被 Caster 夺走了 Saber 的士郎，坚信着自己所相信的正义，决定再一次战斗。另一方面，凛向在教会寻找圣杯的 Caster 发起正面挑战，但却由于意想不到的展开而陷入了绝境。

士郎和凛研究着在 Saber 被操纵之前打倒 Caster 的作战计划。此时 Caster 正回想着自己和以前将自己召唤出来的主人的记忆。被侮蔑为魔女、遭到背叛的 Caster 自行切断契约，杀害了主人而从他那里逃离了。

士郎和凛来到了爱因兹贝伦城堡，然而 Berserker 和吉尔伽美什的战斗已经在那里展开。一边保护着伊莉雅一边战斗的 Berserker 在吉尔伽美什压倒性的宝具面前，开始陷入了劣势。

被愤怒冲昏头脑的士郎不顾凛的制止飞奔而出。吉尔伽美什打算杀了士郎，但在看到凛后就离开了。凛虽然否定士郎那种自我牺牲的生存方式，但也在重新审视他的想法。

Archer 和 Lancer 展开激烈的冲突。在难分胜负的战斗当中，面对放出必杀宝具的 Lancer，Archer 使用自己所持有的最强之盾应战。另一方面，士郎和凛为了与 Caster 做出了断而再次前去挑战。他们因悬殊的实力差而陷入绝境，但凛却隐藏了某个奇策。

由于 Caster 毙命，Archer 的契约无效化，但 Archer 为了再度杀死士郎而向他袭击。Saber 为了询问 Archer 的真意而介入其中，但在没有与主人缔结契约的状态之下，她无法发挥出本来的力量。为了将 Saber 和士郎从绝境中救出来，凛开始咏唱契约 ……

Archer 的真实身份终于揭开了。英灵是从现在及过去，以及尚未得见的未来 —— 各种时代被召唤而出的。卫宫士郎在自己理想的尽头，与一直坚信这份理想的答案“正义的伙伴”相对立。

打算将凛作为圣杯之器利用的绮礼，以及想要把凛据为己有的慎二向凛逼近。另一方面，士郎面对 Archer 的攻击陷入守势。但即使如此也不放弃的士郎，他的面前出现了 Archer 最终到达的世界。那是他身为魔术师的缘由——在一片荒野之中，插着无数把剑的固有结界。

为了消除绝望而战的 Archer 。为了贯彻信念的士郎。在数次剑戟交错当中，士郎的敌人并非是 Archer，而变成了他自己。认为别人比自己更重要，乃是伪善，即使明白这一点，也相信这样做决非错误。

士郎等人得知了吉尔伽美什所说的圣杯战争真正的目的。此番，他们为了前往位于祭坛——柳洞寺的战斗而准备着策略。士郎说吉尔伽美什的宝具对于 Saber 来说可能相性不佳，对此，凛所想出的对抗手段是 ……

士郎和凛到达了显现的圣杯之处，吉尔伽美什阻挡在他们面前。与此同时，Saber 与等候在山门的 Assassin 对峙。将七名魔术师和七名英灵各自的思念吞噬，圣杯战争即将迎来终结 ……

圣杯战争，落幕。以及，在那之后编织而成的最终章。