עונה שישית לדרמת האקשן המצליחה. בפרק הראשון לעונה, פרייד נאלץ לקצר את חופשתו כשהאנה מושעית עקב אי ציות לנהלים במהלך חקירה משותפת עם האף-בי-איי.

טייסת של חיל הים מדווחת שראתה עב"ם רגע לפני שמטוס התרסק לנגד עיניה. פרייד סובל מנדודי שינה ומסיוטים כתוצאה מהחטיפה שעבר.

פרייד נוסע לניו יורק אחרי שראיות דנ"א חדשות מקשרות חשוד בחקירה שלו מלפני 20 שנה לרצח חדש. לסל מנסה לברר מדוע אחיו השאיר את חברתו ובנה במלונית ונעלם מאז.

הצוות חושף מזימה מרושעת של בית מעצר פרטי למהגרים לא חוקיים הפועל כקבלן של הממשלה. כריסטופר וסבסטיאן נוסעים לאלבמה כדי לחפש את אחיו הנעדר של כריסטופר.

קצין בחיל הים שעובד על פרויקט סודי מבקש עזרה מהצוות בניו אורלינס. הוא חושד שחברתו מרגלת אחריו. לסל מתמודד עם מות אחיו, ומנסה למצוא את רוצחו בעזרת פרייד.

כריס ממשיך לחקור את מות אחיו, ומגיע לתגלית מעניינת. חברי הצוות מנסים לפענח את הרצח וגם מוצפים בזיכרונות מהעבר.

הצוות מתמודד עם אלמוני המכנה את עצמו ספרטקוס, שהשתלט על מערכת הגז של העיר ומאיים לפוצץ מקומות שונים, אם דרישותיו לא ייענו בזמן.

סבסטיאן מקבל משימה להגן על בנה של שרה תאילנדית. כשהבן נעלם במהלך מופע רוק, הוא מבקש מהצוות לעזור לו למצוא אותו.

האישומים נגד אדי בארט, החשוד ברצח כריס לסל, מתבטלים והוא יוצא לחופשי. פרייד מסרב לוותר, וסוחף אחריו את הצוות לחיפוש עקשני אחר ראיות חדשות. החיפוש מסתיים בתגלית מפתיעה.

פרייד מתנתק מהצוות ונדחק לפינה לאחר שמתגלה מזימה זדונית בחקירה של אדי בארט.

סבסטיאן מסתנן לארגון לבן גזעני שמתכנן פיגוע גדול, אך עד הרגע האחרון הוא לא מצליח לגלות מה הוא בדיוק והיכן יתבצע. פרייד עדיין מוטרד מהאיש שהוא רואה בסיוטים שלו.

הצוות צריך לאתר אישה שהגיעה לניו אורלינס וחשודה בהתנקשות בשלושה אנשים בשלוש ארצות שההקשר ביניהם לא ברור. הבן של וייד מבקש מאמו רשות להצטרף לנסיעה עם שוטר בניידת לצורך הכנת כתבה.

כשמתגלה גופתו של שופט בפרקליטות הצבאית, החשד המידי נופל על אחד האנשים שהוא שלח לכלא, אבל חקירה מדוקדקת יותר מובילה לאדם שקרוב אליו יותר. בינתיים סבסטיאן מגיע לאימון לצוות התגובה ולומד להיות מנהיג.

פרייד מבשר לצוות שייעדר מהעבודה כדי לעבור טיפולים שיעזרו לו לברר מה פשר הסיוטים שהוא רואה. בינתיים הצוות מתמודד עם חקירה חדשה ועם חבר צוות חדש ויהיר שבא לתפוס את מקומו של לסל.

לשירות החקירות נודע שאדם שהתחזה ללסל המנוח שחרר מהכלא אסירה. בחקירה עולה שהוא והאסירה היו מעורבים בניסיון לנקום את מותו של אדם שיקר להם. בינתיים בתו של פרייד באה לביקור לאחר פרידה מבן זוגה.

שמשרת בחיל הים. השוטר טוען שהבחור החזיק אקדח בידו, אך האקדח הזה לא נמצא בזירת הפשע. ג'ין, החבר של לורטה, בטוח שהשוטר חף מפשע. קרטר בטוח שהוא אשם.

הצוות חוקר את מותו של רב"ט שגופתו מתגלה בפח. החקירה מגלה קשר לסוחר סמים וליריבה ותיקה מאוד של פרייד. בינתיים האנה מתמודדת עם בת הזוג החדשה של האקס והקשר שלה עם בתה.

פאטון ולונד עדים במקרה לחטיפה של אישה, וכשהניסיונות לעזור לא עולים יפה, הצוות מתחיל לחקור ומגלה שסוכנות הביון של משרד ההגנה מנסה להשתלט על החקירה.

הצוות חוקר רצח של אדם שבדק אפשרות לקיום מפלצות בביצות, אך מתקשה למצוא מניע. בינתיים האנה ממשיכה לחקור ולחפש דפוסים ביחסו של ואן קליף לסוכנות שטח אחרות.