士郎 10 年前被魔术师卫宫切嗣收养，他深受养父的影响，渴望成为“正义之友”，天生就对剑术和弓箭特别喜好，可是因间桐慎二的逼迫，不得已退出剑道社。慎二的妹妹间桐樱喜欢士郎，并和士郎关系密切。士郎在学校是出名的大好人，这天他打扫完道场时看到了 Archer 和 Lancer 战斗的场面，被 Lancer 发现并杀害，凛用魔力救回了他。逃过一劫的士郎回到家中，Lancer 又一次打算杀死他，士郎误打误撞召唤出 Saber，成为 Saber 的 Master。

凛发现士郎对圣杯战争一无所知，于是带他去教堂见神父言峰绮礼。士郎从言峰那里听到有关圣杯战争的事，原来十年前的那场巨大火灾就是圣杯造成的。这让本来打算放弃 Master 资格的士郎决定参加战争，以防圣杯落入坏人之手，酿成惨剧。结束谈话的士郎和凛离开教堂，路上遇到了神秘少女和 Berserker ……

神秘少女伊莉雅和 Berserker 准备大开杀戒，一举消灭士郎等人。面对狂化的 Berserker，凛的魔法毫无效果。Saber 挥剑战斗，Archer 远距离箭击，仍旧无法伤到 Berserker。凛让士郎逃走，但士郎决定和 Saber 一同战斗。战场转移到郊外的森林，凛和伊莉雅展开魔术对决，Saber 与 Berserker 仍在激烈战斗中。

Saber 对士郎出手保护自己的行为感到困惑，她担心士郎被其他魔术师读取记忆，因此不愿将真名告知，士郎坦然接受了她的请求。士郎和 Saber 应藤姐的要求赶往学校，由于 Saber 无法灵体化，士郎本想将 Saber 的事情瞒混过去，但藤姐和樱扰乱了他的计划。在另一边，前去现场调查瓦斯泄露事件的凛，发现了魔力残渣，并断定这是 Caster 干的好事 ……

士郎和往常一样来到学校，凛对他的态度突然转变。士郎得知弓道部的美缀神秘失踪，此事与慎二有关。放学后凛单独找到士郎，她决定和士郎展开 Master 之间的对决。面对凛接连的强势攻击，士郎三脚猫的魔法只能勉强防身。关键时刻，两人发现有学生遇害，前去救助。士郎发现躲在暗处的 Servant，他只身前去应战。

为了对付潜伏在学校内的其他 Master，凛和士郎做了休战协定。就在此时，自称是 Rider 的主人的慎二提出要与士郎联手，但遭到士郎拒绝。当晚，在仓库训练魔术的士郎，不知不觉竟然身处 Caster 建造了据点的柳洞寺。Saber 前去救助身处险境的士郎，却被守在寺外的 Assassin 拦住，两人展开剑与剑的对决 ……

Saber 与 Assassin 的战斗仍在继续，Assassin 使出与其职阶不相符的剑技，让 Saber 无法顺利进攻。在另一边，Archer 和 Caster 在柳洞寺中庭内对峙，Assassin 竟然是 Caster 召唤的 Servant，得知真相的士郎十分震惊。Archer 与 Caster 激战一场，最终 Archer 放走了 Caster。士郎对 Archer 的做法不满，两人发生争执，Archer 对士郎起了杀意。

士郎与 Saber 进行剑术学习后来到学校，凛对于 Archer 刺伤他的事感到抱歉，两人再次确认了盟友关系。此时慎二在校园内发动致命结界，学生们全部昏死过去，士郎用令咒召唤 Saber 前来，三人联手对敌。没想到 Caster 黄雀在后，趁机虐杀慎二英灵 Rider，魔法阵也因此解除。

凛根据一成的证言断定葛木正是 Caster 的主人，于是她和士郎计划当天在葛木回家的路段进行埋伏。葛木轻松躲过了凛的远程攻击，士郎见葛木对凛的突然袭击毫不抵抗，于是现身与葛木对峙，此时 Caster 突然现身。士郎对葛木诉说 Caster 的残忍行径，并希望葛木能够制止 Caster，但葛木却在士郎面前显露出他的残忍本性。

士郎受到投影魔法的影响，左半边身体没了知觉。此时凛突然来访，与士郎、Saber 商议如何应对 Caster。眼看时间已晚，士郎催促凛回家却惨遭调戏，凛让 Archer 送来换洗衣物，打算在此留宿。士郎照常锻炼魔法，他的身体异常早就被 Saber 发现，就在两人踌躇之时，Archer 现身帮士郎打开了魔法回路。

凛约士郎和 Saber 去游乐场，面对凛的强势邀约，士郎显得手足无措。三人在游乐场度过愉快时光，却在乘坐大巴离开时遭到 Caster 埋伏。Caster 利用宝具夺取了士郎的令咒，并成功控制了 Saber，凛答应士郎前去救援 Saber。失去了 Servant 的士郎该何去何从？Archer 的真实身份又是什么呢？