A few months after the defeat of Death Phantom and the Malefic Black Crystal, Usagi, Ami, Rei, Makoto, Minako and Chibiusa are all enjoying their normal lives. However, new enemies appear out of nowhere and are attacking humans in order to absorb the hoste or souls of their human victims in order to live and sustain themselves on Earth. Can the six Sailor Guardians stop this new, unidentified threat?

Now that a new and mysterious monster has appeared, the Sailor Guardians are bent on finding out by infiltrating Mugen Academy. While battling another of these new monsters called Diamon, Sailor Moon and Sailor Chibi Moon befriend a strange girl with unusual powers. But just what kind of connection does she have with the new enemy?

Usagi and the girls discuss the two mysterious figures they saw, who appeared to look like Sailor Guardians. Luna and Artemis warn the girls to be careful, as they are still unsure whether these two are friend or foe.

The Sailor Guardians defeat Eudial but allow the mysterious Guardian to escape. Still suspicious about Mugen Academy, the girls decide to check out the place again by attending Michiru Kaioh’s violin recital, which is being held on campus.

The Sailor Guardians must stop a plant called Tellu from stealing the Hostes from humans. Meanwhile, a college student named Setsuna Meioh is investigating the Sankakusu Delta, but she too falls victim to the Tellu plant.

Sailor Uranus, Neptune and Pluto appear before Sailor Moon and the other Guardians to reveal their true agenda. Learning what’s at stake, Sailor Moon and the others offer their help but are rejected by Uranus, causing further tensions.

Cyprine and Ptilol of the Witches 5 have placed the Sailor Guardians under a spell that causes them to turn against one another. The battle continues to escalate, when suddenly the three Talismans react to Sailor Moon’s strong desire to stop this fight.

Hotaru turns into Mistress 9 and takes Chibi-Usa’s Legendary Silver Crystal and her soul as well. To save Chibi-Usa’s life, the Sailor Guardians must head into Mugenzu so that they can retrieve her stolen soul and the Silver Crystal.

Le guerriere Sailor si trovano nel laboratorio di Tomoe e decidono di dividersi: Mercury, Mars, Jupiter e Venus perlustreranno i primi 56 piani; Sailor Moon, Uranus, Neptune e Pluto andranno nei sotterranei, dove dovranno vedersela con Tomoe che si trasformerà in un germatoide. Una volta sconfitto, sarà la volta di Mistress 9, risvegliatasi nel corpo di Hotaru…

Mistress 9 si è impadronita dell'anima di Chibiusa, e vuole liberarsi del corpo di Hotaru, lacerandolo e quindi uccidendola. Hotaru si oppone con tutte le forze che le rimangono, e Mistress 9, per acquisire un potere maggiore, si impossessa anche delle Essenze delle altre quattro Guerriere Sailor. Hotaru sente che qualcosa dentro di lei la spinge a difendere le Guerriere e il Cristallo d'Argento Leggendario ad ogni costo, sacrificando anche la sua stessa vita...

Sailor Moon, insieme alle altre Guerriere e a Tuxedo Mask, ha ormai sconfitto Mistress 9. Ma riappare Master Pharaoh 90, che la assorbe diventando una cosa sola con lei e aumentando così sia il suo volume che la sua forza. Distrugge la barriera che lo costringeva e inizia a ricoprire tutto con una melma nera, intenzionato a trasformare la Terra in ricettacolo per il suo nuovo mondo.

Pharaoh 90 sta per essere sconfitto definitivamente, e Sailor Saturn è pronta a calare la Falce del Silenzio. Ma grazie al potere del Calice Lunare e quello del Cristallo d'Argento Leggendario, che Sailor Moon ha risvegliato, potrà salvare il mondo e dare inizio a una nuova era. Ora che è tutto finito, Sailor Pluto, Sailor Uranus e Sailor Neptune devono andar via, insieme a Hotaru che si è reincarnata in una bambina, verso una nuova vita.