Útočníci, kteří naplánovali výbuch vojenského konvoje na mostě, zabili dva vojáky a ukradli taktickou střelu. Na místě, odkud byla nálož odpálena, najdou vyšetřovatelé obal od sušenek s otisky bývalého námořního rotmistra. V rotmistrově domě objeví jeho mrtvé tělo. Muž má na sobě tetování separatistické skupiny. Tu vede Boudreau, který měl už kdysi opletačky s úřady. Agenti prohledávají jeho nemovitosti. V jedné z nich najdou jeho bývalou ženu. Od ní se dozví, že jejímu bývalému muži pomáhá jakýsi Hastings. Pride dochází k závěru, že se musí infiltrovat do Hastingsovy separatistické skupiny, aby zabránil další násilné akci.

Místní nezávislý novinář Jonah Penn je zastřelen ve svém hotelovém apartmá. Vrah mu posmrtně vyřízl jazyk z úst. Vyšetřovatelé zjistí, že Penn byl zastřelen zvláštní armádní municí, kterou nedávno použila speciální jednotka Navy SEALs na své operaci v Bolívii proti členům místní teroristické skupiny. Od restauratéra, u kterého Penn naposled večeřel, se dozvědí agenti jméno aktivisty, který pomáhá uprchlíkům z Bolívie. Pride od něj získá fotky mrtvol, které měli mít údajně na svědomí právě příslušníci SEALs.

Na akci námořnictva pro veřejnost pilotka Garrettová představí nejmodernější stíhačku, se kterou za několik okamžiků havaruje. Agenti začínají rozplétat její osobní život a hledají příčiny neštěstí. Na internetu se najdou různé animované výhrůžky, které jí kdosi adresoval. Agenti brzy zjistí, že Garrettová natočila o svém životě krátký dokument s místním režisérem. Vyjde najevo, že byla některým ze svých kolegů napadena. Patoložka najde v jejím těle stopy rtuti. Tu vyšetřovatelé objeví i v těle pilota, kterého podezřívají z napadení Garrettové.

Tým je přivolán vyšetřit vraždu námořního specialisty, poručíka Griggse, který řídil bezpilotní drony. Motivem vraždy mohla být pomsta teroristů, nebo jeho vrahem mohl být někdo z aktivistů, kteří nesouhlasí s nasazováním bezpilotních strojů do válečných operací. Právě stopa, která vede k jednomu z aktivistů, se zdá slibná. Informace, které díky němu získají, naznačují, že Griggs pomocí dronů mapoval blízké vojenské základny a jejich okolí. Vyšetřovatelé se domnívají, že mrtvý mohl být špiónem.

Prideův tým musí spolupracovat na vyšetřování vraždy s vyšetřovatelkou australského námořnictva, Naomi Parsonsovou. Předmětem vyšetřování je smrt australského námořníka Colstona, který byl v USA na výměnném pracovním pobytu za poručíka Rydera. Pride ze spolupráce není příliš nadšen. Parsonsová se hned na začátku uvede tím, že zpacká lest, která by mohla vést k odhalení nájemného vraha. Nicméně agenti najdou jeho skrýš a domnívají se, že Colston byl zabit omylem, cílem zřejmě měl být Ryder.

V těle mrtvé námořnice, která skočila z věže, je nalezena syntetická droga. Tým se od její kamarádky dozví jméno dealera. Ten je vzápětí nalezen mrtev. Vyšetřování odhalí, že muž byl zabit tajemným zabijákem s přezdívkou Duch, který má už ve městě na svědomí několik obětí a který zřejmě pracuje pro čínskou mafii. Nicméně agenti zjistí, že za distribucí je místní gang. Hned poté dojde k zatčení Kendricka Lewise, vůdce gangu.

Tým je přivolán k vraždě dvou zdravotníků. Vzápětí vrazi přepadnou sanitku, která převážela srdce určené k transplantaci. Posádku zavraždí a převážené srdce zničí. Tým začne vyšetřovat, proč se někdo snaží zabránit tomu, aby příjemce své srdce dostal. Příjemcem je počítačový specialista Pinzon, který pracuje pro vládu a trpí velmi vzácnou nemocí, proto možných dárců není mnoho. Brzy se ukáže, že zničené srdce z přepadené sanitky nebylo určeno pro Pinzona.

Pride má těžký úkol. Probíhá soud proti obchodníkovi se zbraněmi, Garzovi. Bohužel klíčový svědek byl právě zavražděn, a tak nezbývá nic jiného než z druhé strany Spojených států dovézt dalšího svědka, který může Garzu dostat do vězení. Jedná se o dalšího zločince, který si odpykává trest za jiné zločiny. Pride s Percyovou se pro něj vypraví. Poté, co ho převezmou, dojde k útoku na jejich auto.

Na Pridea se obrátí s prosbou o pomoc kamarádka jeho dcery. Uslyšela v mobilu napadení svého snoubence. Pride jí slíbí, že ho najde. Je to těžké, protože město právě postihl výpadek proudu. Nicméně agenti snoubence skutečně najdou, bohužel mladík je už mrtev. Byl zabit jakýmsi kovovým předmětem. Stopa je zavede do blízkého baru k místnímu vyhazovači. V jeho bytě najdou policisté mapy rozvodné sítě města. Zdá se, že obě události spolu souvisejí.

Masakr v místním baru, při kterém je zabit jeden námořník, připomene LaSalleovi jeho začátky u policie. Tehdy, v době záplav v New Orleans, vyšetřoval vraždu, kdy muž s modrým tetováním zabil jakéhosi Harta a on slíbil jeho manželce, že vraha najde. Dodnes se tak nestalo. Teď ale k odhalení vraha pomůže stará fotografie z místa loupeže vojenských peněz. Právě vyčištění rozmazaných obličejů ze staré fotografie ukáže, že barman z dnes vystříleného baru je jedním z trojice tehdejších lupičů. Pátrání po dalším zloději detektivy zavede ke vdově Hartové.

Vánoční čas se stane noční můrou pro patoložku Lorettu Wadeovou. Právě totiž probíhá vyšetřování vraždy manželky námořního důstojníka. Žena byla zavražděna při vloupání do jejího domu. Díky Pattonovým schopnostem jsou agenti schopni vypátrat polohu ukradeného počítače z bytu mrtvé. Najdou ho v autě Lorettina chráněnce, Dannyho Malloye. Pro toho situace nevypadá vůbec dobře, důkazy mluví proti němu a on odmítá spolupracovat.

Agentka Bishopová se objeví v New Orleans a přiveze s sebou mrtvé tělo Rusa Pavlenka. Muž byl ruským vojenským atašé a byl zavražděn v souvislosti s aférou kolem projektu Manta Ray. Firma miliardáře Jennera Blye totiž začala vyrábět neviditelnou loď pro americké námořnictvo. Projekt byl však předčasně ukončen. V tu chvíli se Rusové rozhodli projekt získat, v cestě jim ale nakonec stály aktivity Pavlenka. Pitva ukáže, že byl otrávený jakýmsi neurotoxinem. Štípance na těle mrtvého dovedou vyšetřovatele do bažiny, kde se skrývá Blye.

(Předchozí díl - Sesterské město 1. část, je součástí Námořní vyšetřovací služby, 13. řada, 12. epizoda)

Vyšetřování smrti námořníka Matea Ortegy přivede tým ke zjištění, že se zapletl s pašeráky lidí. Ty vede nechvalně známý pašerák Barrios, po kterém jde i imigrační policie. Když ho agenti najdou uškrceného, pochopí, že případ je mnohem komplikovanější. Díky datům, která najdou v počítači mrtvého Matea, se dozví, že pašeráci očekávají další dodávku lidí. Při zátahu vyšetřovatelé chytí Mateova bratra, Victora. Pride se postupně od něj dozvídá neuvěřitelný příběh.

Pride právě otevřel svůj zrekonstruovaný bar. Oslava pro něj neskončí tak, jak by si představoval. Neznámý útočník ho omámí a unese. Pride se probere v jakési sklepní místnosti a zjišťuje, že vedle něj je starosta města, Hamilton. Únosce se brzy oběma mužům představí jako Mike Spar, který před několika lety přišel o ženu. Ta měla na slavnosti, které se účastnil i Hamilton, spáchat sebevraždu. Spar je přesvědčen, že to byla Hamiltonova vina. Pridea zase obviňuje, že jako tehdejší zástupce šerifa smrt jeho ženy pořádně nevyšetřil. Pride brzy pochopí, že se jednalo o vraždu.

V příměstském vlaku dojde ke střelbě. Pomatený útočník zabije jednu z cestujících a v dalším vraždění mu zabrání námořník, kterému pomůže neznámý muž. Ten se pak z místa činu rychle vytratí. Vyšetřovatelé zjistí, že se jednalo o léta pohřešovaného vojáka, Nolana Griffitha, který se ztratil při vojenské operaci v Afghánistánu. Ukáže se, že Griffith se vrátil do USA na cizí pas. V jeho blízkosti se ale pohybuje známý pákistánský terorista Bashir. Agentům se po dlouhém hledání podaří Griffitha zadržet. Muž tvrdí, že spolupracuje se CIA. Nelze to ale potvrdit, protože Griffithův řídící důstojník je nalezen mrtev...

Při potyčce na vojenské stavbě je zabit Jim Tobin, který tam byl vojenským správcem. Vyrušil zloděje, následně mezi nimi došlo ke rvačce a zloděj ho srazil do stavební jámy, kde zemřel. Agenti u něj najdou malou videokameru, kterou používal, když jezdil na kole. Právě z jejího záznamu bylo možné zjistit totožnost zloděje. Jedná se o stavbaře Kaufmana, který z vojenské stavby ukradl velké množství výbušnin. Když ho chtějí zatknout, Kaufman se snaží ujet a po havárii auta umírá. Z pitvy vyjde najevo, co Kaufman jedl naposled. LaSalle se vypraví do malého bistra a v nedalekých bažinách najde na nákladovém molu stopy ukradených výbušnin. Majitelka bistra přizná, že odsud Kaufman neustále něco odvážel na lodi .

Přímo na námořní základně je zastřelen tiskový mluvčí základny, kapitán Grant. Stalo se tak ve chvíli, kdy telefonoval s moderátorkou rozhlasové stanice a oznamoval jí, že jí právě na její dobročinnou organizaci poslal peníze. V té době do rádia zavolá člověk, který oznamuje moderátorce, že ona bude další obětí. Vyjde najevo, že Grant a moderátorka byli v minulosti spolu na misi v Iráku. Zdá se tedy, že se může jednat o pomstu islamistů. Vyšetřovatelé ale zjistí, že před několika dny byl v rádiu člověk, který se snažil moderátorku varovat.

Brodyová zažívá nepříjemné chvíle, když jí případ sraženého námořního důstojníka Babiche připomene smrt její sestry Ellie. Oba pracovali ve stejných novinách a zemřeli stejným způsobem. Babich pracoval na případu jednoho místního právníka, který se měl dopouštět velkých podvodů. Ukáže se, že mu před svou smrtí ukradl z bytu laptop. Agenti díky Pattonovi dokážou laptop najít a zjistí, že obsahuje odposlouchávací zařízení. Také právník je nalezen mrtev, i on byl přejet stejným způsobem. Ve chvíli, kdy agenti získávají z laptopu informace, nějaký hacker se pokouší do něj dostat zvenčí.

Ve chvíli, kdy se koná pohřeb námořníka Jamese Boyda, kterého přejelo auto, je ve vedlejší uličce uškrcen námořní psycholog, poručík Murray. V bytě mrtvého je LaSalle napaden neznámým útočníkem, kterému se podaří uniknout. Poté tam LaSalle s Percyovou objeví lidské kosti, které jsou více než tři sta let staré. Při prohledávání hrobky zakladatele New Orleans Baptisty, odkud byly kosti společně s dalšími vzácnými předměty ukradeny, chytnou Hansona. Ten se přizná, že s Boydem hrobku vykradli. Dále vyšetřovatelé zjistí, že si Murray vyžádal z okresní márnice kopii úmrtního listu Boyda. NCIS otevře Boydův hrob a zjistí, že je prázdný. Další stopy přinesou nový zvrat v případu.

Uprostřed noci zavolá Prideovi jeho známý, pobočník generála Matthewse, plukovník Nilsen. Žádá ho o pomoc. V hotelovém pokoji jeho šéfa právě zemřela mladá poručice Rebecca Petersonová. Nilsen žádá Pridea o absolutní diskrétnost. To se Prideovi příliš nelíbí, ale na podmínky vyšetřování nakonec přistoupí. Brzy se ukáže, že Petersonová byla otrávena arsenikem. Stejné příznaky otravy se objeví i u generála, díky patoložce Lorettě je generál včas v nemocnici ošetřen. Vyšetřování ukazuje, že Rebecca byla zřejmě blízkou známou generála. S tím však Nilsen a ani generál nesouhlasí. Oba tvrdí, že generál pomáhal Petersonové jen vyšetřit jakési podvody s dodávkami od dodavatelů na námořní základně. Zjištění, že Petersonová i generál byli otráveni patnáct hodin před jejím úmrtím, navede vyšetřovatele správným směrem.

Agentka Brodyová vyšetřuje ve Washingtonu únik informací do tisku ohledně generála Matthewse. Slibná stopa, kterou Brodyová sleduje, je přerušena, když je zatčena dvěma agenty FBI. Nepříjemnosti, které Brodyová musí ze strany FBI snášet, však ukončí agent Russo, který se dostaví do centrály FBI a Brodyovou odsud odvede. Následně se s ní dohodne na další spolupráci. Ostatní z týmu zatím vyšetřují výbuch v restauraci, ve které majitelce podniku pomáhala její dcera, námořní kuchařka Jarrettová. Vyšetřovatelé na útočníka nastraží past.

Pride zjišťuje, že není schopen velet NCIS, starat se o svou dceru a zároveň vést svůj nový bar. Proto začne hledat člověka, který by mu v baru pomohl. V té době dojde k vraždě armádního potápěče, Greena. Ten byl v době svého osobního volna na moři s válečným veteránem Buckleym a učil ho tam potápět se. Ve chvíli, kdy je nalezeno Greenovo mrtvé tělo, je jasné, že někde musí být i jeho loď. Ta se podaří díky Sebastianovi a jeho počítačovému programu brzy najít. Agenti najdou na lodi těžce zraněného Buckleye. Ten tvrdí, že Green a on byli na moři napadeni neznámými potápěči.

Agent vnitřního oddělení Russo dál uskutečňuje svůj zrádný plán. Brodyová začne mít tušení, že Russo je zrádce, a se vším se svěří týmu. Pride jí dá za pravdu a rychle začne uskutečňovat záchranný plán. Mezitím se podaří Russoovi získat pověření velet celé operaci proti údajným teroristům v New Orleans. Pride je tak oficiálně podřízen Russoovi. Agentům se podaří zjistit, že teroristé umístili velkou bombu na jednu z lodí na řece a plánují ji vyhodit v blízkosti mostu do vzduchu. Brodyová za pomoci Pattona a Sebastiana napíchne Russoovi mobilní telefon...