东京，这里潜伏着混在人群中并捕猎人类的怪物『喰种』。喜欢读书的大学生－金木研，在常去的咖啡厅『安定区』里，遇到了同样喜欢小说家－高槻泉作品的神代利世，两人约好要一起去书店约会。但金木还不知道，之后发生的意外事故将改变自己的命运…。金木虽在事故里受了重伤，但经过手术后捡回一命。而当金木醒来后却发现「不管吃什么都觉得很难吃」，渐渐察觉自己产生异变…

金木被尸体的香味吸引，而和身为喰种的锦对峙。这时救了他的是安定区的店员－雾嶋董香和店长芳村。芳村将某个小包裹拿给受到喰种的饥饿所苦的金木。隔天，看了英的简讯而回到大学的金木，英介绍了一位姓「西尾」的学长给他认识，而这位学长就是先前和他对峙的喰种－「锦」。他虽然表现的与普通人没两样，但在回家路上却突然袭击英，并害英昏了过去。「抱歉弄脏了你的食物」，锦在金木面前又露出了身为喰种的本性

身为喰种的笛口凉子和她的女儿雏实暂时躲到了「安定区」生活，雏实脸上孤单的表情让金木感到很在意。此时，金木和芳村的得力助手‧四方莲示一起为了无法狩猎的喰种调度食粮。另一面，目的为歼灭东京所有喰种的CCG在利世的事件发生后，就把「安定区」所在的20区列进了搜查范围里。身为上等搜查官的真户吴绪和亚门钢太朗一同前往了20区…

被称为『美食家』的喰种－月山习造访安定区。董香露出厌恶的表情，直指他是20区的麻烦人物，并警告金木不要月山扯上关系，但是月山盯上了金木身上的特殊香味，不断设法与金木接触。金木在意起利世这个造成自身悲剧的原因，他被月山口中「利世常去的店」所吸引，来到了「喰种餐厅」。

因董香身体不适而去探望她的金木，发现董香非常重视名为依子的人类朋友。而在回程时，金木救了被喰种袭击的锦。金木将锦送回住处并遇见了锦的恋人－西野贵未。贵未虽然知道锦是喰种，却仍和锦一起生活。但之后贵未却被悄悄跟踪金木的月山抓走。金木和锦一起去救贵未，但…

金木在安定区教雏实识字。认识了越来越多字的雏实，为了学习更多字给父亲一个惊喜，和凉子一起出门买书。但这时CCG的搜查官草场和中岛正好在附近搜寻喰种母女。早一步注意到异状的凉子立刻拉起雏实的手想要逃走，但这时雏实却查觉到了某个"异变"…

雏实的母亲‧凉子被CCG搜查官真户夺去了性命，金木对于自己什么都做不到感到十分懊悔。另一面，董香得知这个消息后，向芳村表示应该要报仇，但芳村以众人的安全为由，否决了她的提议，并说雏实的脸已经被搜查官看到，因此要把她移到24区。无法接受的董香想着凉子和雏实的事，悄悄下了一个重要决心。

雏实偷偷离开「安定区」，然而那是真户设下的巧妙陷阱。董香才刚找到雏实，真户就出现在她面前。同一时刻，一样在找雏实的金木正与另一位搜查官亚门对峙。在战斗中，亚门质问金木「有没有想过那些被喰种夺走亲人，其遗族所承担的伤痛?」，并断言是喰种让这个世界扭曲。

「安定区」的人们总算逐渐回到以往的日常生活了。此时金木为了更了解关于改变自己命运的利世情报，独自拜访了14区的酒吧「Helter Skelter」。在那里，同为喰种的系璃告诉他利世以前曾待过11区。另一面，11区谜样的喰种们，正展开一连串可疑的行动…

CCG的11区分部，被自称为「青桐树」的喰种集团袭击，没有幸存者。得知这件事后，CCG开始准备有​​史以来最大规模的讨伐战。另一方面，有个名为万丈数壹的男人闯进了安定区，他十分仰慕利世，在得知「青桐树」的目标是利世后，便来到安定区想劝利世逃走。但这时「青桐树」的少年干部－「绚都」却突然出现在众人面前。看到他之后，董香面露惊讶的神色！

为了救出被「青桐树」抓走的金木，芳村、四方、董香、锦、雏实与诗齐聚一堂，此外还加入一位意想不到的人物!CCG的亚门一行人与其他搜查官，准备以超越千人的阵仗进攻位于11区的青桐树据点。「青桐树」与CCG，还有安定区的三方之战一触即发…

在「青桐树」的据点展开的战斗越来越激烈了。喰种与人类之战…这场战斗会如何收尾呢？「安定区」的伙伴有办法救出金木吗？另一方面，被青桐树的干部之一－壁虎带走的金木，遭受了超乎想像的残忍虐待。意识朦胧的金木，他内心世界里突然出现的人物是​​…

金木理解了自己喰种的本性，并彻底黑化。青桐树与CCG，还有安定区的三方之战仍在继续，董香与弟弟绚都战斗而身受重伤，关键时刻被金木所救。金木与绚都的对战被青铜树的成员野吕打断，此时突然发生爆炸，三方之战也因此告一段落。救出董香等人后，金木决定离开安定区并加入青铜树……

青铜树之战后，安定区的咖啡店恢复了往日的平静，董香则打算忘记现实并专注于备考上井大学，那个金木曾经所在的学校。在另一边，青桐树一战中受到极大损害的CCG为了完全歼灭青桐树而再次出动。其中在10年前有过对“枭”经验的黑磐，察觉到了青桐树之战中枭身上的违和感……

CCG的护送车遭到了青桐树的袭击，安定区的董香和雏实得知此次袭击事件和金木有关而感到痛心。雏实为了不给董香添麻烦，她一个人去了金木喜爱的作家，高槻泉的签名会。另一方面，董香前去志愿学校“上井大学”进行参观学习，在那里与金木的好友，永近英良再会了。

青铜树袭击了亚门和晓正在调查的库克利亚，他们所要应对的不只是青铜树的成员，还有监狱里逃出来的喰种，篠原接到消息后立即和什造赶往现场。参加这次袭击行动的还有金木研，他来到了关押鯱的监狱门前，本来打算解放鯱的他却遭到了对方的攻击，察觉到利世气味的鯱完全不理会金木的来意，金木在强大的攻势面前陷入了危机。

安久黑奈、奈白以及铃屋什造曾经一同在CCG的儿童设施生活，之后经由嘉纳教授之手而变成半喰种的黑奈和奈白，与成为CCG二等搜查官的什造，以敌人的身份对峙。什造毫不犹豫地进行单方面攻击，对黑奈和奈白穷追不舍。在另一边，面对装备着利用自己的父亲“新”所制成的库因克的筱原，绚都也被逼入苦战的境地……

青桐树发起对库克利亚的袭击数周后，重复着共食而成为半赫者的“眼罩”金木被CCG认定为SS级喰种。什造幼时被称为Big Madam的喰种诱拐，期间遭受非人虐待，后被白鸽收留，以特例的身份进入CCG。安定区依旧平静，董香在图书馆学习时听到了有关金木的传闻。亚门与晓的关系在一次聚餐后，得到了升华。此时CCG组成对枭讨伐队，打算彻底歼灭枭。

月山来到了“安定区”，向芳村报告了金木不断地进行共食并即将成为“赫者”一事。对金木感到担心的雏实，受到月山的邀请而来到某个咖啡厅，在那里与高槻泉再会了。面对谈及有关金木的事情的雏实，高槻将联络方式交给了她，之后便离开了。另一方面，在此时，“安定区”的芳村迎来了金木的造访。

曾经有位名叫功善的喰种。不停地杀死人和喰种的功善度过着孤独的每一天。不久他的能力被收买，开始和某个组织联手，但他的孤独感仍然未能痊愈。此时，功善在自己经常前往的古老咖啡厅遇到了一位名叫忧那的人类女性。两人很快坠入爱河，但……

CCG的和修常吉总议长下达了“枭讨伐作战”的决断。对象所在地是……“安定区”。由于将会演变成大规模作战，被选中的CCG搜查官们被要求写下了遗书，各自面临死地。之后，20区终于被CCG所封锁。“安定区”被枭讨伐部队包围。得知这一消息的金木以及董香将会……

“安定区”与CCG激烈的攻防战还在继续。芳村与筱原、黑磐，“魔猿”古间圆儿与田中丸望元特等搜查官战斗着。另一方面，与钵川忠准特等搜查官交战的入见萱为了保护没来得及逃走的老婆婆而负伤。即使将普通人卷进来，钵川等人仍然继续攻击，而他们也终于面临死的觉悟……

筱原从枭的攻击之下保护了什造，自己却倒下了。与此同时，青桐树乱入到与CCG的战斗当中，在青桐兵的猛攻之下，CCG陷入越发不利的形势。另一方面，金木与封锁了前往安定区道路的亚门对峙。在双方都毫不退让的战斗中，决战之时终于来临……

青桐兵撤退，“安定区”的激烈战斗迎来尾声。此时，董香对金木等人的安危感到担忧，不停在通往“安定区”的道路上奔走。人类与喰种，各自的想法交错之时，在临近崩溃的安定区店内，金木所选择的答案是……