Jin Kanzaki es pobre, pero vive una vida feliz con su abuelo. Junto con sus amigos Kouga y Konoha, ayuda a la gente por una tarifa. Mientras tanto, la policía está buscando a un vicioso asesino en serie.

Han pasado algunos años desde que Jin desapareció. Kouga, que aún sueña con convertirse en un verdadero héroe, tiene la intención de atrapar a un pirómano en serie que merodea por las calles.

Cuando Jin se despierta, ve un monstruo que sostiene el cuerpo sin vida de su madre adoptiva, Akemi. Un anciano llamado Mitsugai está intentando despertar a ZET dentro de Jin usándola. Mitsugai tiene éxito y ZET despierta... pero aún está incompleto.

Han pasado dos años. Los jugadores están causando estragos en la sociedad, pero los humanos aún desconocen su existencia. La gente vive con miedo y Mitsugai no puede producir otro ZET.

Kouga intenta convertirse en un superhéroe creando Alphas de la vida real. Un hombre misterioso se le acerca con una prueba para ver si está calificado para convertirse en uno.

Konoha es tomada como rehén y Jin no puede hacer nada. A diferencia de antes, no puede convertirse en ZET lastimándose a sí mismo y no tiene su chicle de activación.

Kouga se entera de que Jin ha estado luchando solo como ZET. Emocionado por conocer a un verdadero héroe, Kouga lo llama "ZETMAN" y declara que luchará junto a él. Jin y Kouga se dirigen al laboratorio para averiguar por qué Red ZET se volvió blanco.

La clave para completar ZET es el colgante que Konoha tiene en su poder. Haitani y sus hombres se infiltran fácilmente en la residencia Amagi. Konoha se despierta y encuentra a Jin parado frente a ella. Ella le entrega el colgante, sin saber que en realidad es un clon.

Konoha desaparece. Kouga recibe una llamada telefónica del hombre que le dio la primera prueba en la que tuvo que elegir entre la vida de su hermana o tres chicas de secundaria que no conocía. Kouga eligió a Konoha y las chicas fueron asesinadas.

Haitani secuestra una señal de transmisión en Middletown para declarar la guerra contra la humanidad. Bajo su liderazgo, los jugadores retrocedidos comienzan a causar estragos, pero Jin aparece como ZET para proteger a las personas y lucha como un ejército de un solo hombre.

Dentro de la Torre Amagi, ZET es gravemente herido por Haitani y ya no puede conservar su forma. ¿Tiene que volverse completo para derrotar a Haitani? ¿Por qué Haitani quiere que ZET esté completo tan desesperadamente?

Jin recorre un camino sangriento en soledad como ZET - Alphas ha cumplido su sueño de convertirse en héroe y lucha de acuerdo a su idea de justicia - Después de tanta sangre y lágrimas, ¿qué es lo que querían lograr al final?