Un normale studente universitario di nome Kaneki incontra Rize, una ragazza che è un'avida lettrice come lui. Il ragazzo non sa che, grazie a quell’incontro, il suo destino cambierà dall'oggi al domani.

Kaneki lotta per adattarsi alla sua nuova natura senza successo, ma quando un altro demone di nome Nishiki Nishio tenta di divorare il suo amico Hideyoshi, Kaneki sarà costretto a combattere per proteggerlo.

Dopo aver salvato il suo amico, Kaneki viene accolto da Yoshimura e Touka Kirishima, ghoul che gestiscono il bar "Anteiku", che gli insegnano a nascondersi nella società umana celando la sua vera natura.

Kaneki fa amicizia con Tsukiyama e i due iniziano a uscire. Tuttavia, Kaneki non sa che Tsukiyama gli sta preparando una trappola mortale.

Con l'intenzione di uccidere Kaneki, Tsukiyama gli prepara un'altra trappola, usando come ostaggio la ragazza umana di Nishio.

Tsukiyama viene sconfitto da Touka con l'aiuto di Kaneki e Nishio, ma i recenti sviluppi nella circoscrizione attirano l'attenzione della polizia che invia due dei loro investigatori, Kureo Mado e Kotaro Amon, a dare la caccia a tutti i ghoul nell'area.

La madre di Hinami viene uccisa da Mado. Touka attacca i membri della squadra che indaga sui ghoul e uccide Kusaba, ma viene ferita da Mado.

Hinami fugge dall’Anteiku e viene affrontata da Mado dopo che l'ha attirata con la borsa della madre morta. Touka e Kaneki vanno a cercarla, finiranno così per affrontare Mado e Amon.

Dopo la battaglia con Mado, Hinami inizia a vivere con Touka e Kaneki. Ancora in lutto per la perdita del suo compagno, Amon viene trasferito alla XI circoscrizione, dove la polizia ha problemi ad affrontare alcuni pericolosi demoni.

Kaneki viene rapito da membri dell’Aogiri Tree, una fazione di ghoul interessata al suo legame con Rize. Nel frattempo, Amon viene presentato al suo nuovo partner, l'eccentrico e pericoloso Juuzou Suzuya.

La guerra prevale tra la CCG e l'Aogiri Tree, mentre Kaneki viene torturato spietatamente da Yamori nella sua "Hobby Room". L’Anteiku rimane in disparte mentre segretamente si cerca una strada per salvare Kaneki.

Durante insopportabili torture, Kaneki deve affrontare diverse illusioni monitorate da una manifestazione di Rize. Successivamente inizia a valutare sé stesso, riconscendo il fatto che la sua vita è ormai irrimediabilmente compromessa.

Dopo una serie di feroci scontri tra le forze della CCG e i ghoul, Kaneki salva Touka da un assalto del fratello e poi comunica alla ragazza che non tornerà più all’Anteiku perchè ha deciso di unirsi alle forze di Aogiri.

Nella riunione degli investigatori speciali viene deciso di concentrare gli sforzi nella XX circoscrizione, mentre l’arrivo della figlia di Mado nella squadra investigativa dà nuovo impulso alle indagini.

Kaneki organizza l’evasione di Naki, il luogotenente di Jason, assaltando il convoglio che lo sta conducendo a Cochlea. Nel frattempo, Nishiki accompagna Touka a visitare l’università alla quale vorrebbe iscriversi la ragazza che qui incontra causalmente Hide, il vecchio amico di Kaneki.

Kaneki guida un piccolo esercito alla conquista di Cochlea, in modo da liberare tutti i ghoul che vi sono rinchiusi. All’interno, vi sono però anche Amon e Akira che si sono recati al penitenziario per cercare la collaborazione del padre adottivo del detective.

Nel corso dell’attacco al penitenziario di Cochlea si scatenano diversi duelli come quello tra Ayato e Shinohara e tra le sorelle Nashiro e Kurona e Juzo, con continui flashback ai loro trascorsi.

Dopo la battaglia di Cochlea, la CCG cambia strategia decidendo di concentrare la propria attenzione sul Gufo, grazie anche ad una nuova squadra comandata da Washuu Yoshitoki. Nel frattempo, dopo essersi ubriacata nel corso di una cena, Akira viene riaccompagnata a casa da Amon.

Grazie ad una osservazione gettata lì nel corso di una conversazione, Eto porta Shinohara a sospettare dell’Anteiku e di ciò che nasconde. È sempre all’Anteiku che torna Kaneki, che però rifiuta la proposta di Yoshimura a fermarsi.

In questa puntata si ripercorre la storia del Gufo, mentre contemporaneamente Touka e Hinami vengono allontanate dall’Anteiku perché si sta preparando una grande offensiva degli uomini della CCG proprio contro il locale.

Scatta l’operazione della CCG all’interno della XX circoscrizione; tutti gli investigatori fanno come sempre testamento ed entrano in azioni accompagnati da un grandissimo numero di uomini, ma la spedizione si rivela mortale per molti di loro...

Mentre procede l’operazione di pulizia all’interno della XX circoscrizione, le perdite sono immense da entrambe le parti. Il Gufo viene attaccato di Shinohara e dai suoi migliori uomini.

Mentre continuano gli scontri nella XX circoscrizione, i combattimenti si trasformano in una serie di duelli, e in uno di questi il Gufo sembra avere la peggio. Anche Kaneki resta gravemente ferito e si rifugia all’Anteiku.

Siamo arrivati alla svolta finale, l’offensiva della CCG sembra avre raggiunto il risultato desiderato a costo comunque di moltissime perdite!

Nella XIII circoscrizione di Tokyo, Taishi Fura viene coinvolto in un incidente insieme ad un Ghoul divora-umani. Per scoprire la verità su ciò che è successo ad un suo caro amico, Taishi si allea con il giovane ma già promettente investigatore della CCG Kisho Arima. Insieme si mettono sulle tracce di un pericoloso Ghoul chiamato Lanterna.

Adattamento del terzo capitolo del primo romanzo, Tokyo Ghoul: Hibi, vede protagonisti Shu Tsukiyama e Chie Hori ai tempi del liceo.

La Squadra Quinx è una sezione speciale di investigatori di ghoul, formata da umani ai quali è stata impiantata una kagune all’interno del corpo e perciò in possesso di molte delle abilità fisiche proprie dei ghoul.

Durante la lotta con Orochi, Sasaki scopre che sotto la sua maschera si nasconde Nishio. Sebbene abbia perso la memoria, dal profondo dei suoi ricordi riaffiora il nome del suo vecchio amico.

Alla vigilia di un’importante operazione congiunta con la Squadra Suzuya, i Quinx si trovano a dover fare a meno di Urie, ancora in convalescenza dopo essersi sottoposto alla procedura per l’aumento del frame.

Tooru e Suzuya vengono rapite da Nutcracker e vengono messe all'asta in uno speciale evento riservato ai ghoul.

La Squadra Quinx si precipita a salvare Mutsuki da Kanae. Urie è frustrato quando gli viene assegnato il semplice compito di fare la scorta.

Durante la lotta con Takizawa, Sasaki ha molte allucinazioni con Kaneki. Nel frattempo Nutcracker viene uccisa da Shirazu e Yonebayashi.

Sasaki chiede di esercitare il proprio diritto di possesso su Hinami per tenerla in vita. Akira Mado compila un rapporto sulle operazioni condotte durante la notte dell’asta.

Le condizioni di Tsukiyama peggiorano, Tatara e Ayato discutono sul salvataggio di Hinami. Inoltre Shirazu cerca di trovare il modo per impossessarsi del Quinque di Nutcracker.

Sasaki conduce i Quinx nel negozio di Uta affinché quest’ultimo possa creare per loro delle maschere da ghoul.

Eto cattura Kanae e la sottopone a torture fisiche e psicologiche affinché divenga una marionetta nelle sue mani. Haise continua la propria indagine personale sulle tracce di Amon e di Ken Kaneki.

Le Squadre della CCG si fanno strada all’interno del grattacielo sterminando i ghoul fedeli agli Tsukiyama. Ma anche tra gli investigatori le perdite sono ingenti.

Eto irrompe sul tetto del Luna Eclipse Building impedendo a Sasaki di dare il colpo di grazia a Shu e Kanae.

La CCG individua il quartier generale dell’Aogiri Tree. L'editore di Takatsuki è interrogato sul fatto che sia o meno una ghoul. Prima che Takatsuki possa essere interrogata, la ragazza decide di fare uno straordinario annuncio pubblico.

Ayato conduce un’incursione su Cochlea per salvare Hinami, viene quindi raggiunto da Touka e Yomo. Haise cerca di mettere in salvo Hinami, ma viene affrontato da Furuta.

L'aggressione della CCG nei confronti dell’Aogiri sull'isola di Rushima continua, Urie e Saiko sono ansiosi di salvare Mutsuki. Tatara e Kurona prendono posizione contro gli investigatori, mentre Akira riceve aiuto da qualcuno di inaspettato.

Mentre i combattimenti raggiungono l'apice, Akira prende una decisione fatale. Urie, insieme ai nuovi membri della Squadra Quinx, continua la sua ricerca di Mutsuki. Arima fa una rivelazione sorprendente a Kaneki.

Kaneki riunisce i restanti membri dell’Aogiri Tree e dell’Anteiku per annunciare la creazione di una nuova organizzazione di ghoul. Nel frattempo Yomo e Touka cercano entrambi di fare pace con il loro passato.

Gli investigatori della CCG che erano vicini ad Haise reagiscono alla sua partenza. Furuta assume la carica di capo della CCG e stabilisce una nuova strategia per affrontare i demoni.

Sotto Furuta, la CCG mostra il pugno di ferro contro la comunità dei ghoul, costringendo il Goat a nascondersi sottoterra. Takeomi e Yoriko hanno fissato un appuntamento per il matrimonio, mentre Mutsuki individua Kaneki, invitandolo a tornare.

Mutsuki guida gli Oggais in un'incursione nella tana sotterranea del Goat. Urie e Kuroiwa affrontano Furuta nel suo ufficio riguardo la sua idoneità a guidare la squadra. Per Kaneki e Suzuya è giunto il momento di affrontarsi in combattimento.

Mentre il dottor Kanou visita la tomba della sua famiglia, Kurona decide di affrontarlo. La CCG ottiene un nuovo alleato esperto di ghoul. Hide chiede l'aiuto di Akira e Amon per presentare la sua causa alla CCG.

Mentre il corpo di Kaneki giace dormiente nella sua gigantesca kagune, questi ha un dialogo interiore con Rize. Urie parla a Mutsuki delle difficoltà di andare da solo ma all’improvviso, una crisi mette la città in allerta, costringendo la CCG e i ghoul a lavorare insieme.

Dopo la crescente attività dei draghi e la scoperta di un secondo nucleo, Kaneki e Ayato si offrono volontari per affrontarlo. Quando Kaiko e i membri di V lanciano un attacco, la CCG e i ghoul devono combattere insieme per fermarli.

Kaneki e Furuta continuano il loro duello sotto le strade di Tokyo, mentre la CCG e il Goat continuano a combattere insieme i membri di V in superficie. Kaneki viene a patti con se stesso e gli eventi che hanno cambiato la sua vita negli ultimi anni.