Em meio a notícias de ataques de Ghoul nas proximidades, Ken Kaneki aponta Rize, uma garota que ele está interessado, para seu amigo Hide em uma cafeteria local. Quando Kaneki descobre que os dois compartilham um autor favorito, ele a convida para sair. No entanto, o encontro deles termina em tragédia!

Kaneki luta desesperadamente contra o desejo de comer carne humana, a única coisa que pode satisfazer sua fome como um Ghoul. Ele se encontra com Hide novamente, juntando-se a ele em uma missão estando feliz por companhia. Mas sua condição em declínio colocará o Hide em risco?

Yoshimura ensina Kaneki mais sobre como se misturar com a humanidade, e recebe uma mãe e uma filha que precisam de proteção. Dois investigadores ghoul, Mado e Amon, são designados para a 20a Divisão. Em resposta, Toka leva Kaneki para fazer uma máscara para ele.

Kaneki começa a receber aulas de autodefesa de Yomo. Ele conhece Itori, que dirige seu próprio bar, e é amigo de Uta e Yomo. Kaneki faz amizade com Tsukiyama, um ghoul que conhecia Rize, que também gosta de ler e possui outros gostos mais peculiares.

Quando Touka fica doente, Kaneki faz uma visita que tem consequências inesperadas. Enquanto isso, como Nishiki ainda está se recuperando de seu confronto com Kaneki, ele é quase atacado por outros ghouls. Tsukiyama continua consumido com a idéia de ter Kaneki.

A luta contra Tsukiyama está resolvida, mas Touka quer matar Kimi, agora que está claro que ela sabe que Nishiki e Kaneki são ghouls. Enquanto isso, Hinami está ansiosa para ver seu pai novamente depois de ficar separados por tanto tempo, e age quando ela é incapaz.

Depois que Kaneki e Hinami testemunham o destino de Ryoko, o pessoal de Anteiku fica triste e Touka decide levar o assunto com os investigadores para suas próprias mãos. Kaneki está farto de não poder fazer nada e decide se envolver.

Touka se propõe a atrair os investigadores dos carniçais, mas antes que ela possa atacar, ela descobre que Hinami fugiu. Quando Touka e Kaneki saem procurando por ela, encontram-se cara a cara com Amon e Mado, que tem algumas surpresas para ele.

Depois de várias semanas, todos tentam voltar à vida normal. Hinami se muda com Touka e, apesar de sua aversão aos pássaros, eles cuidam de um periquito ferido que chamam Hetare de volta à saúde. Kaneki visita Itori para tentar aprender mais sobre Rize.

Os escritórios da 11ª ala do CCG são atacados por Ghouls, exterminando todo mundo. Banjo e companhia param em Anteiku, procurando Rize para avisá-la para fugir da Aogiri Tree , um novo grupo de Ghouls empenhados em assumir o controle - até que Kaneki o derrube acidentalmente!

Kaneki é mantido em cativeiro por Yamori, que pratica sua arte torturante nele. A polícia e a CCG se mudam para lidar com Aogiri Tree, que construiu um shopping center na 11ª Divisão. Em toda a comoção, a equipe Anteiku tenta resgatar Kaneki.

Enquanto Yamori continua torturando brutalmente Kaneki, Rize aparece novamente para ele, e os dois exploram a infância e o relacionamento de Kaneki com sua mãe. Kaneki é forçado a fazer uma escolha o impactando profundamente.

Tendo derrotado Jason e aceitado sua metade do ghoul, Kaneki se junta a Aogiri Tree para proteger aqueles que estão perto dele na Anteiku.

Agora com Kaneki em suas fileiras, a Aogiri Tree toma a ofensiva contra o CCG, e Amon é apresentado à filha de Mado, Akira, que é designada para se tornar sua nova parceira.

Kaneki e Ayato resgatam Naki, uma das antigas coortes de Jason da custódia do CCG, e se preparam para invadir a prisão de segurança máxima para Ghouls conhecida como "Cochlea". Enquanto isso, Tōka faz uma visita à universidade onde Kaneki costumava frequentar, onde ela encontra um encontro com Hideyoshi.

Aogiri começa a invasão de Cóclea e liberta a maioria dos Ghouls presos, enquanto Amon e Akira visitam a prisão para aprender mais sobre o plano de Aogiri com Donato Porpora. Entre as batalhas entre o CCG, a segurança da Cóclea e os ghouls, Kaneki encontra um ghoul chamado Orca com ordens para libertá-lo, mas é atacado por ele.

A batalha em Cochlea se intensifica em várias frentes e quando Ayato está quase morto, ele é resgatado no momento certo por Kaneki, que passa por uma transformação bizarra depois de consumir os corpos de vários Ghouls mortos para se capacitar.

O aparecimento do "Coruja de Um Olho", considerado o mais perigoso de todos, deixa o CCG em estado de alerta, enquanto Kaneki se contorce de dor devido à sua nova condição.

Preocupada com o desaparecimento de Kaneki, Hinami quer fazer algo por ele, mas não tem certeza, até que Kaneki apareça na Anteiku e ela pede que Touka o veja novamente.

Durante a visita de Kaneki a Yoshimura, ele pede informações sobre a Coruja e conta a história trágica de um jovem ghoul chamado Kuzen. Touka faz planos para sair da Anteiku. Um dia de neve traz consigo bons negócios no café.

Yoshitoki recebe permissão para executar a operação para erradicar a coruja. Os muitos oficiais do CCG envolvidos na missão demoram um tempo para escrever as últimas palavras que possam ter, pois a 20ª ala é isolada e seus civis evacuados.

A batalha entre CCG e Anteiku continua, e Koma, Irimi e Yoshimura enfrentam os investigadores especiais. Quando um civil é pego no meio, Hachikawa continua a pressionar seu ataque inabalável. Shinohara recebe alguns conselhos inesperados.

Suzuya é deixado sozinho para enfrentar a recém-chegada Coruja de um olho. Aogiri Tree se junta à batalha contra o CCG, que se vê sobrecarregado pelo grande número de oponentes. Enquanto isso, Kaneki confronta Amon, que fica no caminho da Anteiku.

Depois de acordar na Anteiku, ele ouve alguém mencionar que "fazer café é difícil". Quando a pessoa sai, é revelado que é Hide. Quando Kaneki percebe que está com o olho ghoul ativado, Hide diz a ele "Eu sabia".

The story will focus on the high school days of Kishou Arima, the CCG's shinigami.

The OVA will adapt the third story in the Tokyo Ghoul: Hibi novel when Shuu Tsukiyama and Chie Hori met.

Os membros do Quinx Squad, uma divisão experimental do esquadrão CCG de Akira Mado, e composto por investigadores que foram cirurgicamente transformados em ghoul, trabalham para rastrear o ghoul de classe "A" Torso.

Haise perde o controle enquanto luta com Orochi e precisa ser subjugado. Mais tarde, no castelo, Haise repreende Urie por não ter colocado o esquadrão em segurança e o remove de sua capitania. Urie procura aumentar seu poder.

Urie fala com o Chefe Washu sobre aumentar seu nível de armação. Com uma missão chegando, os Quinxes tentam fazer Saiko trabalhar. Donato pergunta a Haise sobre suas memórias perdidas. O esquadrão fica disfarçado.

Os Palhaços atuam como leiloeiros para um leilão humano, no qual Mutsuki se vê envolvido. As forças do CCG cercam o complexo em que o leilão está sendo realizado, com ordens para exterminar os fantasmas do interior - especialmente a Big Madam.

O Quinx Squad corre para salvar Mutsuki de Kanae. A coruja entra em um tumulto aparentemente imparável. Urie fica frustrado quando ele é designado para escolta. Ato Squad encontra resistência tentando proteger a sala do monitor.

Takizawa continua sua ofensiva contra Haise no palco principal. Shirazu tenta convencer Saiko a ajudá-lo a subjugar Quebra-Nozes na sala de monitores. Urie persegue Big Madam e sente os efeitos de seu aumento no nível de quadros.

Haise pede a Arima que lhe permita tomar a custódia de Hinami, e os ghouls restantes recuam. Após uma cerimônia de premiação onde muitos dos investigadores são promovidos, Haise realiza um jantar de comemoração no Chateau.

A condição de Tsukiyama piora. Tatara e Ayato discutem sobre o resgate de Hinami. Shirazu acha difícil se apossar do quinque de quebra-nozes. O Quinx Squad inicia uma nova investigação conjunta com o S1 Squad.

Tendo visto uma foto de Haise, Tsukiyama volta e corre para vê-lo. Haise leva o resto do esquadrão para a loja de Uta para ser equipado com máscaras. Kijima lança um vídeo chocante no site do CCG para atrair Rose.

Eto cai sobre um Kanae derrotado, oferecendo ajuda. Shirazu decide que precisa começar de novo. Ui finalmente concorda com a ideia de Haise de uma missão secreta de investigação de fatos. Haise fica frustrado investigando seu passado.

Matsumae e Mairo tentam atrasar os investigadores por tempo suficiente para Shu escapar. Haise e Shu se enfrentam no heliporto do edifício. Quinx Squad está com as mãos cheias quando um poderoso ghoul está em seu caminho.

Eto chega ao telhado, estimulando Kanae a atacar Haise, que também deve argumentar com Kaneki. Com os outros membros do esquadrão nas cordas, Shirazu faz o possível para parar Noro. Kanae e Tsukiyama alcançam um entendimento.

O CCG localiza a sede da Aogiri Tree. A execução de Hinami está agendada. O editor de Takatsuki é questionado sobre se ela é ou não um ghoul. Antes que Takatsuki possa ser questionada, ela faz um anúncio público impressionante.

Ayato lidera um grupo de invasão em Cochlea para resgatar Hinami. Ele se junta a Touka e Yomo. Haise tenta obter Hinami em segurança, mas é confrontado por Furuta. Enquanto os outros fogem pelo porão, Haise confronta Arima.

O ataque do CCG à Aogiri Tree na Ilha Rushima continua e Urie e Saiko estão ansiosos para resgatar Mutsuki. Tatara e Kurona se posicionam contra os investigadores. Akira recebe ajuda de uma fonte surpresa.

Quando a luta em Rushima atinge seu clímax, Akira toma uma decisão fatídica. Urie, junto com os novos membros do Esquadrão Quinx, continua sua busca por Mutsuki. Arima faz uma revelação surpreendente para Kaneki.

Kaneki reúne os membros restantes da Aogiri Tree e Anteiku para anunciar a criação de uma nova organização ghoul. O curso de tratamento de Akira dá uma guinada surpresa. Yomo e Touka tentam fazer as pazes com seu passado.

Os investigadores do CCG que estavam perto de Haise reagem à sua partida. Furuta assume o cargo de chefe do CCG e estabelece uma nova estratégia para lidar com os Ghouls. Os Palhaços começam a se revoltar, ameaçando a sede da CCG.

Sob Furuta, o CCG reprime a comunidade ghoul, forçando Goat a entrar no subsolo. Takeomi e Yoriko marcaram a data do casamento. Mutsuki localiza Kaneki e o convida de volta. Touka dá o próximo passo com Kaneki.

Mutsuki lidera os Oggais em um ataque ao covil subterrâneo de Goat. Urie e Kuroiwa enfrentam Furuta em seu escritório por causa de sua aptidão para liderar. Kaneki e Suzuya se enfrentam em combate. Kaneki se esforça para proteger Touka.

Enquanto o Dr. Kanou visita o túmulo de sua família, Kurona o confronta. O CCG ganha um novo aliado e especialista em fantasmas. Hide pede a ajuda de Akira e Amon para argumentar com o CCG. Um Mutsuki desanimado ataca Saiko e Urie.

Enquanto o corpo de Kaneki está adormecido em seu kagune gigante, ele mantém um diálogo interno com Rize. Urie fala com Mutsuki sobre as dificuldades de seguir sozinho. Uma crise coloca a cidade em alerta, forçando o CCG e os ghouls a trabalharem juntos.

Após o aumento da atividade do dragão e a descoberta de um segundo núcleo, Kaneki e Ayato se voluntariam para lidar com isso. Quando Kaiko e os membros de V lançam um ataque, CCG e os ghouls devem lutar juntos para detê-los.

Kaneki e Furuta continuam seu duelo abaixo das ruas de Tóquio, enquanto CCG e Goat continuam em conjunto lutando contra os membros do V. acima do solo. Kaneki aceita os eventos dos últimos anos.