우주 실습을 나간 벨리 제남은 여자 아이들의 응원을 받으며 렉텐에 올라탄다. 그런데 그때, 정체를 알 수 없는 해적의 모빌 슈트가 나타나 벨리 일행을 인질로 잡고 협박을 하는데.

자신을 해적이라고 밝힌 아이다와 G-셀프는 캐피탈 아미에 의해 제압당한다. 벨리는 갇혀있다는 아이다에 대한 호기심을 버리지 못하고 죄수탑으로 향하는데.

부하들의 만류에도 아이다를 구하러 온 클림 닉 때문에 캐피털 아미는 비상태세가 된다. 아이다는 그의 존재를 눈치 채고 G-셀프를 기동시키는데…

벨리를 구출하겠다는 구실로 캐피털 아미를 편성해 파견한 쿰파 대령. 한편 벨리는 클림의 압박에 이기지 못하고 G-셀프에 올라타게 되는데.

편대를 짜서 공격해오는 캐피털 아미와 전투를 벌이게 된 벨리. 그는 조종석 하나로 출격해서 공중 포격을 피하고 G-셀프를 기동시키는 데 성공한다.

벨리는 G-셀프에 리플렉터를 지고 캐피털 아미와의 싸움에 참전하게 된다. 캐피털 아미는 아매리아 해적에 억류된 포로를 되찾아오기 위해 대량의 군대를 끌고 가는데.

마스크부대의 습격에 요격을 나간 아이다는 기체가 폭주해 하늘 위로 날라가게 된다. 벨리는 그녀를 구하러 가속을 하다가 혼자 글라이더를 타고 온 어머니를 발견하게 되는데.

벨리를 무사히 만난 윌미트 장관은 직접 캐피털 가드에 연락해 다른 인질들을 보호하기로 한다. 한편, 아이다는 우주로부터의 위협에 관한 의문을 직접 스코드교 교황님에게 물어보는데.

캐피털 가드와 다르게 벨리가 타고있는 메가파우나를 공격하기 시작한 캐피털 아미. 벨리와 아이다는 함께 이들을 요격하기 위해 나가는데.

캐피털 아미와 우주에서 전면전쟁을 펼치게 된 메가파우나 일행. 그리고 지상에 있던 닉 일행도 함대를 이끌고 우주로 올라오는데.

클림은 직접 부대를 이끌면서 성지인 장크프 포르토로 향한다. 한편 마스크부대는 장크트 포르토로 향하는 배들을 격추시키려 하는데.

새로운 적의 출현으로 마스크, 클림, 아이다의 부대는 공동 전선을 펼치게 된다, 그리고 클림의 아이디어로 항복하는 척하면서 적의 중앙 함대에 접근하기로 하는데.

기억을 되찾은 듯한 라라이야를 데리고 벨리 일행은 토와산가의 사람들이 있는 곳으로 간다. 한편, 마스크 부대는 장크트 포르토를 방패삼아 도레트 함대로 향할 계획을 세우는데.

달 뒷편으로 향하는 메가파우나를 막기 위해 토와산가 군함은 추격 부대를 보낸다. 벨리와 아이다는 방어전을 펼치는데.

모로이 교외에서 만난 레지스탕스의 안내로 아이다와 벨리는 자신들이 태어난 집을 방문하게 된다. 그리고 그곳에서 벨리는 아이다와 자신의 진짜 관계에 대해 듣게 되는데

네오두를 타고 나간 라라이야는 예상 못한 파워에 끌려다니고 만다. 한편, 마스크 대위와 바라라는 시운전을 명목으로 메가파우나가 쪽으로 가는데.

G-셀프를 확보하기 위해 메가파우나 갑판까지 온 마스크 부대. 벨리와 메가파우나는 이들의 손에서 벗어나기 위해 크레센트 쉽까지 돌진하게 되는데.

비너스 글로브로 향하는 우주선에서 갑자기 마라톤을 하게 된 벨리 일행. 그런데 갑자기 지트단이라고 밝힌 무장 일행이 우주선에 올라타는데.

적의 허를 찌르자는 라라이야의 말에 메가파우나는 지트랩을 경유하여 로자리오 텐에 가고자한다. 그러나 지트단은 그들을 순순히 보내주지 않는데. 그 와중에 벨리는 빼앗겼던 G-셀프 탈환에 성공한다.

벨리와의 싸움으로 바다에 구멍을 내버린 지트단은 당황하며 큰 병기를 가져온다. 한편, 아이다 일행은 이 혼란을 틈타 잠입에 성공, 라 구우를 만나게 되는데.

지트단이 풀문 쉽을 끌고와서 메가파우나도 지구권에 들어가게 된다. 한편, 마니는 마스크를 만날 생각에 들떠있었는데.

G-셀프와 G-루시퍼를 아메리아 군에 합류시키라는 아버지의 말에 아이다는 거절의 뜻을 밝힌다. 한편, 마스크 부대는 풀문 쉽에 접촉을 시도하는데…

지트단이 제공해준 이그드라실을 타고 실전에 참가한 바라라. 그리고 이드그라실의 구불거리는 빔은 상대편을 패닉으로 몰아넣는데.

연인인 록파이를 잃은 마슈너는 크노소스 함장을 부추겨 풀문 쉽을 차지하러 간다. 그러나 가던 도중 마스크 함대와 마주치게 되는데.

저궤도에서 싸우다가 다 같이 대기권에 돌입하게 된 벨리 일행과 지트단, 아메리아의 군대. 마스크는 독재자가 될 위험이 있다며 벨리를 격추시키려 하는데.