Quelques mois après la défaite de Death Phantom et du Malefic Black Crystal, Usagi, Ami, Rei, Makoto, Minako et Chibiusa profitent toutes de leur vie normale. Cependant, de nouveaux ennemis surgissent de nulle part et attaquent les humains afin d'absorber l'hôte ou les âmes de leurs victimes humaines afin de vivre et de subvenir à leurs besoins sur Terre. Les six Sailor Guardians pourront-ils arrêter cette nouvelle menace non identifiée ?

Maintenant qu'un nouveau et mystérieux monstre est apparu, les Sailor Guardians sont déterminées à le découvrir en infiltrant l'Académie Mugen. Tout en combattant un autre de ces nouveaux monstres appelé Diamon, Sailor Moon et Sailor Chibi Moon se lient d'amitié avec une étrange fille dotée de pouvoirs inhabituels. Mais quel genre de lien entretient-elle avec le nouvel ennemi ?

Usagi et les filles discutent des deux personnages mystérieux qu'ils ont vus, qui ressemblaient à des Sailor Guardians. Luna et Artemis avertissent les filles de faire attention, car elles ne savent toujours pas si ces deux-là sont amies ou ennemies.

Les Sailor Guardians battent Eudial mais permettent au mystérieux Guardian de s'échapper. Toujours méfiantes à l'égard de la Mugen Academy, les filles décident de revenir sur les lieux en assistant au récital de violon de Michiru Kaioh, qui se déroule sur le campus.

Les Sailor Guardians doivent empêcher une plante appelée Tellu d'aspirer les âmes des humains. Pendant ce temps, une étudiante nommée Setsuna Meioh enquête sur le delta de Sankakusu, mais elle aussi est victime de Tellu.

Sailor Uranus, Neptune et Pluton apparaissent devant Sailor Moon et les autres Sailor pour révéler leur véritable mission. Apprenant les enjeux, Sailor Moon et les autres proposent leur aide mais sont rejetées par Uranus, provoquant de nouvelles tensions.

Cyprine et Ptilol ont lancé un sort aux Sailor Guardians qui les amène à se retourner les unes contre les autres. La bataille continue de s'intensifier, quand soudain les trois Talismans réagissent au fort désir de Sailor Moon d'arrêter ce combat.

Hotaru se transforme et prend également le cristal d'argent légendaire de Chibi-Usa ainsi que son âme. Pour sauver la vie de Chibi-Usa, les Sailor Guardians doivent se rendre à Mugenzu afin de pouvoir récupérer son âme volée et le cristal d'argent.

Les Sailor Guardians se frayent un chemin pour trouver Hotaru, qui est en possession du cristal d'argent de Chibi-Usa. Ils parviennent à vaincre Kaolinite mais doivent désormais affronter le Professeur Tomoe et ses monstres Daimon.

Alors que le professeur Tomoe et Kaorinite ont été détruits, c'est aux huit Sailor Guardians d'affronter directement Mistress 9 et de l'éradiquer une fois pour toutes. Alors que la "vaisseauisation" complète de Pharaon 90 se rapproche, la conscience de Hotaru est déterminée à faire tout ce qu'elle peut pour sauver Chibi-Usa et empêcher Mistress 9 d'utiliser son corps à des fins maléfiques.

Super Sailor Moon et tous les autres continuent de se battre avec leurs souvenirs de Hotaru dans leur cœur. Toutes les tentatives pour anéantir Pharaon 90 ont échouées et le monde semble perdu, jusqu'à ce que le réveil et le retour d'une certaine personne vienne changer la situation... pour le meilleur ou pour le pire.

Maintenant que Sailor Saturn s'est réveillée, elle a déclenché son attaque la plus puissante et la plus destructrice à ce jour et a fait tomber son Silence Glaive, mettant ainsi fin à Pharaon 90 et au monde entier lui-même. Mais tout n’est pas encore perdu.