La jambe d'un afro-américain est retrouvée dans une cargaison de crevettes qui vient d'être pêchée. Pride est informé peut après que l'un de ses protégés dans la marine ne s'est pas présenté à son poste. Pride, pris d'un doute, demande à Loretta de comparer l'ADN de ce dernier, afro-américain, avec celui la victime.

Un Lieutenant en permission se fait renverser par un taxi. Son comportement avant l'accident laisse penser qu'il était drogué. Mais l'autopsie révèle qu'il est mort de la peste bubonique. S'engage une course contre la montre pour retrouver tous les marins et empêcher qu'une épidémie se répande tout en cherchant le patient zéro.

Un bus transportant des prisonniers de la marine vers Charlotte a un accident ; trois prisonniers s'échappent. L'agent Pride découvre que l'un d'eux n'est pas vraiment ce que son dossier prétend. Il se tourne alors vers le Directeur Vance et l'agent Gibbs pour l'aider à faire de la lumière sur cette affaire pleine de zones d'ombre.

Un membre des Navy Seal est tué dans la maison d'une confrérie universitaire. L'équipe cherche le responsable et le motif et découvre que la jeune femme qui se trouvait dans la chambre avec la victime et qui l'a donc trouvé n'est pas ce qu'elle prétend être.

L'équipe du NCIS a 22 heures pour trouver l'assassin d'un adjudant-chef spécialisé dans le contre-espionnage dont la femme a été enlevée. L'agent Fornell du FBI se déplace à la Nouvelle Orléans pour les aider.

C'est Halloween. Le corps d'une femme juge de la Navy est découvert affublé d'un costume victorien, tel que sur un tableau représentant Dracula. Un officier est également retrouvé déguisé en Frankenstein. L'agent Pride doit trouver le lien entre ces deux affaires.

L'équipe du NCIS tente de faire la lumière sur la mort d'un officier de la marine survenu au cours d'un accident de voiture. Les premiers indices indiquent qu'il s'agirait d'un meurtre. Loreta remarque que le défunt conduisait pieds nus. L'enquête se complique lorsque Pride et Lasalle découvrent que l'assistante de l'officier a elle aussi été tuée au domicile de celui-ci. Tout porte à croire qu'ils avaient une liaison.

Un quartier-maître est tué alors qu'il allait faire sa demande en mariage à sa petite amie. Mais l'équipe est pour le moins surprise lorsqu'elle découvre que cette dernière n'existe pas.

Le pistolet d'un sous-officier de la Navy, assassiné il y a 40 ans, refait surface. Retrouvé pendu à un arbre, l'officier juif aurait été lynché par une section locale du Ku Klux Klan pour avoir recruté des Noirs dans l'armée ; une affaire non classée qui hante Loretta depuis son internat en médecine légale. Après avoir demandé l'autorisation à la veuve d'exhumer le corps, le NCIS détermine un suspect : Tom Hamilton, père du conseiller municipal Douglas Hamilton.

Un retraité des Navy Seal est retrouvé mort lors du cocktail de fin d'année du personnel militaire. L'homme était un chasseur d'imposteurs : il traquait les usurpations d'honneur et d'invalidité au sein de l'armée. Au domicile du principal suspect, le NCIS découvre la veste militaire d'un soldat tué dans une explosion en Afghanistan il y a un an mais dont le corps n'avait pas été rapatrié.

Pride et son équipe assistent à une soirée organisée par la Marine. Ils sont accompagnés de la fille de Dwayne et son petit ami. Alors que ce dernier se dirige vers leur table, une explosion retentit. Les enquêteurs examinent d'emblée les lieux et réussissent rapidement à établir que la bombe se trouvait sous leur table. Ce sont donc eux qui constituaient la cible ! Lorsque Sebastian découvre les composants de l'engin explosif, les soupçons de Pride se dirigent vers une famille de mafieux, dont il a mis la tête pensante en prison.

Le NCIS est contacté par Abigail Borin, des garde-côtes, après la découverte de deux personnes abattues par balles sur un petit bateau de recherche et la disparition du suspect principal : la fille d'un amiral. Ces trois personnes étudiaient les effets du changement climatique en mer et seraient tombées sur un trésor englouti.

Gabriel Lin, médecin chef de la Navy et ami de Pride, souffre d'un taux de radiation supérieur à la norme. Empoisonné au polonium, l'homme n'a plus que quelques semaines à vivre, entraînant le NCIS dans une course contre la montre pour identifier le meurtrier.

Brody fait équipe avec Austin Hackett, un agent du NCIS, pour convoyer un amiral au tribunal alors que des dizaines de personnes manifestent contre le retrait d'un projet de construction navale. Brody ne peut empêcher un tir d'atteindre Hackett, et elle est alors mise en cause par le chef de la sécurité... Pride et son équipe tentent de déterminer qui était la véritable cible de cette attaque.

Alors que La Nouvelle-Orléans célèbre mardi gras, un quartier-maître est retrouvé poignardé en marge d'un carnaval. La découverte d'une grande quantité de gaz anesthésiant dans son véhicule fait craindre aux agents du NCIS une attaque à venir. Comme chaque année à cette période, Pride rend visite à son père en prison.

Une jeune femme, qui exerçait la profession de recruteuse dans la marine, est renversée par une voiture. Tandis que le chauffard prend la fuite, la malheureuse succombe à ses blessures. Dwayne et ses hommes vont devoir déterminer si ce qui s'avère être un assassinat est en lien avec la vie professionnelle de la jeune femme, ou s'il a plutôt rapport à sa vie privée. La victime était en effet la mère adoptive de deux frères... Parallèlement, Christopher LaSalle, qui héberge son frangin depuis peu, se fait du souci pour lui.

Après qu'un Marine a été retrouvé assassiné dans le salon «champagne» d'un club de strip-tease, l'équipe de Pride relie l'arme du crime à deux autres affaires non-résolues. Dwayne et ses hommes découvrent bientôt que le nom des trois victimes apparaît sur un mur d'un quartier délabré de la ville. Par ailleurs, l'ex-fiancé de Meredith lui rend une petite visite surprise.

Un marine décède de ce qui semble être une crise cardiaque au contrôle de sécurité à l'aéroport de La Nouvelle-Orléans. Alors que Loretta s'apprête à faire l'autopsie avec Sebastian et son protégé Danny Mallow, un homme prétendant être un ami du marine vient réclamer le corps et les prend tous trois en otages.

La voiture d'un commandant de la Navy est volée devant chez lui avec son bébé à l'intérieur. S'agit-il d'un simple vol ? Lorsque le véhicule est retrouvé vide, le NCIS comprend qu'il s'agit bien d'un kidnapping. En couple avec un homme, le marine était l'objet d'un chantage et se voyait réclamer toujours plus d'argent par la mère porteuse qui leur avait permis d'avoir l'enfant.

LaSalle est appelé à l'aide par son frère lorsque ce dernier découvre le corps sans vie de sa compagne dans le coffre de sa voiture. Malgré les preuves à charge contre Cabe, Christopher est déterminé à prouver son innocence bien qu'il soit officiellement écarté de l'enquête. Il est en parallèle chargé par King d'aider l'agent infiltré Sonja Percy à faire tomber un trafiquant d'armes.

"L'appât" est de retour et le fait savoir en envoyant un message à Pride. La chasse à l'homme dans la ville est organisée et l'équipe découvre que le criminel est très bien renseigné sur l'entourage de nos héros. Une affaire qui prendra une tournure dramatique en causant la mort d'une personne proche de l'équipe...

Pride suspecte une taupe de renseigner "L'appât" au sein des forces de l'ordre. Cette même personne veut redonner vie au Syndicat Broussard en prenant de l'ampleur sur les quais de la ville. Une nouvelle force criminelle est à l'affût au coeur de la Nouvelle-Orléans...