被Caster奪走了Saber的士郎，堅信著自己所相信的正義，決定再一次戰鬥。另一方面，凜向在教會尋找聖盃的Caster發起正面挑戰，但卻由於意想不到的展開而陷入了絕境。

士郎和凜研究著在Saber被操縱之前打倒Caster的作戰計畫。此時Caster正回想著自己和以前將自己召喚出來的主人的記憶。被侮蔑為魔女、遭到背叛的Caster自行切斷契約，殺害了主人而從他那裡逃離了。

士郎和凜來到了愛因茲貝倫城堡，然而Berserker和吉爾伽美什的戰鬥已經在那裡展開。一邊保護著伊莉雅一邊戰鬥的Berserker在吉爾伽美什壓倒性的寶具面前，開始陷入了劣勢。

被憤怒沖昏頭腦的士郎不顧凜的制止飛奔而出。吉爾伽美什打算殺了士郎，但在看到凜後就離開了。凜雖然否定士郎那種自我犧牲的生存方式，但也在重新審視他的想法。

Archer和Lancer展開激烈的衝突。在難分勝負的戰鬥當中，面對放出必殺寶具的Lancer，Archer使用自己所持有的最強之盾應戰。另一方面，士郎和凜為了與Caster做出了斷而再次前去挑戰。他們因懸殊的實力差而陷入絕境，但凜卻隱藏了某個奇策。

由於Caster斃命，Archer的契約無效化，但Archer為了再度殺死士郎而向他襲擊。Saber為了詢問Archer的真意而介入其中，但在沒有與主人締結契約的狀態之下，她無法發揮出本來的力量。為了將Saber和士郎從絕境中救出來，凜開始詠唱契約……

Archer的真實身份終於揭開了。英靈是從現在及過去，以及尚未得見的未來——各種時代被召喚而出的。衛宮士郎在自己理想的盡頭，與一直堅信這份理想的答案「正義的夥伴」相對立。

為了消除絕望而戰的Archer。為了貫徹信念的士郎。在數次劍戟交錯當中，士郎的敵人並非是Archer，而變成了他自己。認為別人比自己更重要，乃是偽善，即使明白這一點，也相信這樣做決非錯誤——。

士郎等人得知了吉爾伽美什所說的聖盃戰爭真正的目的。此番，他們為了前往位於祭壇——柳洞寺的戰鬥而準備著策略。士郎說吉爾伽美什的寶具對於Saber來說可能相性不佳，對此，凜所想出的對抗手段是——

士郎和凜到達了顯現的聖盃之處，吉爾伽美什阻擋在他們面前。與此同時，Saber與等候在山門的Assassin對峙。將七名魔術師和七名英靈各自的思念吞噬，聖盃戰爭即將迎來終結——

吉爾伽美什將士郎否定為「冒牌貨」。但，自己是「冒牌貨」這件事，自己的想法是「偽善」這件事，早就已經接受了。堅定了堅持理想的意志，並以有形的言語編織這份心念。那是毫無悔恨、飽含覺悟的詠唱——。圍繞著聖盃的故事，在此結束。

聖盃戰爭，落幕。——以及，在那之後編織而成的最終章。