Terwijl een sluipschutter grote schade aanricht in New Orleans, moet het team ook omgaan met het onverwachte vertrek van Brody en de komst van FBI Special Agent Gregorio om het team te onderzoeken.

Pride stuit op nog meer verzet van de FBI wanneer hij de voormalige marine-inlichtingenanalist Elvis Bertrand, de hoofdverdachte in een meervoudige moordzaak, helpt.

Nadat een onderscheiden onderofficier dood in een sportarena is gevonden, leidt het bewijs Pride en het NCIS-team naar een ontvoeringszaak van een onderofficier die voor het laatst in Mexico is gezien.

Het NCIS-team moet een van hun collega's redden nadat Sebastian is ontvoerd toen hij in een restaurant zat met zijn moeder, Sylvia Lund, en hij gedwongen wordt om zijn spelvaardigheden te gebruiken in een gevangenisuitbraak.

Het team werkt samen met de FBI om een vliegtuigcrash in de bayou te onderzoeken die drie matrozen dood heeft achtergelaten. Ondertussen interviewen Sonja en Lasalle kandidaten voor de open vacature van Special Agent.

Het NCIS-team beoordeelt onorthodoxe trainingsoefeningen nadat een Navy Seal-kandidaat weken voor zijn afstuderen vermoord is teruggevonden. Ook wendt een bezorgde dokter Wade zich tot Pride nadat haar geadopteerde zoon, Danny, zijn plan aankondigt om bij de marine te gaan.

Nadat een onderofficier en lid van de prestigieuze Amerikaanse marine band in haar huis is vermoord, neemt Pride de voogdij van het slachtoffer tijdelijk op zich, die de enige getuige is van de misdaad.

Het team vermoedt vals spel als een korporaal en amateur-raceauto-bestuurder betrokken is bij een dodelijke crash. Elders verzamelt het advocatenkantoor bewijzen voor een aanklacht tegen de grand jury in de zaak Garcia die het kartel uit de stad zou bevrijden.

Pride moet een geliefde familie vriend beschermen die verloofd is met de nummer één verdachte in de lopende NCIS en FBI-kartelzaak. Er ontstaat een belangenconflict wanneer wordt ontdekt dat het kartel werd onderzocht door Gregorio en de FBI.

Sebastian wordt undercover gestuurd en Patton oefent zijn vroegere gok-vaardigheden uit, terwijl Pride en het team een gevaarlijke operatie opzetten om Garcia te vangen.

Nadat Pride naar een diepzee-boorplatform is gegaan voor een moordonderzoek, onthult het team een gaslek dat op het punt staat een catastrofale explosie te veroorzaken. Ook begint Sebastian zijn NCIS-training voor speciale agenten bij FLETEC.

Nadat duizenden geclassificeerde overheidsbestanden zijn gestolen, zoekt het NCIS-team naar een ondergrondse groep hackers die mede is opgericht door Pride's oude contactpersoon, Elvis Bertrand, die bekend staat om het blootstellen van corruptie aan vooraanstaande mensen in New Orleans. Sebastian voegt zich ook bij het team als een nieuw geslagen NCIS Special Agent.

NCIS-agenten McGee en Torres reizen af naar New Orleans om samen te werken met Pride en zijn team in de zoektocht naar een ontbrekend theoretisch terreurboek voor de binnenlandse veiligheid.

Een gruwelijke copycat-moord op een straatauto heropent een voormalige zaak voor dokter Wade, die pijnlijke herinneringen uit haar verleden oproept.

Pride's oude vriendin, staats- en militaire advocaat Rita Devereaux, vraagt NCIS onderzoek te doen naar de verdwijning van een JAG-advocaat die gespecialiseerd is in vertrouwelijke zaken en vrijwilligers bij een particuliere militaire academie.

Een hooggekwalificeerde en bekwame marinier stuurt Pride en het NCIS-team op een gemeentelijke klopjacht nadat hij zes mannen in een bar heeft aangevallen.

Tammy is herenigd met haar ex-man, Ethan McKinley, die verdween na $80 miljoen dollar verduisterd te hebben in hulpfondsen van orkaan Katrina, nadat hij is gekoppeld aan de moord op de zoon van een misdaadbaas.

Tijdens het onderzoeken van een dodelijk ongeval op een marinebasis ontdekt de NCIS dat een eenheid Seabees (de genietroepen van de US Navy) vergiftigd was met een besmettelijk supervirus waardoor de rest van de basis en de hele stad New Orleans gevaar lopen voor een catastrofale uitbraak. Tijdens de autopsie is dokter Wade ook geïnfecteerd met het virus en heeft nog maar enkele uren te leven als er geen tegengif kan worden gevonden.

Nadat het NCIS-team een link heeft gelegd tussen een internationaal drugsnetwerk en de politie van New Orleans, moet Lasalle zijn voormalige partner in de vice-eenheid onderzoeken. Pride maakt zich ook zorgen over de veiligheid van Rita terwijl ze een verband onderzoekt tussen de burgemeester en illegale activiteiten in Clearwater.

Terwijl Pride luistert naar een telefoontap van burgemeester Hamilton, onderzoekt het NCIS-team een treinroof van honderden marine-wapens.

Na de moord op een marinekapelaan en pastoor, gelooft Pride dat hij een verband heeft gevonden tussen burgemeester Hamilton en de illegale activiteiten die plaatsvinden in de stad Clearwater. Ook blijft Percy last hebben van haar keuzes in een eerdere zaak.

Nadat Pride een van de handlangers van burgemeester Hamilton heeft gevolgd, opent de verdachte het vuur in een drukke straat voordat hij verdwijnt.

Niet in staat om iemand in New Orleans te vertrouwen, belt het NCIS-team FBI-assistent-directeur Isler om het sinistere plan van burgemeester Hamilton voor de inwoners van Clearwater te helpen ontmaskeren en te stoppen.