——希斯·奥斯陆。为了切断与他的因缘，风见雄二前往最后的战场。之后，曾经被雄二拯救的少女们，为了守护他的归所，而坚定了共同奋战的意志。

浮在太平洋上的巨大人工物·塔尔塔罗斯。那是世界之敌，以及风见雄二的宿敌，希斯·奥斯陆的居城。他在静静地等待着，为了成就自己野望的最后的钥匙·风见雄二再次出现在自己眼前的那一瞬间。之后，化身为复仇之鬼的雄二来到塔尔塔罗斯之时，他发出了欢喜的声音。另一方面，塔娜托斯与美滨的少女们目送着奔赴塔尔塔罗斯的雄二，为了给深爱着的而又罪孽深重的他准备归所，而开始了某个计划。想要得到能安心的场所——“乐园”。为了实现这一微薄却又恳切的愿望，众人面临最后的战斗。

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