Les États-Unis reçoivent leurs interlocuteurs asiatiques afin de signer l'accord de partenariat transpacifique. Alors que le vice-président américain est pris d'un malaise, Russel informe Elizabeth qu'Air Force One a disparu. Une « décapitation au sommet » est crainte et un président par intérim est alors nommé. Madame la secrétaire d'État devient Madame la présidente. Henry, désormais professeur d'éthique à l'École de Guerre, est approché par la DIA, qui s'intéresse à l'un de ses élèves...

Le président russe a disparu depuis plusieurs jours. Très soucieuse de ce qui pourrait arriver s'il venait à décéder, la Maison-Blanche s'y prépare. Au même moment, à Kaboul, un fonctionnaire américain est enlevé. La secrétaire d'État reçoit une vidéo des ravisseurs. Alors qu'elle connaît quelques désaccords avec le président Dalton, Elizabeth demande conseil à Madeleine Albright, croisée lors d'une cérémonie. De son côté, Henry tente de mener à bien la mission qui lui a été confiée par la DIA...

Suite à l'annonce du décès du président russe, le gouvernement américain s'inquiète de ce qui pourrait advenir. Alors que Sterling propose d'apporter une aide militaire à l'Ukraine, en guerre contre la Russie, Elizabeth souhaite éviter le conflit et suggère d'utiliser Gorev afin d'atteindre les généraux russes qui détiennent le vrai pouvoir. La secrétaire d'État se rend sur place pour assister aux funérailles. Les premiers résultats de l'enquête concernant Air Force One sont plus qu'inquiétants...

Lors d'une réunion du Conseil de sécurité, Elizabeth apprend que Sterling a mis en place un nouveau projet de défense et que leur politique étrangère s'appuie désormais sur une réorganisation militaire basée sur les armes numériques. Cette réforme impacte directement le budget et le fonctionnement actuel du département d'État. Au même moment, une photo de Stevie et Harrison nus dans un lit fait son apparition sur le net. La tension monte entre le président et la secrétaire d'État...

Depuis l'accusation de trahison de Maria Ostrov, Anton Gorev est en exil à Londres. Il prend contact avec Elizabeth car la veuve de l'ancien président russe veut anticiper les prochaines élections. Gorev compte bien se présenter contre elle et remporter la victoire. Mais pour mener campagne, il a besoin d'argent et ses comptes sont bloqués. Au même moment, l'Ukraine demande à devenir membre de l'OTAN. L'identité du cyber-terroriste d'Air Force One est découverte...

Sur Internet, la vidéo d'un dirigeant d'ISIS est publiée. Ce dernier exécute un Américain et menace ses compatriotes. Rapidement, le président Dalton et son équipe se rendent compte que le bourreau est lui-même un Américain. Ils mettent alors tout en oeuvre pour le retrouver et étouffer l'affaire. Au même moment, Elizabeth reçoit la visite de son frère, qui n'est pas là par hasard. Afin de sauver un ami, Dimitri requiert l'aide d'Henry...

Dash, le cyber-terroriste responsable de l'attaque d'Air Force One, est repéré au Cambodge. S'ils veulent l'attraper, les États-Unis doivent agir rapidement. Les forces spéciales sont envoyées sur place. Au même moment, Elizabeth et Russell tentent de piéger Sterling pour l'évincer et éviter une guerre contre la Russie. Rappelé à Moscou par son État-Major, Ditrimi disparaît à nouveau...

Les États-Unis ayant la preuve de la culpabilité de la Russie concernant la cyber-attaque d'Air Force One, le président Dalton décide de répliquer de façon pacifique en lui donnant un avertissement. La présidente russe, Maria Ostrov, reçoit bien le message et annonce des représailles imminentes. La secrétaire d'État propose alors de s'adresser aux Nations unies afin d'exposer la situation si une Troisième Guerre mondiale venait à éclater...

Les Russes enfreignent l'espace aérien ukrainien alors que ce dernier est une zone d'exclusion. La réaction des Américains ne se fait pas attendre. Le président Dalton donne l'ordre de les abattre. Les États-Unis viennent officiellement d'entrer en guerre. Maria Ostrov est bien décidée à poursuivre le combat et le fait savoir. Sous la pression, notamment de l'OTAN, l'Amérique et la Russie acceptent d'organiser un sommet pour la paix à Genève...

À Genève, alors que le sommet pour la paix a pris fin, une explosion retentit. La voiture de Maria Ostrov a été prise pour cible. Un groupe ukrainien nationaliste revendique l'attentat. Malgré les consignes de sécurité, la secrétaire d'État décide de rester sur place afin de s'assurer que l'accord signé sera maintenu. Au même moment, la NASA requiert l'aide d'Elizabeth. Afin de sauver la vie des 6 astronautes à bord de la Station spatiale internationale, elle va devoir négocier avec la Chine et la Russie...

La secrétaire d'État se rend en Birmanie afin d'y signer l'accord de libre échange transpacifique. Lorsqu'elle arrive sur place pour rencontrer le président, elle se retrouve face à l'ambassadeur américain manifestant contre cette signature. Elizabeth est accompagnée de Nadine qui espère revoir son fils, qu'elle n'a pas vu depuis longtemps. Au même moment, à Washington, Henry tente de faire face à un problème de voisinage...

Le père de Henry est décédé. Toute la famille McCord se rend à Pittsburgh afin de préparer et d'assister à ses funérailles. Henry retrouve sur place ses frères et soeurs et ils vont découvrir que leur père avait bien des secrets. Au même moment, à Washington, Russell réquisitionne l'équipe d'Elizabeth et lui demande d'établir un rapport. Nadine comprend rapidement qu'il a tenté de détourner leur attention...

La secrétaire d'État organise une conférence dans le cadre du partenariat international pour l'éducation des filles et y convie une personnalité controversée. Au cours d'une réunion avec le président, Elizabeth mentionne le vol d'un chargement d'uranium en Molvanie et requiert la possibilité d'enquêter. Au même moment, elle apprend que deux jeunes Américaines, recrutées par des terroristes libyens, ont été enlevées et sont retenues prisonnières en Arabie saoudite...

Après l'explosion d'une bombe radioactive, l'état d'alerte est déclenché et la secrétaire d'État conduite en lieu sûr. Ses enfants vont bien mais Henry est dans un état critique. Malgré son inquiétude, Elizabeth fait face à ses responsabilités. Le chef de l'organisation terroriste, une fois identifié, est activement recherché...

Un bateau de la marine italienne porte secours à une embarcation transportant des réfugiés libyens après avoir intercepté un signal de détresse, sauvant ainsi 243 personnes. Parmi eux, un homme affirme avoir vu en Lybie Jibral Disah, le terroriste le plus recherché au monde. Elizabeth ne dispose que de 20 minutes pour décider d'interroger l'homme avant que les Italiens ne renvoient les réfugiés dans leur pays...

Au Chili, des manifestations s'intensifient autour de l'exploitation d'une mine d'or. Un employé américain est blessé et la Maison-Blanche demande à la secrétaire d'État de résoudre cette situation de façon prioritaire. Alors qu'Elizabeth accompagne sa fille visiter sa future université, des manifestants la prennent à partie. De son côté, Henry est toujours à la recherche de Jibral Disah...

Lors d'une interview télévisée, la secrétaire d'État est interrogée sur le sommet de la paix organisé pour deux pays ennemis historiques : le Pakistan et l'Inde, et sur l'horloge de l'Apocalypse. À la demande du président, Elizabeth doit faire en sorte que l'horloge ne soit pas avancée et éviter une guerre en gérant le crash d'un avion pakistanais en Inde, ayant à son bord une ogive nucléaire. De son côté, Henry continue de poursuivre Jibral Disah...

Après une mission de négociation au Cameroun avec un terroriste afin d'obtenir la libération d'écolières nigérianes, un agent américain rentre au pays porteur du virus Marburg. Une aide sanitaire est alors déployée pour enrayer l'épidémie qui pourrait être dévastatrice. Mais celle-ci est rapidement stoppée par le terroriste qui contrôle la région infestée. Elizabeth doit alors trouver une solution afin d'éviter le pire ! De son côté, Henry retrouve Jibral Disah...

La secrétaire d'État se rend à New York car elle doit faire un discours devant l'assemblée générale de l'ONU afin de demander la condamnation du groupe terroriste Hizb-al Shahid. Elle souhaite même former une coalition avec les puissances mondiales, à commencer par la Russie, afin d'y mettre fin une fois pour toute. De son côté, Henry tente de faire parler la femme de Jibral Disah et d'aider la soeur de Dimitri, emprisonnée en Russie et malade...

À la suite des révélations d'Henry face aux récents événements, Elizabeth et son mari entament une thérapie de couple. Jibral Disah est localisé à Islamabad. Les Américains aimeraient l'aide du Premier ministre pakistanais afin de le neutraliser mais l'accord passé concernant leur arsenal nucléaire prévaut ; il en va de la sécurité mondiale. La cellule Murphy est alors envoyée sur place...

Au Pakistan, suite aux révélations du ministre des Affaires étrangères, le régime en placetombe, la population se soulève et Abedi en profite pour prendre le pouvoir. Les États-Unis sont alors en état d'alerte avec pour priorité de mettre en sécurité toutes les ogives nucléaires pakistanaises. Au même moment, la Russie renonce à la coalition internationale contre le terrorisme. La cellule Murphy poursuit sa mission...

À la suite de sa dernière discussion avec le ministre des Affaires étrangère russe, Elizabeth décide de se renseigner sur le possible échange d'espions proposé. Elle doit avoir une preuve irréfutable avant d'en référer au président. Alors que Jareth demande à Henry la main de Stevie, la secrétaire d'État apprend que la Maison-Blanche est sur le point de recruter son successeur...