Pride moet zijn vakantie onderbreken wanneer Hannah wordt geschorst wegens het verbreken van het protocol tijdens een gezamenlijk onderzoek met de FBI.

NCIS onderzoekt een privé-vliegtuigongeluk nadat een marine-piloot zei dat ze voorafgaand aan de crash een onbekend object zag. Pride lijdt aan slapeloosheid en nachtmerries als gevolg van de ontvoering en drogering van vorig jaar.

Pride reist naar New York nadat nieuw bewijsmateriaal verband houdt met een 20-jarige cold case uit zijn tijd op het kantoor van Jefferson Parish Sheriff.

Het NCIS-team ontdekt een sinister complot door een particulier detentiecentrum dat door de overheid is gecontracteerd om immigranten zonder papieren te huisvesten. Lasalle en Sebastian reizen naar Alabama om te zoeken naar de vermiste broer van Lasalle.

Marineluitenant Max Landry vraagt het veldkantoor in New Orleans om hulp wanneer hij vermoedt dat zijn vriendin een spion is. Lasalle wordt ook geconfronteerd met een andere verwoestende doodlopende weg terwijl hij op zoek is naar de laatst bekende verblijfplaats van zijn broer.

Lasalle hoopt de moord op zijn broer te wreken door een drugsring te volgen in Alabama die volgens hem verantwoordelijk is. Wanneer Pride helpt met de zaak, kruist hij paden met Eddie Barrett, een ongrijpbare persoon die meer weet dan hij deelt.

Na een aardgasexplosie in een bioscoop ontdekt het NCIS-team dat het gasbedrijf is gehackt en dat er meer explosies kunnen worden veroorzaakt.

Sebastian belt het NCIS-team om te helpen met een mogelijke ontvoeringszaak wanneer de zoon van een hoogwaardigheidsbekleder die hij moest beschermen, verdwijnt uit een lokaal concertgebouw.

Nadat Eddie Barrett een alibi-getuige levert, zijn Pride en het team vastbeslotener dan ooit om een doorbraak in de zaak te vinden en de moord op Lasalle te wreken.

Trots wordt afgesneden van het team en in een hoek gedreven nadat het onderzoek naar Eddie Barrett een kwaadaardig complot ontdekt.

Het team maakt zich zorgen wanneer Sebastian onbereikbaar is terwijl hij undercover is als een nieuwe rekruut.

Het team moet een mysterieuze vrouwelijke moordenaar opsporen die verantwoordelijk is voor moorden in Athene, Rome en Londen. De zoon van Wade smeekt haar om hem mee te laten gaan met de politie voor een artikel dat hij schrijft over een outreach-programma voor jongeren bij de NOPD.

Het team onderzoekt de moord op een JAG-kapitein die thuis werd gevonden door zijn dochter, de enige erfgenaam van zijn grote landgoed. Sebastian voelt zich geïntimideerd wanneer hij de leiding krijgt over een team op zijn eerste dag van de regionale handhavingstraining.

Als Pride niet kan slapen vanwege aanhoudende nachtmerries over de mysterieuze man in het rode pak, ondergaat hij een gespecialiseerde behandeling om hem te helpen de identiteit van de man te achterhalen. Er komt een arrogante nieuwe officier bij het team.

Wanneer een man die Lasalle nabootst, probeert een jonge vrouw uit de gevangenis te bevrijden, onderzoekt het team zowel de bedrieger als de gevangene. Ook brengt de dochter van Pride hem een verrassingsbezoek.

In New Orleans nemen de raciale spanningen toe wanneer een blanke NOPD-officier een zwarte marine-officier neerschiet die volgens hem gewapend is tijdens een druk straatfeest.

Wanneer een zeeman van de marine dood wordt aangetroffen, volgt het team de verdachte bewegingen van mensen in zijn leven voorafgaand aan zijn dood. Ook komt Hannah in het reine met de relatie van haar dochter met de nieuwe vriendin van haar ex, Veronica.

Wanneer Sebastian gewond raakt terwijl ze tevergeefs probeert een ontvoering te voorkomen, is NCIS op zoek naar de vermiste vrouw en haar ontvoerders. Het team neemt een kijkje in het persoonlijke leven van agent Carter.

Het team onderzoekt de dood van een marinemicrobioloog wiens hobby als een 'mythebuster' resulteerde in zijn dood door toedoen van een legendarisch bayou-wezen. Khoury doet onderzoek naar eerdere acties van adjunct-directeur Van Cleef, die haar onlangs heeft gedegradeerd wegens misleidende beschuldigingen dat ze een slecht beoordelingsvermogen vertoonde.