Lasalle trova Pride in fin di vita, Amelia è ancora sulla scena del crimine, ma riesce a scappare. Grazie a Gibbs, la s quadra viene a sapere che la donna vuole vendicare la morte del marito.

La squadra dà la caccia a un gruppo di assassini responsabili per un attacco IRA a New Orleans. A Pride viene proposta una promozione e l'Agente Khoury è pronta per prendere il suo posto.

Mentre Pride inizia la sua nuova avventura lavorativa al Quartier Generale, un ufficiale della Marina viene ucciso in u n Luna Park.

La squadra, con Hannah al comando, viene coinvolta in un nuovo caso dopo il ritrovamento del cadavere di un giovane sottufficiale della Marina nelle acque del Golfo.

Il padre di Pride, Cassius Pride, è coinvolto in un caso NCIS che coinvolge un famigerato furto di casinò irrisolto di diversi anni fa. Inoltre, Pride incontra un membro della famiglia che non ha mai saputo esistesse.

Ginny, l'assistente di Pride, viene drogata e rapita da uno sconosciuto. Fortunatamente, riesce a fuggire e porta l'N.C.I .S. nel posto dov'è rimasta segregata...

Una bomba fa esplodere un'auto in piena notte, nel quartiere francese di New Orleans. Alla guida c'era un giovane studente universitario, Paul Franka, impegnato nella lotta contro le ingiustizie sociali.

Katie Dunn, sergente ed istruttrice, viene uccisa dopo un'esercitazione con la sua unità. L'arma del delitto è un coltello personalizzato, utilizzato esclusivamente da una gang dell'America Centrale "i Re Atzechi"...

Un attuario assicurativo della Marina viene assassinato nella sua auto. Ha due cognomi, due lavori, due mogli e due famiglie. Una doppia identità.

La giornata non comincia nel migliore dei modi per Pride: da lui dipendono le vite di 5 ostaggi, tra i quali ci sono Loretta e suo padre. Dwayne deve seguire alla lettera le istruzioni di un uomo senza volto.

L'obiettivo è quello di trovare chi si nasconde dietro alla voce che ha guidato Pride in un oscuro sentiero di morte.

Gli agenti dell'N.C.I.S., capitanati nuovamente da Pride, investigano sulla rapina ad una filiale del Credito Cooperativo della Marina.

Un misterioso e letale virus, chiamato "X", viene trafugato dal Linnaeus Lab, un laboratorio privato, controllato dal Dipartimento di Sicurezza interna degli Stati Uniti. A terra rimangono 5 cadaveri.

Oliver Crane, reporter d'assalto, indagando su alcuni omicidi, elabora una teoria cospirativa: c'è un giustiziere che uccide una serie di presunti colpevoli di omicidio ingiustamente scagionati...

Un Guardiamarina scompare misteriosamente mentre è in cerca del fratello. Poco dopo viene ritrovato morto insieme ad altri tre uomini, all'interno di un cantiere di proprietà della Jac Inc., una società che si occupa di ricerca...

Un pericoloso latitante, Victor Zelko, trafficante di armi, che Hannah credeva di aver eliminato anni prima in Yemen, uccide un ex collega di Hannah, Liam, dopo averlo torturato.

Pride viene sollevato dal comando, senza essere avvisato e non viene neanche riassegnato. Isler lo invita ad entrare in una squadra congiunta e segreta che dà la caccia ad Apollyon.

La squadra di New Orleans deve indagare sull'omicidio di un amico di Patton, un ex membro della Marina Militare, ucciso a colpi di pistola da un auto in corsa, proprio davanti ai suoi occhi. La vittima aveva una relazione con la sua fisioterapista che era stata ricattata da un membro di una gang di motociclisti che trafficava droga...

Un giovane tenente della Marina muore cadendo dalle scale durante una festa di beneficenza organizzata dalla sua famiglia . L'N.C.I.S., che si occupa del caso, fin da subito sembra dubitare fortemente che possa trattarsi di un semplice incidente.

Tyron Gibson, reclutatore della Marina impegnato nel sociale, vince alla lotteria e festeggia con gli amici in un club esclusivo. Una ragazza misteriosa lo aspetta fuori dal locale, dove poi viene trovato ucciso...

Durante una mostra di armi, la dottoressa Alice Logan, perito balistico ed il marinaio Ben Frisell, vengono uccisi mentre cercano di disinnescare una bomba trovata nello stand.

Isler e la Task Force dell'F.B.I., grazie alle informazioni di una fonte locale, Luka Osman, stanno per irrompere nel rifugio di Avery Walker, in Ossezia del Sud.

Pride è prigioniero di Avery Walker, che gli inietta un cocktail di allucinogeni per carpirgli un'informazione contenuta nel fascicolo segreto su Apollyon.