CCG为了要调查飧种的组织“青桐树”的根据地“流岛”，派出人手去执行歼灭作战。就在他们展开激战之时，作家高槻泉（即芳村干支），召开了记者会，主动公开自己是一名飧种。从以前开始就一直追捕干支的金木，以搜查官的身份将她带去了飧种收容设施“COCHLEA”，干支在那里托付他一件事。

被囚禁在COCHLEA中的飧种少女笛口雏实，对她的“处分”已经决定下来了。自幼便认识雏实的金木，抱着失去一切的觉悟，前去营救她。与此同时，由青桐树的成员雾岛绚都和万丈数一所统领的团伙，也同样为了营救雏实而对COCHLEA发动突袭。但是人称“死神”的CCG最强的搜查官有马贵将却挡在了绚都等人的面前。绚都的姐姐雾岛董香及叔叔四方莲示现身援护，但就连他们也无法与之匹敌，一群人被逐渐逼入绝境。就在此时，出现了一个人与有马对峙，他就是曾经在搜查官时代尊有马为师的金木——

CCG与飧种在流岛各地持续进行着激战，就在此时，飧种搜查官阿原半兵卫遇见了对他敬爱的班长“铃屋什造”怀有仇恨的半飧种安久黑奈。他彻底被拥有高战力和强韧肉体的黑奈逼入了绝境。而恰巧赶在此时出现了救兵。另一边，青桐树的干部多田良拦住了法寺项介和真户晓所率领的部队的去路。为了扫除与法寺之间的旧怨，多田良毫不留情地发动了攻击。而就在此时，被称为“猫头鹰”的原飧种搜查官，半飧种・泷泽政道突然介入了进来……！？

晓意想不到地遇见了原本应该已经殉职的同僚“泷泽”和过去的上司“亚门钢太朗”。但是他们俩如今已经成了作为“实验体”而被植入了赫包的半飧种。晓惊愕又混乱。此时，瓜江久生所率领的库因克斯班赶到了。所谓的库因克斯班，是一队由CCG人工制造出的半飧种所组成的队伍，在法寺・真户班的援护之下，众人一起联手将泷泽等飧种逐渐逼入了绝境。另一边，金木和有马在一番激战之后，有马尝到了搜查官人生中的第一场败北。有马托付了金木一件事，而它跟干支之前托付给金木的事完全一致——

接受有马的命令、帮助金木等人逃亡的原CCG“0番队”平子丈等人，和逃离流岛的飧种一起聚集在了隐匿处。原本互相敌对、水火不容的飧种和0番队，为了各自坚信的事物而决定联手，组成了“黑山羊”。而金木成为了统领他们的首领“独眼之王”。然后，成功逃离流岛，寄居在金木等人处的晓和亚门，在经历了一番迷茫和烦恼之后，最终决定顺从自己内心的想法……

才刚刚失去最强搜查官“有马”的CCG，高层和修一族又遭遇暗杀，因而陷入了一片混乱。就在此时，一个名为“小丑”飧种集团，向各区的CCG分局同时发动了袭击。针对这一事件，新局长旧多二福推测“那些飧种的下一个目标是总局”。他制定的作战计划是各区的防卫维持原样，总局的防卫由顶替有马成为最强搜查官的铃屋什造来负责。就在各区激战正酣的时候，统领库因克斯班的瓜江，见到了与他们纠葛颇深的飧种多纳特・波尔波拉……！？

〔CCG〕が新造のクインクス部队“オッガイ”を新たな戦力として投入。在他们的活跃和新局长、旧多的手腕上，被困在绝境的食种们。为了拯救更多的食种，与黑山羊（哥特）的成员一起战斗的金木，无法拯救一切。其中，以咖啡“re”为中心休息的金木，突然被托卡告白而动摇。那里出现了金木（中央G）时代的部下六月透。对金木抱有恋慕之心的六月，无论使用什么样的手都要把金木带回来，进行激烈的攻击……！？

在局长旧多的管理之下，CCG施行了强硬手段，不单单是喰种，就连与他们有所接触的民间人士都将遭到严格的处罚。尽管CCG内部也出现了像库因克斯班的米林才子等反对这一方针的人，但旧多坚决不放宽排除喰种的手段。瓜江和搜查官老手黑磐巌，为了阻止旧多的失控，决定对其加以调查，然而出现在他们面前的却是！？随后，CCG终于发现了许多喰种藏身的黑山羊的基地，于是CCG开始了大规模的剿灭作战――！！

为了保护珍视之物，金木和阻挡在其面前的什造以及OGGAI交手了，然而他却受了比预想中更为严重的伤。无法动弹，被逼入绝境的金木，准备采取某种行动，但是……！？然后――巨大魔兽“龙”在“东京”诞生了！随着龙的诞生，城市遭到破坏，出现了众多伤亡。而就在此时，一直以来以谜之人物“稻草人”的身份旁观的金木的挚友永近英良，为了保护金木和金木珍视的东西而行动了起来！

在与什造等人鏖战的过程中，丧失记忆的金木突然觉醒，出现在了一片不可思议的空间―金木在那里再次遇见了给自己带来坎坷命运的始作俑者，喰种神代利世。尽管利世嘲讽金木是一个“杀人犯”，但金木却向她道出了自己的决心。另一边，由于“核”金木被救出，龙维持不了原形，逐渐崩溃。然而，龙孕育出的可怕产物们不断散播毒气，导致各处都开始发生恐怖的现象……

为了对抗龙和弃子的威胁，对“产物的毒”有耐性的金木，向喰种研究者西野贵未等人所指定的龙的核心进发。此时，黑山羊的本部遭到了服侍和修家的武装集团“V”的袭击。月山习、西尾锦等人和“CCG”合作应战，但和V联手的小丑投入了“秘密兵器”，并展开了一场更加激烈的战斗。另一方面，和绚都一起前去调查的金木，终于与主谋者旧多对峙——

黑山羊&“CCG”与V展开激烈的攻防战之时，金木和旧多在地下的战斗开始了。在和修分家中出生的人们当中拥有突出才能的旧多非常不好对付，金木被迫陷入了苦战。虽然遍体鳞伤，各自的想法互相碰撞，金木和旧多持续着炽烈的战斗。“那时，如果没有遇到利世的话——”那究竟会是“悲剧”吗……？而在那前方的未来会是？