El equipo de NCIS se asocia con varias agencias federales para rastrear a un francotirador que está actuando en eventos abarrotados en la ciudad. Además, la agente especial del FBI Tammy Gregorio llega para investigar a Pride y a su equipo.

Pride se enfrenta a otra reacción del FBI cuando ayuda al ex analista de inteligencia de la Marina, Elvis Bertrand, que es el sospechoso principal en un caso de homicidio múltiple.

Después de que un suboficial condecorado es encontrado muerto es un estadio deportivo, las pruebas llevan a Pride y al equipo de NCIS a un caso de secuestro de un suboficial que fue visto por última vez en México.

El equipo del NCIS debe rescatar a uno de los suyos después de que Sebastian sea secuestrado mientras estaba en un restaurante con su madre, y forzado a usar sus habilidades de juego en una prisión.

El equipo de NCIS investiga junto al FBI un accidente de avión privado en una zona pantanosa que mató a tres marineros. Además, Sonja y Lasalle entrevistan a los candidatos para la posición de agente vacante en el equipo.

El equipo de NCIS revisa ejercicios de entrenamiento poco ortodoxos cuando un candidato para Navy Seal es encontrado asesinado semanas antes de su graduación. Además, Wade pide consejo a Pride tras conocer que su hijo adoptivo, Danny, tiene planeado entrar en la Marina.

El equipo de NCIS investiga el asesinato de un marinero durante una bulliciosa concentración motera en la ciudad. Además, Lasalle pide consejo a Gregorio sobre su vida personal.

Después de que un suboficial miembro de la prestigiosa banda de la Armada de los Estados Unidos sea asesinado en su casa, Pride se hace cargo de la custodia temporal del sobrino de la víctima y único testigo del crimen.

Después de que un cabo de la Marina aficionado a la conducción deportiva tiene un accidente fatal en la pista, el equipo de NCIS comienza su investigación al sospechar de un posible juego sucio.

Pride debe proteger a una apreciada amiga de la familia que está comprometida con el sospechoso principañ en el caso abierto del cartel entre el equipo de NCIS y el FBI.

Sebastian es el encargado de encubrirse y Patton ejerce sus antiguas habilidades en el mundo del juego, mientras Pride y el equipo llevan a cabo una peligrosa operación para atrapar a García.

Pride viaja a una plataforma petrolífera situada en el mar a gran profundidad para una investigación de asesinato, y el equipo descubre una fuga de gas que está a punto de causar una explosión catastrófica. Además, Sebastián inicia su entrenamiento como agente especial de NCIS en FLETEC.

Los Agentes de NCIS McGee y Torres viajan a Nueva Orleans para unirse a Pride y su equipo en la búsqueda de un libro de seguridad nacional sobre terrorismo que se ha perdido.

El crossover comienza en Navy: Investigación criminal S14E15 La caja de Pandora (I).

Un espantoso asesinato copiado en un tranvía reabre un antiguo caso para Wade, evocando dolorosos recuerdos de su pasado.

Rita Devereaux, amiga de Pride, solicita a NCIS que investigue la desaparición de un abogado especializado en casos clasificados y voluntario en una academia militar privada.

Un experto en operaciones marítimas especialeslleva a Pride y al equipo de NCIS a realizar una búsqueda por toda la ciudad tras asaltar a seis hombres en un bar.

Tammy se reencuentra con su ex marido, Ethan McKinley, que desapareció después de desfalcar 80 millones de dólares en fondos de ayuda por el huracán Katrina y al ser vinculado con el asesinato del hijo de un jefe del crimen organizado.

Mientras investigan un accidente mortal en una base naval, el equipo de NCIS descubre que una unidad propia de la marina fue envenenada con un contagioso super virus dejando al resto de la base y a toda la ciudad de Nueva Orleans en riesgo de sufrir un brote catastrófico. Además, durante la autopsia, Wade se infecta con el virus y cuenta con sólo unas horas de vida para encontrar el antídoto.

Después de que el equipo de NCIS descubre un enlace entre una red de narcóticos internacional y el Departamento de Policía de Nueva Orleans, Lasalle debe investigar a su ex compañero en la Unidad de Anti Vicio. Además, Pride se preocupa por la seguridad de Rita mientras investiga una conexión entre el Alcalde y la actividad ilegal en Clearwater.

Mientras que Pride escucha una llamada clandestina del alcalde Hamilton, el equipo de NCIS investiga el robo de un tren cargado con centenares de armas de la marina.

Cuando el capellán de la Marina de Belle Chase y pastor en Clearwater Baptist es asesinado, Pride lo considera como una conexión entre el Alcalde Hamilton y la actividad ilegal que está teniendo lugar en la ciudad de Clearwater. Además, Percy sigue enfrentándose a la repercusión de sus decisiones en un caso anterior.

Cuando Pride es descubierta persiguiendo a uno de los cómplices del Alcalde Hamilton, el sospechoso abre el fuego en una calle abarrotada de gente antes de desaparecer.

El equipo de NCIS no puede confiar en nadie de Nueva Orleans, por lo que acude al Director Auxiliar del FBI, Isler, para que les ayude a desentrañar y detener el siniestro plan que el Alcalde Hamilton ha planeado para los residentes de Clearwater.