Terwijl Pride vecht voor zijn leven op de IC, zoekt het team de stad af om de huurmoordenaar die hem probeerde te vermoorden te vinden.

Terwijl het team op zoek is naar een voormalige IRA-bommenmaker die de stad is binnengesmokkeld, worden ze vergezeld door Special Agent Hannah Khoury, de vervanger van Pride tijdens zijn medisch verlof. Pride overweegt ook een nieuwe functie bij het bureau.

Terwijl NCIS de moord op een marine-inlichtingenofficier die tijdens een conferentie voor buitenlandse diplomaten is vermoord onderzoekt, komt de hoofdgetuige samen met Sebastian. Ook heeft Pride moeite zich aan te passen aan zijn nieuwe functie bij het bureau.

Nadat een onderofficier vermoord is aangetroffen onder een garnalenboot, onthult het NCIS-onderzoek een samenzwering in de hechte lokale vissersgemeenschap. Lasalle wacht ook op de definitieve resultaten van het onderzoek naar belastingfraude naar het bedrijf van zijn familie.

Nadat de assistent van Pride, Ginny Young, is ontsnapt uit de handen van een ontvoerder, onthult het NCIS-team het bewijs van een verdachte die organen van meerdere slachtoffers oogst. Ook wendt Pride zich tot zijn vriend, commandant Calvin Atkins, M.D., voor medische en spirituele begeleiding terwijl hij worstelt met de gevolgen van zijn recente confrontatie met de dood.

Na een dodelijke auto-explosie in de Franse wijk ondervraagt het NCIS-team een professor en voormalig lid van een studentenprotestorganisatie. Tammy ontdekt ook een geheim over Hannah's persoonlijke leven.

Het NCIS-team plaatst Mateo Diaz, een bendelid op de middelbare school die informant werd, in beschermende hechtenis terwijl ze de moord op de instructeur van het trainingskamp van zijn junior reserveofficieren onderzoeken. Ook heeft Pride de hulp van zijn broer Jimmy Boyd nodig om het vertrouwen van Mateo te winnen.

Het NCIS-team onderzoekt de moord op een marine-aannemer die, buiten het medeweten van iedereen, twee decennia lang twee levens heeft geleefd, met twee vrouwen, gezinnen en carrières.

Pride wordt tijdens het hardlopen gegrepen door twee gemaskerde mannen die hem bevelen een aantal taken uit te voeren om Wade en zijn vader, Cassius Pride, te redden die gevangen worden gehouden.

Pride en het NCIS-team hopen een geheime en dodelijke groep voormalige inlichtingenagenten neer te halen en de dood van iemand in hun buurt te wreken.

Terwijl Gregorio undercover is, sluit zij zich aan bij een club voor militaire vrouwen. Een van de leden wordt gecontacteerd door een ex vriend die een van de meest gezochte criminelen van de FBI is.

Het team onderzoekt de verdwijning van een marine-entomoloog na een schietpartij in een onderzoekslaboratorium. Nero voegt zich erbij wanneer het team ontdekt dat er een dodelijk virus is gestolen.

Pride en het team herenigen met samenzweringsjournalist Oliver Crane nadat de bron voor zijn nieuwste vigilante-verhaal is vermoord. Ook verrast de voormalige partner van Hannah haar in New Orleans en deelt een schokkende onthulling over een oude zaak.

Het team onderzoekt meerdere moorden die verbonden zijn aan een bouwbedrijf dat een experimenteel chemisch product creëert dat de zeewering versterkt. Ook wordt bewijs van Hannahs vorige missie in Oman tegen haar gebruikt als chantage.

Als een ongrijpbare terrorist met een persoonlijke vendetta tegen Hannah opduikt, wordt ze in veiligheid gebracht bij haar familie terwijl het NCIS-team naar de verblijfplaats van de verdachte zoekt.

Pride heeft na een herschikking van opdrachten niet langer de leiding over het zuidoosten en keert terug naar het NCIS-kantoor in New Orleans voor het onderzoek naar een vermiste onderofficier.

Het NCIS-team onderzoekt de moord op Pattons vriend; een voormalig SEAL wordt neergeschoten door een voorbij rijdende auto terwijl Patton hulpeloos toekeek.

Nadat een marine luitenant van een welvarende familie uit New Orleans tijdens een liefdadigheidsgala een noodlottige val maakt, onderzoekt het team of het een ongeluk was of dat het vuil spel is.

Wanneer de dochter van Elvis Bertrand wordt gekoppeld aan een NCIS-moordzaak, vraagt ​​hij Pride om haar onschuld te bewijzen.

Tammy denkt dat een oplichter de moord op een marine-arts heeft gepleegd, hoewel het bewijsmateriaal anders aangeeft. Pride heeft nieuwe informatie over Apollyon, een ondergronds spionagenetwerk.

Het NCIS-team onderzoekt een dodelijke bomaanslag op een militair museumevenement met meer dan 1.000 aanwezigen.

Pride en Lasalle reizen naar Rusland om FBI agent Raymond Isler te vinden. Hij werd gekidnapt terwijl hij de leider van Apollyon wilde arresteren, de groep die Prides vader heeft vermoord.

Tijdens hun zoektocht naar het dodelijke ondergrondse spionagenetwerk Apollyon wordt Pride gescheiden van het team. Het NCIS-team moet de ​​mol vinden die informatie blijft geven aan Apollyon.