사람들 속에 숨어들어서 사람을 잡아먹고 사는 '구울'들이 창궐하고 있는 도쿄에선 하루가 멀다 하고 이른바 구울에 의한 '인간 포식' 사건이 발생한다.

대학생 카네키는 늘 차를 마시며 독서를 즐기는 단골 카페 '안테이크'에서 자신의 이상형인 리제를 발견하고는 더욱 자주 안테이크를 찾는다.

그러던 어느 날 두 사람은 서로 나이도 같고 독서 취향도 비슷하다는 사실을 알게 되어 급속도로 가까워진다.

그런데 자기 집 근처에서 구울에 의한 포식 사건이 발생했다며 리제가 두려움에 떨자 리제를 집까지 바래다주던 카네키는 끔찍한 봉변을 당하는데...

사람 고기를 먹고 싶은 극심한 충동을 이 악물고 참아내고 있던 카네키의 입속에 토우카가 사람 고기를 강제로 우겨넣는다.

그 순간 카네키는 자신의 몸속에 이식된 구울의 세포들이 눈을 떠서 구울의 본능이 솟아나는 걸 느낀다.

하지만 카네키는 필사적으로 저항을 하며 고기를 뱉어 내고는 '나는 인간'이라며 '너희 같은 괴물과는 다르다'며 절규한다.

하지만 점점 더 구울처럼 변해 가는 자신을 바라보면서 카네키는 깊은 절망감에 빠지는데...

의사 생활을 하며 인간들 속에서 숨어 살던 구울인 후에구치의 병원으로 수수께끼의 남자가 들이닥쳐서는 후에구치를 습격한다.

후에구치가 만들어 줬던 뭔가를 잃어버렸다면서 다시 만들어 달라며 으름장을 놓고는 사라진다.

신변의 위협을 느꼈는지 후에구치는 아내인 료코와 딸 히나미를 안테이크로 피신시킨다.

한편 자신의 정체성 때문에 방황하던 카네키는 안테이크에 들어가서 커피 내리는 법을 배우며 마음의 안정을 점점 되찾아 간다.

그러던 어느 날 갑자기 점장이 구울들의 식량을 조달해 오라는 심부름을 시키자 카네키의 얼굴이 사색이 되는데...

인간을 막무가내로 포식하는 게 아니라 특정 부위만의 깊은 맛을 즐기는 미식가 구울인 츠키야마가 안테이크로 찾아온다. 20구의 골칫덩이로 알려진 츠키야마를 탐탁지 않게 여기는 토오카가 쌀쌀맞게 대하자 츠키야마는 특유의 넉살을 떨며 지분거린다. 그런데 카네키를 발견한 츠키야마는 카네키한테서 풍겨 나오는 인간의 냄새를 맡고는 식욕이 발동해서 카네키를 유인해 내려 하는데…

토오카가 몸이 아파서 일하러 나오지 못했다며 점장이 문병을 가라고 등을 떠밀자 마지못해 문병을 가는 카네키. 그런데 막상 가서 보니 토오카는 생각보다 멀쩡하고, 그냥 과식을 해서 그런 것뿐이라며 아무렇지도 않게 말한다. 순간 인간의 음식을 억지로 먹은 거라는 걸 직감하는 카네키는 묘한 기분이 든다. 한편 카네키를 혼자서 독식하기 위해 일단 카네키를 살려 줬던 츠키야마는 어떻게 하면 카네키를 더욱 맛있게 먹을 수 있을지 머리를 싸매며 고민에 고민을 거듭한다. 그러다가 번뜩 아주 변태스러운 방법을 떠올리는데...

카네키의 살점을 먹고 기운을 차린 토오카가 파상공세를 펼치자 전세는 삽시간에 뒤바뀌어 버린다. 기세를 완전히 뺏겨 버린 츠키야마는 기력을 회복하기 위해 키미의 살점을 먹으려고 한다. 쓰러져 있던 니시오가 마지막 힘을 짜내서 막아서자 츠키야마는 니시오를 무참하게 짓밟아 버린다. 그 틈을 타서 토오카가 마지막 일격을 가하자 마침내 츠키야마는 맥없이 쓰러지고 만다. 그런데 토오카는 자신들이 구울이라는 사실을 아는 키미를 죽이려고 하는데…

혼자서 히나미의 복수를 하기 위한 모든 준비를 끝낸 토오카. 카네키는 그런 토오카를 돕고 싶어 하지만 토오카는 매몰차게 거절한다. 한편 토오카가 자신을 유인하려 한다는 사실을 간파한 마도는 히나미를 이용해서 되레 함정을 파 놓고 기다린다. 그런 사실을 까맣게 모른 채로 사라진 히나미를 찾으러 나간 두 사람은 사방을 뒤져 봐도 히나미의 행방을 찾을 수가 없다. 그런데 그 순간 어디선가 히나미의 비명 소리가 들려오는데…

리제에게 순간적으로 정신을 지배당했던 카네키는 리제에 대해서 좀 더 알아보기 위해 정보통인 이토리를 찾아간다. 하지만 이토리 역시 리제에 관해선 별로 아는 게 없다면서, 리제가 20구에 오기 전에 11구에 있었다는 건 확실하므로 11구를 찾아가 보라고 한다. 한편, CCG는 마침내 본격적인 구울 소탕 작전에 돌입하기 위해 11구와 20구의 구울 수사관 증원을 결정하고, 아몬이 맡고 있던 20구는 다른 두 명의 수사관에게 맡기고 아몬을 특별 대책반으로 배속시키는데...

벽오동 나무'라는 이름의 구울 집단이 11구를 습격해서 CCG 지부가 쑥대밭이 되고 구울 수사관이 모조리 살해당하는 사태가 발생한다. 습성상 혼자서 움직이기 좋아하는 구울들이 대규모의 세를 규합해서 조직적으로 활동하기 시작했다는 걸 파악하고 선수를 치려고 했던 CCG로서는 불의의 기습을 당한 것이었다. 한편, 리제를 쫓아서 안테이크로 온 반조는 리제가 없다는 사실을 알고는 혹시 리제를 만나거든 벽오동 나무가 리제를 찾고 있으니 멀리 도망가라고 전해 달라며 신신당부를 한다. 그런데 바로 그때 토오카의 남동생 아야카와 제이슨이 연달아 들이닥치는데...

토오카는 카네키를 잡아먹으려 했던 미식가 구울 츠키야마의 가담을 결사적으로 반대하지만 점장은 츠키야마가 있으면 카네키를 구출해 낼 확률이 더 높아진다며 토오카의 반대를 일축한다. 요모 또한 츠키야마가 딴마음을 먹지 않는지 철저히 감시하겠다며 토오카를 안심시킨다. 그리하여 안테이크 멤버들은 구울 소탕을 위한 CCG의 11구 총공격 작전을 틈타서 카네키를 구출하기로 하고 11구로 출발한다. 한편 주변 주민들을 모두 대피시킨 후 공격 명령만을 기다리고 있는 CCG 및 경찰 병력들과 11구의 구울들 사이엔 폭풍전야의 정적이 감도는데...

야모리의 고문이 갈수록 악독해지자 견디다 못한 카네키는 제발 죽여 달라고 애원을 한다. 하지만 그 정도로도 성이 안 찬 야모리는 틈을 봐서 카네키를 구해 주려는 생각을 하고 있던 슈와 하루를 끌고 온다. 그리고는 서로 사랑하는 사이인 두 사람 중에 누구를 죽일지를 택하라고 말한다. 하지만 너무도 여리고 착한 심성을 타고난 카네키는 차라리 자기를 죽이라며 어느 쪽도 택하지 않고 버티는데…