La mystérieuse petite Chibiusa parvient à hypnotiser la famille Tsukino et s'installe chez eux, au grand dam d'Usagi qui part chercher du réconfort auprès de ses amies. Luna offre à chaque gardienne un nouveau stylo de transformation.

Sailor Moon soupçonne Chibiusa d'être la complice de leurs ennemis. La petite fille ne répond pas et s'enfuit. Grâce à Luna, Endy la retrouve et la recueille chez lui. Elle lui révèle qu'elle a besoin de l'aide de Sailor Moon pour sauver sa maman.

Chibiusa essaie de remonter le moral d'Usagi, dévastée par l'enlèvement de ses deux amies. Usagi ne peut s'empêcher d'être jalouse de la petite fille, qui a toutes les attentions d'Endy

En mourant, Petz a laissé une boucle d'oreille en Cristal noir. Luna et Artemis l'examinent et constatent qu'elle dégage une énergie négative. Minako décide d'aller interroger Chibiusa chez Usagi.

Alors que Chibiusa emmène nos héros au XXXe siècle, ils sont séparés pendant le trajet. Endy, Usagi, Minako, Artemis et Luna se retrouvent devant la Porte du temps, gardée par Sailor Pluton.

Sailor Moon, Endy et Sailor Vénus font la connaissance du Roi Endymion. Celui-ci leur apprend que Chibiusa est sa fille et qu'il n'est autre que le Endy du futur. Chibiusa n'est autre que la fille d'Usagi et Endy.

Usagi est prisonnière du Prince Diamond. Celui-ci lui raconte comment il a pris le contrôle du Cristal Noir pour anéantir la Terre. De son côté, Chibiusa se sent perdue. Sans pouvoir, elle ne sait plus vers qui se tourner pour sauver sa maman.

Usagi se réveille dans le château de Black Moon. Ses forces la quittent mais elle essaie de lutter pour retrouver ses amies. Elle tombe nez à nez avec Saphir, qui lui raconte comment son frère s'est fait envoûter par le mystérieux Wiseman.

Avec l'aide de Sailor Pluton, Sailor Moon et les autres gardiennes se lancent à la recherche de Chibiusa et d'Endy dans une tempête spatio-temporelle. Avant de pouvoir les retrouver, Usagi fait un malaise et s'évanouit.

Lorsque Sailor Moon, l'esprit du roi Endymion et les autres gardiennes découvrent le nouveau visage de Chibiusa, le choc est total. La petite fille n'est plus celle qu'elles ont connue.

Diamond est sur le point de mettre les Cristaux d'argent en contact quand Sailor Pluton arrive et arrête le temps. En faisant, ça, elle enfreint la règle la plus importante et meurt. Black Lady est très émue par la mort de la Gardienne.

Après l'affrontement contre Death Phantom, Néo Queen Serenity se réveille et ordonne à Chibiusa de partir à la recherche de Sailor Moon et de l'Homme masqué qui se sont volatilisés sans laisser de traces.