金木理解了自己喰种的本性，并彻底黑化。青桐树与CCG，还有安定区的三方之战仍在继续，董香与弟弟绚都战斗而身受重伤，关键时刻被金木所救。金木与绚都的对战被青铜树的成员野吕打断，此时突然发生爆炸，三方之战也因此告一段落。救出董香等人后，金木决定离开安定区并加入青铜树……

青铜树之战后，安定区的咖啡店恢复了往日的平静，董香则打算忘记现实并专注于备考上井大学，那个金木曾经所在的学校。在另一边，青桐树一战中受到极大损害的CCG为了完全歼灭青桐树而再次出动。其中在10年前有过对“枭”经验的黑磐，察觉到了青桐树之战中枭身上的违和感……

CCG的护送车遭到了青桐树的袭击，安定区的董香和雏实得知此次袭击事件和金木有关而感到痛心。雏实为了不给董香添麻烦，她一个人去了金木喜爱的作家，高槻泉的签名会。另一方面，董香前去志愿学校“上井大学”进行参观学习，在那里与金木的好友，永近英良再会了。

青铜树袭击了亚门和晓正在调查的库克利亚，他们所要应对的不只是青铜树的成员，还有监狱里逃出来的喰种，篠原接到消息后立即和什造赶往现场。参加这次袭击行动的还有金木研，他来到了关押鯱的监狱门前，本来打算解放鯱的他却遭到了对方的攻击，察觉到利世气味的鯱完全不理会金木的来意，金木在强大的攻势面前陷入了危机。

安久黑奈、奈白以及铃屋什造曾经一同在CCG的儿童设施生活，之后经由嘉纳教授之手而变成半喰种的黑奈和奈白，与成为CCG二等搜查官的什造，以敌人的身份对峙。什造毫不犹豫地进行单方面攻击，对黑奈和奈白穷追不舍。在另一边，面对装备着利用自己的父亲“新”所制成的库因克的筱原，绚都也被逼入苦战的境地……

青桐树发起对库克利亚的袭击数周后，重复着共食而成为半赫者的“眼罩”金木被CCG认定为SS级喰种。什造幼时被称为Big Madam的喰种诱拐，期间遭受非人虐待，后被白鸽收留，以特例的身份进入CCG。安定区依旧平静，董香在图书馆学习时听到了有关金木的传闻。亚门与晓的关系在一次聚餐后，得到了升华。此时CCG组成对枭讨伐队，打算彻底歼灭枭。

月山来到了“安定区”，向芳村报告了金木不断地进行共食并即将成为“赫者”一事。对金木感到担心的雏实，受到月山的邀请而来到某个咖啡厅，在那里与高槻泉再会了。面对谈及有关金木的事情的雏实，高槻将联络方式交给了她，之后便离开了。另一方面，在此时，“安定区”的芳村迎来了金木的造访。

曾经有位名叫功善的喰种。不停地杀死人和喰种的功善度过着孤独的每一天。不久他的能力被收买，开始和某个组织联手，但他的孤独感仍然未能痊愈。此时，功善在自己经常前往的古老咖啡厅遇到了一位名叫忧那的人类女性。两人很快坠入爱河，但……

CCG的和修常吉总议长下达了“枭讨伐作战”的决断。对象所在地是……“安定区”。由于将会演变成大规模作战，被选中的CCG搜查官们被要求写下了遗书，各自面临死地。之后，20区终于被CCG所封锁。“安定区”被枭讨伐部队包围。得知这一消息的金木以及董香将会……

筱原从枭的攻击之下保护了什造，自己却倒下了。与此同时，青桐树乱入到与CCG的战斗当中，在青桐兵的猛攻之下，CCG陷入越发不利的形势。另一方面，金木与封锁了前往安定区道路的亚门对峙。在双方都毫不退让的战斗中，决战之时终于来临……

青桐兵撤退，“安定区”的激烈战斗迎来尾声。此时，董香对金木等人的安危感到担忧，不停在通往“安定区”的道路上奔走。人类与喰种，各自的想法交错之时，在临近崩溃的安定区店内，金木所选择的答案是……